O que é o formato de ficheiro ATF?
Um arquivo .atf é o formato padrão de troca de dados baseado em texto para o software de análise de microarray GenePix, originalmente desenvolvido pela Axon Instruments e agora mantido pela Molecular Devices (adquirida em 2004). Ele armazena medições de intensidade de fluorescência, anotações de pontos e metadados experimentais de varreduras de microarrays de DNA.
O formato é texto simples delimitado por tabulação com um bloco de cabeçalho estruturado. A primeira linha sempre contém ATF como seu primeiro token, seguido por um separador de tabulação literal e o número da versão 1.0 - a única versão em uso generalizado. A segunda linha declara a contagem de linhas de cabeçalho opcionais e o número de colunas de dados. Seguem-se linhas de metadados chave=valor (configurações de varredura, operador, comprimentos de onda), depois uma linha de nome de coluna e, finalmente, uma linha de dados delimitada por tabulação por ponto de microarray.
Dois subtipos nomeados compartilham o contêiner ATF:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: dados de quantificação de fluorescência por ponto de uma execução de scanner
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: layout do array e definições de identidade da sonda
Ambos são arquivos ATF; o campo de cabeçalho Type= os distingue. Como o formato é texto simples com colunas rotuladas, ele abre diretamente em qualquer aplicativo de planilha. Em pipelines de bioinformática, o pacote limma do R e o ecossistema Bioconductor leem arquivos ATF/GPR diretamente para análise de expressão diferencial de microarray.
Segurança e proteção
RISCO: LOWATF é texto simples sem conteúdo executável. Nenhum risco de malware do formato em si. Os arquivos vêm de scanners de microarray ou pipelines de bioinformática em ambientes laboratoriais.
Detalhes do formato
em resumo- Adobe Photoshop Transfer Function - Algumas referências citam .atf como um arquivo de função de transferência interna do Adobe Photoshop, mas isso é extremamente raro e não documentado; sem tráfego significativo de usuários.
Programas que abrem arquivos ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
Pago Abrir > selecionar o .atf; usar o Assistente de Importação de Texto, escolher delimitador Tab. As linhas de cabeçalho serão incluídas como linhas. 
GenePix Pro
Pago Arquivo > Abrir > selecionar o arquivo .atf para visualizar e analisar dados de microarray. 
Notepad
Código aberto Abra o arquivo diretamente para inspecionar o texto bruto, campos de cabeçalho e estrutura de colunas. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Pago Arquivo > Abrir > selecionar o arquivo .atf para visualizar e analisar dados de microarray.
R / Bioconductor (limma package)
Código aberto Use read.maimages(files, source='genepix') para carregar arquivos GPR/ATF em um objeto limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Código aberto Abrir com LibreOffice Calc, definir delimitador como Tab na caixa de diálogo de importação.
R / Bioconductor (limma package)
Código aberto Use read.maimages(files, source='genepix') para carregar arquivos GPR/ATF em um objeto limma EListRaw. Detalhes técnicos
especificação profunda| Codificação | Texto simples, ASCII/UTF-8 |
| Delimitador | Tab (\t) separando todos os campos |
| Assinatura do arquivo | Primeira linha: ATF[TAB]1.0 - tokens literais separados por tabulação; sem bytes mágicos binários |
| Estrutura do cabeçalho | A linha 2 declara a contagem de linhas de cabeçalho opcionais e a contagem de colunas de dados; seguem linhas de metadados chave=valor |
| Formato de dados | Uma linha delimitada por tabulação por ponto de microarray, precedida por uma linha de cabeçalho com nomes de colunas |
| Tamanho de arquivo típico | 50 KB - 50 MB (arquivos de resultados GPR podem ser grandes com milhares de pontos) |
| Subtipos comuns | GPR (GenePix Results, dados de fluorescência de pontos) e GAL (GenePix Array List, layout do array) |
| Identificação de subtipo | O campo Type= no bloco de cabeçalho opcional identifica o subtipo (GPR, GAL ou personalizado) |
| SO associado | Windows, Linux, macOS (texto simples multiplataforma) |
| Integração com bioinformática | Lido nativamente pelo pacote limma do R (Bioconductor) para análise de expressão diferencial de microarray |
| Linhagem do desenvolvedor | Axon Instruments → Molecular Devices (adquirida em 2004); software distribuído pela Molecular Devices |
| Lançado | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Versão mais recente | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Especificação | support.moleculardevices.com |
Conversões de ATF
Perguntas e Respostas da Comunidade
perguntado por usuáriosAinda não há perguntas - seja o primeiro a perguntar sobre arquivos ATF.
