Vad är filformatet ATF?
En .atf-fil är det standardiserade textbaserade datautbytesformatet för GenePix-programvara för mikromatrisanalys, ursprungligen utvecklat av Axon Instruments och underhålls nu av Molecular Devices (förvärvat 2004). Den lagrar mätningar av fluorescensintensitet, punktanteckningar och experimentella metadata från DNA-mikromatrisskanningar.
Formatet är ren tabulatoravgränsad text med ett strukturerat huvudblock. Den första raden innehåller alltid ATF som sin första token, följt av en bokstavlig tabulatoravgränsare och versionsnumret 1.0 - den enda versionen i utbredd användning. Den andra raden deklarerar antalet valfria huvudrader och antalet datakolumner. Metadata-rader med nyckel=värde följer (skanningsinställningar, operatör, våglängder), därefter en rad med kolumnnamn och slutligen en tabulatoravgränsad datarad per mikromatrispunkt.
Två namngivna undertyper delar ATF-containern:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: kvantifieringsdata för fluorescens per punkt från en skanning
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: definitioner av matrislayout och probidentitet
Båda är ATF-filer; fältet Type= i huvudet skiljer dem åt. Eftersom formatet är ren text med märkta kolumner kan det öppnas direkt i valfritt kalkylprogram. Inom bioinformatik läser R-paketet limma och Bioconductor-ekosystemet ATF/GPR-filer direkt för analys av differentiellt genuttryck i mikromatriser.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWATF är ren text utan körbart innehåll. Ingen risk för skadlig kod från själva formatet. Filer kommer från mikromatrisskannrar eller bioinformatik-pipelines i laboratoriemiljöer.
Formatdetaljer
i ett nötskal- Adobe Photoshop Transfer Function - Vissa referenser anger .atf som en intern överföringsfunktionsfil för Adobe Photoshop, men detta är extremt sällsynt och odokumenterat; ingen betydande användartrafik.
Program som öppnar ATF-filer
Windows3 apps
Microsoft Excel
Betald Öppna > välj .atf; använd textimportguiden, välj tabulatoravgränsare. Huvudrader kommer att inkluderas som rader. 
macOS2 apps
R / Bioconductor (limma package)
Öppen källkod Använd read.maimages(files, source='genepix') för att ladda GPR/ATF-filer till ett limma EListRaw-objekt. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Öppen källkod Öppna med LibreOffice Calc, ställ in avgränsare till tabulator i importdialogrutan.
R / Bioconductor (limma package)
Öppen källkod Använd read.maimages(files, source='genepix') för att ladda GPR/ATF-filer till ett limma EListRaw-objekt. Tekniska detaljer
djup specifikation| Kodning | Ren text, ASCII/UTF-8 |
| Avgränsare | Tabulator (\t) som separerar alla fält |
| Filsignatur | Första raden: ATF[TAB]1.0 - bokstavliga tabulatorseparerade tokens; inga binära magic bytes |
| Huvudstruktur | Rad 2 deklarerar antal valfria huvudrader och antal datakolumner; metadata-rader med nyckel=värde följer |
| Dataformat | En tabulatoravgränsad rad per mikromatrispunkt, föregången av en huvudrad med kolumnnamn |
| Typisk filstorlek | 50 KB - 50 MB (GPR-resultatfiler kan vara stora med tusentals punkter) |
| Vanliga undertyper | GPR (GenePix Results, punktfluorescensdata) och GAL (GenePix Array List, matrislayout) |
| Identifiering av undertyp | Fältet Type= i det valfria huvudblocket identifierar undertyp (GPR, GAL eller anpassad) |
| Associerade OS | Windows, Linux, macOS (plattformsoberoende ren text) |
| Bioinformatik-integration | Läses inbyggt av R-paketet limma (Bioconductor) för analys av differentiellt genuttryck i mikromatriser |
| Utvecklarhistorik | Axon Instruments → Molecular Devices (förvärvat 2004); programvara distribueras av Molecular Devices |
| Släppt | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Senaste version | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Specifikation | support.moleculardevices.com |
ATF-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om ATF-filer.
