Che cos'è il formato di file ATF?
Un file .atf è il formato standard di scambio dati basato su testo per il software di analisi microarray GenePix, originariamente sviluppato da Axon Instruments e ora gestito da Molecular Devices (acquisita nel 2004). Memorizza misurazioni dell'intensità di fluorescenza, annotazioni sugli spot e metadati sperimentali dalle scansioni dei microarray di DNA.
Il formato è testo semplice delimitato da tabulazioni con un blocco di intestazione strutturato. La prima riga contiene sempre ATF come primo token, seguito da un separatore di tabulazione letterale e dal numero di versione 1.0 - l'unica versione ampiamente utilizzata. La seconda riga dichiara il conteggio delle righe di intestazione opzionali e il numero di colonne di dati. Seguono righe di metadati chiave=valore (impostazioni di scansione, operatore, lunghezze d'onda), quindi una riga con i nomi delle colonne e infine una riga di dati delimitata da tabulazioni per ogni spot del microarray.
Due sottotipi denominati condividono il contenitore ATF:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: dati di quantificazione della fluorescenza per spot da una sessione dello scanner
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: layout dell'array e definizioni dell'identità delle sonde
Entrambi sono file ATF; il campo dell'intestazione Type= li distingue. Poiché il formato è testo semplice con colonne etichettate, si apre direttamente in qualsiasi applicazione per fogli di calcolo. Nelle pipeline di bioinformatica, il pacchetto R limma e l'ecosistema Bioconductor leggono direttamente i file ATF/GPR per l'analisi dell'espressione differenziale dei microarray.
Sicurezza e incolumità
RISCHIO: LOWATF è testo semplice senza contenuti eseguibili. Nessun rischio di malware dal formato stesso. I file provengono da scanner di microarray o pipeline bioinformatiche in contesti di laboratorio.
Dettagli del formato
in sintesi- Adobe Photoshop Transfer Function - Alcuni riferimenti citano .atf come file di funzione di trasferimento interna di Adobe Photoshop, ma questo è estremamente raro e non documentato; nessun traffico utente significativo.
Programmi che aprono file ATF
Windows3 apps
Microsoft Excel
A pagamento Apri > seleziona il file .atf; usa l'Importazione guidata testo, scegli il delimitatore Tabulazione. Le righe di intestazione saranno incluse come righe. 
GenePix Pro
A pagamento File > Apri > seleziona il file .atf per visualizzare e analizzare i dati del microarray. 
Notepad
Open-source Aprire il file direttamente per ispezionare il testo grezzo, i campi dell'intestazione e la struttura delle colonne. 
macOS2 apps
GenePix Pro
A pagamento File > Apri > seleziona il file .atf per visualizzare e analizzare i dati del microarray.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Utilizzare read.maimages(files, source='genepix') per caricare i file GPR/ATF in un oggetto limma EListRaw. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Aprire con LibreOffice Calc, impostare il delimitatore su Tabulazione nella finestra di dialogo di importazione.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Utilizzare read.maimages(files, source='genepix') per caricare i file GPR/ATF in un oggetto limma EListRaw. Dettagli tecnici
specifiche approfondite| Codifica | Testo semplice, ASCII/UTF-8 |
| Delimitatore | Tabulazione (\t) che separa tutti i campi |
| Firma del file | Prima riga: ATF[TAB]1.0 - token letterali separati da tabulazione; nessun byte magico binario |
| Struttura dell'intestazione | La riga 2 dichiara il numero di righe di intestazione opzionali e il numero di colonne di dati; seguono righe di metadati chiave=valore |
| Formato dei dati | Una riga delimitata da tabulazioni per ogni spot del microarray, preceduta da una riga di intestazione con i nomi delle colonne |
| Dimensione tipica del file | 50 KB - 50 MB (i file dei risultati GPR possono essere grandi con migliaia di spot) |
| Sottotipi comuni | GPR (GenePix Results, dati di fluorescenza degli spot) e GAL (GenePix Array List, layout dell'array) |
| Identificazione del sottotipo | Il campo Type= nel blocco di intestazione opzionale identifica il sottotipo (GPR, GAL o personalizzato) |
| OS associati | Windows, Linux, macOS (testo semplice multipiattaforma) |
| Integrazione bioinformatica | Letto nativamente dal pacchetto R limma (Bioconductor) per l'analisi dell'espressione differenziale dei microarray |
| Lignaggio dello sviluppatore | Axon Instruments → Molecular Devices (acquisita nel 2004); software distribuito da Molecular Devices |
| Rilasciato | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Ultima versione | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Specifica | support.moleculardevices.com |
Conversioni ATF
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