Что такое формат файла ATF?
Файл .atf является стандартным текстовым форматом обмена данными для программного обеспечения анализа микрочипов GenePix, первоначально разработанного Axon Instruments и в настоящее время поддерживаемого Molecular Devices (приобретена в 2004 году). Он хранит измерения интенсивности флуоресценции, аннотации пятен и метаданные экспериментов сканирования ДНК-микрочипов.
Формат представляет собой обычный текст с разделителями-табуляциями и структурированным блоком заголовка. Первая строка всегда содержит ATF в качестве первого токена, за которым следует литеральный разделитель табуляции и номер версии 1.0 - единственная версия, получившая широкое распространение. Вторая строка объявляет количество необязательных строк заголовка и количество столбцов данных. Далее следуют строки метаданных типа «ключ=значение» (настройки сканирования, оператор, длины волн), затем строка с именами столбцов и, наконец, по одной строке данных с разделителями-табуляциями на каждое пятно микрочипа.
Два именованных подтипа используют контейнер ATF:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: данные количественной оценки флуоресценции каждого пятна по результатам сканирования.
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: определения макета массива и идентификации зондов.
Оба являются файлами ATF; поле заголовка Type= позволяет их различать. Поскольку формат представляет собой обычный текст с размеченными столбцами, он открывается напрямую в любом приложении для работы с электронными таблицами. В биоинформатических конвейерах пакет limma для R и экосистема Bioconductor считывают файлы ATF/GPR напрямую для анализа дифференциальной экспрессии микрочипов.
Безопасность и защита
РИСК: LOWATF - это простой текст без исполняемого содержимого. Риск заражения вредоносным ПО через сам формат отсутствует. Файлы поступают со сканеров микрочипов или биоинформатических конвейеров в лабораторных условиях.
Детали формата
в двух словах- Adobe Photoshop Transfer Function - В некоторых источниках .atf упоминается как внутренний файл функции передачи Adobe Photoshop, но это встречается крайне редко и не документировано; значимого пользовательского трафика не зафиксировано.
Программы, открывающие файлы ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
Платно Открыть > выбрать .atf; использовать Мастер импорта текстов, выбрать разделитель Табуляция. Строки заголовка будут включены как обычные строки. 
Notepad
Открытый код Открыть файл напрямую для проверки исходного текста, полей заголовка и структуры столбцов. 
macOS2 apps
R / Bioconductor (limma package)
Открытый код Используйте read.maimages(files, source='genepix') для загрузки файлов GPR/ATF в объект limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Открытый код Открыть с помощью LibreOffice Calc, установить разделитель на Табуляция в диалоговом окне импорта.
R / Bioconductor (limma package)
Открытый код Используйте read.maimages(files, source='genepix') для загрузки файлов GPR/ATF в объект limma EListRaw. Технические подробности
глубокая спецификация| Кодировка | Простой текст, ASCII/UTF-8 |
| Разделитель | Табуляция (\t), разделяющая все поля |
| Сигнатура файла | Первая строка: ATF[TAB]1.0 - литеральные токены, разделенные табуляцией; бинарные магические байты отсутствуют |
| Структура заголовка | Строка 2 объявляет количество необязательных строк заголовка и количество столбцов данных; далее следуют строки метаданных ключ=значение |
| Формат данных | Одна строка с разделителями-табуляциями на каждое пятно микрочипа, предваряемая строкой заголовка с именами столбцов |
| Типичный размер файла | 50 КБ - 50 МБ (файлы результатов GPR могут быть большими при наличии тысяч пятен) |
| Общие подтипы | GPR (GenePix Results, данные флуоресценции пятен) и GAL (GenePix Array List, макет массива) |
| Идентификация подтипа | Поле Type= в блоке необязательного заголовка идентифицирует подтип (GPR, GAL или пользовательский) |
| Связанные ОС | Windows, Linux, macOS (кроссплатформенный текстовый формат) |
| Интеграция с биоинформатикой | Нативно считывается пакетом R limma (Bioconductor) для анализа дифференциальной экспрессии микрочипов |
| Происхождение разработчика | Axon Instruments → Molecular Devices (приобретена в 2004 г.); ПО распространяется Molecular Devices |
| Выпущен | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Последняя версия | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Спецификация | support.moleculardevices.com |
Конвертации ATF
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах ATF.
