¿Qué es el formato de archivo ATF?
Un archivo .atf es el formato estándar de intercambio de datos basado en texto para el software de análisis de microarrays GenePix, desarrollado originalmente por Axon Instruments y mantenido actualmente por Molecular Devices (adquirida en 2004). Almacena mediciones de intensidad de fluorescencia, anotaciones de puntos (spots) y metadatos experimentales de escaneos de microarrays de ADN.
El formato es texto plano delimitado por tabulaciones con un bloque de encabezado estructurado. La primera línea siempre contiene ATF como su primer token, seguido de un separador de tabulación literal y el número de versión 1.0, la única versión de uso generalizado. La segunda línea declara el recuento de líneas de encabezado opcionales y el número de columnas de datos. Siguen líneas de metadatos de tipo clave=valor (ajustes de escaneo, operador, longitudes de onda), luego una fila de nombres de columna y, finalmente, una fila de datos delimitada por tabulaciones por cada punto del microarray.
Dos subtipos con nombre comparten el contenedor ATF:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: datos de cuantificación de fluorescencia por punto de una ejecución del escáner.
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: definiciones de diseño de la matriz e identidad de las sondas.
Ambos son archivos ATF; el campo de encabezado Type= los distingue. Debido a que el formato es texto plano con columnas etiquetadas, se abre directamente en cualquier aplicación de hoja de cálculo. En los flujos de trabajo de bioinformática, el paquete limma de R y el ecosistema Bioconductor leen archivos ATF/GPR directamente para el análisis de expresión diferencial de microarrays.
Seguridad y protección
RIESGO: LOWATF es texto plano sin contenido ejecutable. No hay riesgo de malware derivado del formato en sí. Los archivos provienen de escáneres de microarrays o flujos de trabajo bioinformáticos en entornos de laboratorio.
Detalles del formato
en pocas palabras- Adobe Photoshop Transfer Function - Algunas referencias citan .atf como un archivo de función de transferencia interna de Adobe Photoshop, pero esto es extremadamente raro y no está documentado; no hay tráfico de usuarios significativo.
Programas que abren archivos ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
Pago Abrir > seleccionar el .atf; usar el Asistente para importar texto, elegir delimitador por tabulación. Las líneas de encabezado se incluirán como filas. 
GenePix Pro
Pago Archivo > Abrir > seleccionar el archivo .atf para visualizar y analizar datos de microarrays. 
Notepad
Código abierto Abra el archivo directamente para inspeccionar el texto sin formato, los campos de encabezado y la estructura de las columnas. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Pago Archivo > Abrir > seleccionar el archivo .atf para visualizar y analizar datos de microarrays.
R / Bioconductor (limma package)
Código abierto Use read.maimages(files, source='genepix') para cargar archivos GPR/ATF en un objeto limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Código abierto Abrir con LibreOffice Calc, establecer el delimitador en Tabulación en el cuadro de diálogo de importación.
R / Bioconductor (limma package)
Código abierto Use read.maimages(files, source='genepix') para cargar archivos GPR/ATF en un objeto limma EListRaw. Detalles técnicos
especificación profunda| Codificación | Texto plano, ASCII/UTF-8 |
| Delimitador | Tabulación (\t) que separa todos los campos |
| Firma de archivo | Primera línea: ATF[TAB]1.0 - tokens literales separados por tabulación; sin bytes mágicos binarios |
| Estructura del encabezado | La línea 2 declara el recuento de líneas de encabezado opcionales y el recuento de columnas de datos; siguen líneas de metadatos clave=valor |
| Formato de datos | Una fila delimitada por tabulaciones por cada punto de microarray, precedida por una fila de encabezado con nombres de columna |
| Tamaño de archivo típico | 50 KB - 50 MB (los archivos de resultados GPR pueden ser grandes con miles de puntos) |
| Subtipos comunes | GPR (GenePix Results, datos de fluorescencia de puntos) y GAL (GenePix Array List, diseño de la matriz) |
| Identificación de subtipo | El campo Type= en el bloque de encabezado opcional identifica el subtipo (GPR, GAL o personalizado) |
| SO asociado | Windows, Linux, macOS (texto plano multiplataforma) |
| Integración bioinformática | Leído de forma nativa por el paquete limma de R (Bioconductor) para el análisis de expresión diferencial de microarrays |
| Linaje del desarrollador | Axon Instruments → Molecular Devices (adquirida en 2004); software distribuido por Molecular Devices |
| Lanzado | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Última versión | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Especificación | support.moleculardevices.com |
Conversiones de ATF
Preguntas y respuestas de la comunidad
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