Co to jest format pliku ATF?
Plik .atf to standardowy tekstowy format wymiany danych dla oprogramowania do analizy mikromacierzy GenePix, pierwotnie opracowany przez Axon Instruments, a obecnie utrzymywany przez Molecular Devices (przejęte w 2004 roku). Przechowuje on pomiary intensywności fluorescencji, adnotacje punktów (spotów) oraz metadane eksperymentalne ze skanów mikromacierzy DNA.
Format ten to zwykły tekst rozdzielany tabulatorami ze strukturalnym blokiem nagłówka. Pierwsza linia zawsze zawiera ATF jako pierwszy token, po którym następuje dosłowny separator tabulacji i numer wersji 1.0 - jedyna wersja będąca w powszechnym użyciu. Druga linia deklaruje liczbę opcjonalnych linii nagłówka oraz liczbę kolumn danych. Następnie występują linie metadanych typu klucz=wartość (ustawienia skanowania, operator, długości fal), wiersz z nazwami kolumn, a na końcu po jednym wierszu danych rozdzielanych tabulatorami dla każdego punktu mikromacierzy.
Dwa nazwane podtypy współdzielą kontener ATF:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: dane ilościowe fluorescencji dla każdego punktu z przebiegu skanera
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: układ macierzy i definicje tożsamości sond
Oba są plikami ATF; rozróżnia je pole nagłówka Type=. Ponieważ format jest czystym tekstem z etykietowanymi kolumnami, otwiera się bezpośrednio w dowolnej aplikacji arkusza kalkulacyjnego. W potokach bioinformatycznych pakiet R limma i ekosystem Bioconductor odczytują pliki ATF/GPR bezpośrednio do analizy różnicowej ekspresji mikromacierzy.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWATF to zwykły tekst bez zawartości wykonywalnej. Brak ryzyka złośliwego oprogramowania ze strony samego formatu. Pliki pochodzą ze skanerów mikromacierzy lub potoków bioinformatycznych w ustawieniach laboratoryjnych.
Szczegóły formatu
w pigułce- Adobe Photoshop Transfer Function - Niektóre źródła podają .atf jako wewnętrzny plik funkcji transferu Adobe Photoshop, ale jest to niezwykle rzadkie i nieudokumentowane; brak znaczącego ruchu użytkowników.
Programy otwierające pliki ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
Płatny Otwórz > wybierz .atf; użyj Kreatora importu tekstu, wybierz separator tabulacji. Linie nagłówka zostaną dołączone jako wiersze. 
GenePix Pro
Płatny Plik > Otwórz > wybierz plik .atf, aby przeglądać i analizować dane z mikromacierzy. 
Notepad
Open-source Otwórz plik bezpośrednio, aby sprawdzić surowy tekst, pola nagłówka i strukturę kolumn. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Płatny Plik > Otwórz > wybierz plik .atf, aby przeglądać i analizować dane z mikromacierzy.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Użyj read.maimages(files, source=„genepix”), aby załadować pliki GPR/ATF do obiektu limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Otwórz za pomocą LibreOffice Calc, ustaw separator na tabulator w oknie dialogowym importu.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Użyj read.maimages(files, source=„genepix”), aby załadować pliki GPR/ATF do obiektu limma EListRaw. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Kodowanie | Czysty tekst, ASCII/UTF-8 |
| Separator | Tabulator (\t) oddzielający wszystkie pola |
| Sygnatura pliku | Pierwsza linia: ATF[TAB]1.0 - dosłowne tokeny rozdzielone tabulatorami; brak binarnych magicznych bajtów |
| Struktura nagłówka | Linia 2 deklaruje liczbę opcjonalnych linii nagłówka i liczbę kolumn danych; następnie występują linie metadanych klucz=wartość |
| Format danych | Jeden wiersz rozdzielany tabulatorami na punkt mikromacierzy, poprzedzony wierszem nagłówka z nazwami kolumn |
| Typowy rozmiar pliku | 50 KB - 50 MB (pliki wynikowe GPR mogą być duże przy tysiącach punktów) |
| Typowe podtypy | GPR (GenePix Results, dane fluorescencji punktów) i GAL (GenePix Array List, układ macierzy) |
| Identyfikacja podtypu | Pole Type= w opcjonalnym bloku nagłówka identyfikuje podtyp (GPR, GAL lub niestandardowy) |
| Powiązany system operacyjny | Windows, Linux, macOS (wieloplatformowy tekst jawny) |
| Integracja z bioinformatyką | Odczytywany natywnie przez pakiet R limma (Bioconductor) do analizy różnicowej ekspresji mikromacierzy |
| Pochodzenie dewelopera | Axon Instruments → Molecular Devices (przejęte w 2004 r.); oprogramowanie dystrybuowane przez Molecular Devices |
| Wydano | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Najnowsza wersja | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Specyfikacja | support.moleculardevices.com |
Konwersje ATF
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki ATF.
