Hvad er ATF-filformatet?
En .atf-fil er det standardiserede tekstbaserede dataudvekslingsformat til GenePix-microarray-analysesoftware, oprindeligt udviklet af Axon Instruments og nu vedligeholdt af Molecular Devices (erhvervet i 2004). Den gemmer fluorescensintensitetsmålinger, spot-annoteringer og eksperimentelle metadata fra DNA-microarray-scanninger.
Formatet er almindelig tabulator-separeret tekst med en struktureret header-blok. Den første linje indeholder altid ATF som sit første token, efterfulgt af en bogstavelig tabulator-separator og versionsnummeret 1.0 - den eneste version i udbredt brug. Den anden linje angiver antallet af valgfrie header-linjer og antallet af datakolonner. Key=value metadata-linjer følger (scanningsindstillinger, operatør, bølgelængder), derefter en række med kolonnenavne, og til sidst én tabulator-separeret datarække pr. microarray-spot.
To navngivne undertyper deler ATF-containeren:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: fluorescenskvantificeringsdata pr. spot fra en scanningskørsel
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: definitioner af array-layout og probe-identitet
Begge er ATF-filer; header-feltet Type= skelner mellem dem. Da formatet er almindelig tekst med mærkede kolonner, kan det åbnes direkte i ethvert regnearksprogram. I bioinformatik-pipelines læser R-pakken limma og Bioconductor-økosystemet ATF/GPR-filer direkte til analyse af differentiel ekspression i microarrays.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWATF er almindelig tekst uden eksekverbart indhold. Ingen malware-risiko fra selve formatet. Filer stammer fra microarray-scannere eller bioinformatik-pipelines i laboratoriemiljøer.
Formatdetaljer
kort fortalt- Adobe Photoshop Transfer Function - Nogle referencer nævner .atf som en intern Adobe Photoshop-overførselsfunktionsfil, men dette er ekstremt sjældent og udokumenteret; ingen signifikant brugertrafik.
Programmer der åbner ATF-filer
Windows3 apps
Microsoft Excel
Betalt Åbn > vælg .atf; brug tekstimportguiden, vælg Tabulator-separator. Header-linjer vil blive inkluderet som rækker. 
macOS2 apps
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Brug read.maimages(files, source='genepix') til at indlæse GPR/ATF-filer i et limma EListRaw-objekt. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Åbn med LibreOffice Calc, indstil separator til Tabulator i importdialogen.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Brug read.maimages(files, source='genepix') til at indlæse GPR/ATF-filer i et limma EListRaw-objekt. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Kodning | Almindelig tekst, ASCII/UTF-8 |
| Separator | Tabulator (\t) der adskiller alle felter |
| Filsignatur | Første linje: ATF[TAB]1.0 - bogstavelige tabulator-separerede tokens; ingen binære magic bytes |
| Header-struktur | Linje 2 angiver antallet af valgfrie header-linjer og antallet af datakolonner; key=value metadata-linjer følger |
| Dataformat | Én tabulator-separeret række pr. microarray-spot, forudgået af en header-række med kolonnenavne |
| Typisk filstørrelse | 50 KB - 50 MB (GPR-resultatfiler kan være store med tusindvis af spots) |
| Almindelige undertyper | GPR (GenePix Results, spot-fluorescensdata) og GAL (GenePix Array List, array-layout) |
| Identifikation af undertype | Type=-feltet i den valgfrie header-blok identificerer undertypen (GPR, GAL eller brugerdefineret) |
| Associeret OS | Windows, Linux, macOS (platformsuafhængig almindelig tekst) |
| Bioinformatik-integration | Læses indfødt af R-pakken limma (Bioconductor) til analyse af differentiel ekspression i microarrays |
| Udviklerhistorik | Axon Instruments → Molecular Devices (erhvervet i 2004); software distribueret af Molecular Devices |
| Udgivet | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Seneste version | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Specifikation | support.moleculardevices.com |
ATF-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om ATF-filer.
