Vad är filformatet AB1?
En .ab1-fil är ett binärt kromatogram skapat av Applied Biosystems (nu Thermo Fisher Scientific) kapillär-DNA-sekvenserare, som lagrar rå och bearbetad utdata från en enskild Sanger-sekvenseringskörning. Formatet kallas officiellt ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Filen öppnas med en fyra byte lång ASCII-magisk sträng ABIF, följt av ett versionsfält och en 128-byte header som registrerar offset för taggkatalogen. Kroppen använder en TIFF-inspirerad taggad struktur: varje katalogpost anger ett taggnamn på fyra tecken, datatypskod, antal element, datastorlek och antingen ett inline-värde (för poster ≤ 4 byte) eller en offset som pekar på ett datablock någon annanstans i filen. Kärndatablock inkluderar rå fluorescensintensitet för fyra färgkanaler (DATA-taggar 1-4 och 105-108), bearbetade basanrop (PBAS 2), Phred-ekvivalenta kvalitetspoäng (PCON 2) och topppositionsindex (PLOC 2). Instrumentmetadata - modell, körningsnamn, injektionsparametrar - lagras i ytterligare namngivna taggar.
En .ab1-fil representerar en enskild kapillärläsning, som vanligtvis täcker 600-1 000 baspar. För högkapacitets nästa generations sekvensering är det dominerande formatet FASTQ, men Sanger-sekvensering fortsätter att producera .ab1 som sin primära utdata. Det förblir standarden för att verifiera korta riktade sekvenser såsom plasmidinsatser och PCR-produkter.
Den äldre filändelsen .abi avser samma ABIF-format och produceras av vissa äldre Applied Biosystems-instrument.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWBinär vetenskaplig datafil; ingen exekverbar kod. Säker att öppna i valfri visare. Filer som tas emot från sekvenseringstjänster innehåller endast DNA-sekvensdata.
Formatdetaljer
i ett nötskalProgram som öppnar AB1-filer
Windows7 apps
SnapGene
Betald Fullfjädrad kloningsprogramvara; öppna .ab1 via File → Import Sequencing Data för justering mot referens. 
BioEdit
Gratis Äldre sekvensredigerare; kan öppna .ab1-kromatogram. Senast uppdaterad 2013 - funktionell men underhålls inte längre. 
ChromasPro
Betald Avancerad spårningsvisare med montering; öppna .ab1, batch-trimma efter kvalitet, montera läsningar.
Chromas Lite
Gratis Öppna .ab1-fil direkt; visa spårning, redigera basanrop, exportera sekvens som text/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → välj .ab1-fil; visar kromatogramspårning med kvalitetsvärden, tillåter export till FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratis macOS-nativ; Windows-användare kan prova Wine. Visa och redigera .ab1-spårningar. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratis Kromatogramvisare endast för Mac; öppna .ab1, redigera basanrop, exportera FASTA. Intuitivt UI.
ChromasPro
Betald Avancerad spårningsvisare med montering; öppna .ab1, batch-trimma efter kvalitet, montera läsningar.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → välj .ab1-fil; visar kromatogramspårning med kvalitetsvärden, tillåter export till FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → välj .ab1-fil; visar kromatogramspårning med kvalitetsvärden, tillåter export till FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Gratis Ladda upp .ab1 i webbläsaren; visa spårning och exportera sekvens online - ingen installation krävs. Tekniska detaljer
djup specifikation| Magiska byte | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) vid offset 0 |
| Kodning | Binär |
| Byteordning | Big-endian |
| Header | 128 byte: magisk ABIF, filtyp-byte, version (0x0065 = v1.01), offset för taggkatalog och antal poster |
| Taggstruktur | TIFF-inspirerad katalog: 4-teckens taggnamn, taggnummer, datatypskod, antal element, elementstorlek, datastorlek, inline-värde eller fil-offset |
| Kärndatataggar | Rå fluorescens för 4 färgkanaler (DATA 1-4, 105-108), basanrop (PBAS 2), kvalitetspoäng (PCON 2), toppositioner (PLOC 2) |
| Typisk storlek | 50 KB - 500 KB per enskild kapillärläsning |
| Sekvenstäckning | En fil per kapillärläsning, vanligtvis 600-1 000 baspar |
| Instrumentserier | Producerad av ABI PRISM 377, 3100, 3130 och 3730 kapillär-DNA-sekvenseringsserier |
| Specifikationsversion | ABIF v1.01 (specifikation från juli 2006); formatet stabilt sedan introduktionen i mitten av 1990-talet |
| Utvecklarhistorik | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-typ | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif används också i bioinformatiksammanhang) |
| Alternativ filändelse | .abi - samma ABIF-format, producerat av vissa äldre Applied Biosystems-instrument |
| Släppt | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Senaste version | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Specifikation | cdn.thermofisher.com |
AB1-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om AB1-filer.
