Wat is het ATF-bestandsformaat?
Een .atf-bestand is het standaard tekstgebaseerde gegevensuitwisselingsformaat voor GenePix microarray-analysesoftware, oorspronkelijk ontwikkeld door Axon Instruments en nu onderhouden door Molecular Devices (overgenomen in 2004). Het slaat fluorescentie-intensiteitsmetingen, spot-annotaties en experimentele metadata op van DNA-microarray-scans.
Het formaat is platte tekst met tab-scheidingstekens en een gestructureerd headerblok. De eerste regel bevat altijd ATF als eerste token, gevolgd door een letterlijk tab-scheidingsteken en het versienummer 1.0 - de enige versie die op grote schaal in gebruik is. De tweede regel declareert het aantal optionele headerregels en het aantal gegevenskolommen. Key=value metadata-regels volgen (scaninstellingen, operator, golflengten), daarna een rij met kolomnamen, en ten slotte één tab-gescheiden gegevensrij per microarray-spot.
Twee benoemde subtypen delen de ATF-container:
- GPR (.GPR) - GenePix Results: fluorescentie-kwantificeringsgegevens per spot van een scannerrun
- GAL (
.gal) - GenePix Array List: array-lay-out en probe-identiteitsdefinities
Beide zijn ATF-bestanden; het veld Type= in de header onderscheidt ze. Omdat het formaat platte tekst is met gelabelde kolommen, kan het direct worden geopend in elke spreadsheet-applicatie. In bio-informatica-pipelines lezen het R-pakket limma en het Bioconductor-ecosysteem ATF/GPR-bestanden rechtstreeks voor microarray-differentieel-expressieanalyse.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWATF is platte tekst zonder uitvoerbare inhoud. Geen malware-risico van het formaat zelf. Bestanden zijn afkomstig van microarray-scanners of bio-informatica-pipelines in laboratoriumomgevingen.
Formaatdetails
in een notendop- Adobe Photoshop Transfer Function - Sommige bronnen noemen .atf als een intern transferfunctiebestand van Adobe Photoshop, maar dit is uiterst zeldzaam en ongedocumenteerd; geen significant gebruikersverkeer.
Programma's die ATF-bestanden openen
Windows3 apps
Microsoft Excel
Betaald Openen > selecteer het .atf-bestand; gebruik de wizard Tekst importeren, kies Tab-scheidingsteken. Headerregels worden als rijen opgenomen. 
GenePix Pro
Betaald Bestand > Openen > selecteer het .atf-bestand om microarray-gegevens te bekijken en te analyseren. 
Notepad
Open-source Open het bestand rechtstreeks om de onbewerkte tekst, headervelden en kolomstructuur te inspecteren. 
macOS2 apps
GenePix Pro
Betaald Bestand > Openen > selecteer het .atf-bestand om microarray-gegevens te bekijken en te analyseren.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Gebruik read.maimages(files, source='genepix') om GPR/ATF-bestanden te laden in een limma EListRaw-object. 
Linux2 apps
LibreOffice Calc
Open-source Openen met LibreOffice Calc, stel scheidingsteken in op Tab in het importvenster.
R / Bioconductor (limma package)
Open-source Gebruik read.maimages(files, source='genepix') om GPR/ATF-bestanden te laden in een limma EListRaw-object. Technische details
diepe specificaties| Codering | Platte tekst, ASCII/UTF-8 |
| Scheidingsteken | Tab (\t) die alle velden scheidt |
| Bestandssignatuur | Eerste regel: ATF[TAB]1.0 - letterlijke tab-gescheiden tokens; geen binaire magic bytes |
| Headerstructuur | Regel 2 declareert het aantal optionele headerregels en het aantal gegevenskolommen; key=value metadata-regels volgen |
| Gegevensformaat | Eén tab-gescheiden rij per microarray-spot, voorafgegaan door een rij met kolomnamen |
| Typische bestandsgrootte | 50 KB - 50 MB (GPR-resultaatbestanden kunnen groot zijn met duizenden spots) |
| Veelvoorkomende subtypen | GPR (GenePix Results, spot-fluorescentiegegevens) en GAL (GenePix Array List, array-lay-out) |
| Subtype-identificatie | Type= veld in het optionele headerblok identificeert het subtype (GPR, GAL of aangepast) |
| Geassocieerd OS | Windows, Linux, macOS (platformonafhankelijke platte tekst) |
| Bio-informatica integratie | Systeemeigen gelezen door het R limma-pakket (Bioconductor) voor microarray-differentieel-expressieanalyse |
| Ontwikkelaarshistorie | Axon Instruments → Molecular Devices (overgenomen in 2004); software gedistribueerd door Molecular Devices |
| Uitgebracht | late 1990s (Axon Instruments GenePix software era) |
| Laatste versie | ATF 1.0 (current; version declared in first line) |
| Specificatie | support.moleculardevices.com |
ATF conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over ATF-bestanden.
