Hva er AB1-filformatet?
En .ab1-fil er et binært kromatogram produsert av Applied Biosystems (nå Thermo Fisher Scientific) kapillær-DNA-sekvensatorer, som lagrer rå og prosessert utdata fra en enkelt Sanger-sekvenseringskjøring. Formatet kalles offisielt ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Filen åpnes med en fire-byte ASCII «magic string» ABIF, etterfulgt av et versjonsfelt og en 128-byte header som registrerer offset for tag-katalogen. Innholdet bruker en TIFF-inspirert tagget struktur: hver katalogoppføring spesifiserer et fire-tegns tag-navn, datatypekode, antall elementer, datastørrelse, og enten en innebygd verdi (for oppføringer ≤ 4 byte) eller en offset som peker til en datablokk et annet sted i filen. Kjerne-datablokker inkluderer rå fluorescensintensiteter for fire fargekanaler (DATA-tagger 1-4 og 105-108), prosesserte base-kall (PBAS 2), Phred-ekvivalente kvalitets-skårer (PCON 2), og topp-posisjonsindekser (PLOC 2). Instrument-metadata - modell, kjøringsnavn, injeksjonsparametere - lagres i ytterligere navngitte tagger.
Én .ab1-fil representerer en enkelt kapillær-avlesning, som vanligvis dekker 600-1 000 basepar. For høykapasitets neste-generasjons sekvensering er det dominerende formatet FASTQ, men Sanger-sekvensering fortsetter å produsere .ab1 som sitt primære utdata. Det forblir standarden for verifisering av korte målrettede sekvenser som plasmid-innsetninger og PCR-produkter.
Den eldre utvidelsen .abi refererer til det samme ABIF-formatet og produseres av enkelte eldre Applied Biosystems-instrumenter.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWBinær vitenskapelig datafil; ingen kjørbar kode. Trygg å åpne i enhver viser. Filer mottatt fra sekvenseringstjenester inneholder kun DNA-sekvensdata.
Formatdetaljer
i et nøtteskallProgrammer som åpner AB1-filer
Windows7 apps
SnapGene
Betalt Fullverdig kloningsprogramvare; åpne .ab1 via File → Import Sequencing Data for justering mot referanse. 
BioEdit
Gratis Eldre sekvensredigerer; kan åpne .ab1-kromatogrammer. Sist oppdatert i 2013 - funksjonell, men ikke lenger vedlikeholdt. 
ChromasPro
Betalt Avansert sporviser med sammenstilling; åpne .ab1, batch-trim etter kvalitet, sett sammen avlesninger.
Chromas Lite
Gratis Åpne .ab1-fil direkte; se spor, rediger base-kall, eksporter sekvens som tekst/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → velg .ab1-fil; viser kromatogramspor med kvalitetsverdier, tillater eksport til FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratis macOS-nativ; Windows-brukere kan prøve Wine. Vis og rediger .ab1-spor. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratis Kromatogramviser kun for Mac; åpne .ab1, rediger base-kall, eksporter FASTA. Intuitivt brukergrensesnitt.
ChromasPro
Betalt Avansert sporviser med sammenstilling; åpne .ab1, batch-trim etter kvalitet, sett sammen avlesninger.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → velg .ab1-fil; viser kromatogramspor med kvalitetsverdier, tillater eksport til FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → velg .ab1-fil; viser kromatogramspor med kvalitetsverdier, tillater eksport til FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Gratis Last opp .ab1 i nettleseren; se spor og eksporter sekvens på nettet - ingen installasjon nødvendig. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Magic bytes | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) ved offset 0 |
| Koding | Binær |
| Byterekkefølge | Big-endian |
| Header | 128 byte: magic ABIF, filtype-byte, versjon (0x0065 = v1.01), offset for tag-katalog og antall oppføringer |
| Tag-struktur | TIFF-inspirert katalog: 4-tegns tag-navn, tag-nummer, datatypekode, antall elementer, elementstørrelse, datastørrelse, innebygd verdi eller fil-offset |
| Kjernedata-tagger | Rå fluorescens for 4 fargekanaler (DATA 1-4, 105-108), base-kall (PBAS 2), kvalitets-skårer (PCON 2), topp-posisjoner (PLOC 2) |
| Typisk størrelse | 50 KB - 500 KB per enkelt kapillæravlesning |
| Sekvensdekning | Én fil per kapillæravlesning, vanligvis 600-1 000 basepar |
| Instrumentserier | Produsert av ABI PRISM 377, 3100, 3130, og 3730 kapillær-DNA-sekvensatorserier |
| Spesifikasjonsversjon | ABIF v1.01 (juli 2006-spesifikasjon); formatet har vært stabilt siden introduksjonen på midten av 1990-tallet |
| Utviklerhistorikk | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-type | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif brukes også i bioinformatikk-sammenhenger) |
| Alternativ utvidelse | .abi - samme ABIF-format, produsert av enkelte eldre Applied Biosystems-instrumenter |
| Utgitt | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Siste versjon | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Spesifikasjon | cdn.thermofisher.com |
AB1-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om AB1-filer.
