O que é o formato de ficheiro AB1?
Um arquivo .ab1 é um cromatograma binário produzido por sequenciadores de DNA capilares da Applied Biosystems (agora Thermo Fisher Scientific), armazenando a saída bruta e processada de uma única corrida de sequenciamento Sanger. O formato é oficialmente chamado de ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
O arquivo abre com uma string mágica ASCII de quatro bytes ABIF, seguida por um campo de versão e um cabeçalho de 128 bytes que registra o deslocamento (offset) do diretório de tags. O corpo usa uma estrutura de tags inspirada no TIFF: cada entrada de diretório especifica um nome de tag de quatro caracteres, código de tipo de dados, contagem de elementos, tamanho dos dados e um valor em linha (para entradas ≤ 4 bytes) ou um deslocamento apontando para um bloco de dados em outro lugar no arquivo. Os blocos de dados principais incluem intensidades de fluorescência brutas para quatro canais de corante (tags DATA 1-4 e 105-108), chamadas de base processadas (PBAS 2), índices de qualidade equivalentes a Phred (PCON 2) e índices de posição de pico (PLOC 2). Metadados do instrumento - modelo, nome da corrida, parâmetros de injeção - são armazenados em tags nomeadas adicionais.
Um arquivo .ab1 representa uma única leitura capilar, cobrindo tipicamente de 600 a 1.000 pares de bases. Para sequenciamento de próxima geração de alto rendimento, o formato dominante é o FASTQ, mas o sequenciamento Sanger continua a produzir .ab1 como sua saída primária. Ele continua sendo o padrão para verificar sequências curtas direcionadas, como insertos de plasmídeos e produtos de PCR.
A extensão mais antiga .abi refere-se ao mesmo formato ABIF e é produzida por alguns instrumentos mais antigos da Applied Biosystems.
Segurança e proteção
RISCO: LOWArquivo de dados científicos binários; sem código executável. Seguro para abrir em qualquer visualizador. Arquivos recebidos de serviços de sequenciamento contêm apenas dados de sequência de DNA.
Detalhes do formato
em resumoProgramas que abrem arquivos AB1
Windows7 apps
SnapGene
Pago Software de clonagem completo; abra .ab1 via File → Import Sequencing Data para alinhamento contra referência. 
DNA Baser
Freemium Abra arquivos .ab1 para visualização ou montagem de sequências; suporta importação em lote. 
BioEdit
Gratuito Editor de sequências legado; pode abrir cromatogramas .ab1. Atualizado pela última vez em 2013 - funcional, mas sem manutenção.
ChromasPro
Pago Visualizador de traços avançado com montagem; abra .ab1, corte em lote por qualidade, monte leituras.
Chromas Lite
Gratuito Abra o arquivo .ab1 diretamente; visualize o traço, edite chamadas de base, exporte a sequência como texto/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratuito File → Open → selecione o arquivo .ab1; exibe o traço do cromatograma com valores de qualidade, permite exportação para FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratuito Nativo para macOS; usuários de Windows podem tentar o Wine. Visualize e edite traços .ab1. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratuito Visualizador de cromatogramas exclusivo para Mac; abra .ab1, edite chamadas de base, exporte FASTA. Interface intuitiva.
ChromasPro
Pago Visualizador de traços avançado com montagem; abra .ab1, corte em lote por qualidade, monte leituras.
SnapGene Viewer
Gratuito File → Open → selecione o arquivo .ab1; exibe o traço do cromatograma com valores de qualidade, permite exportação para FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratuito File → Open → selecione o arquivo .ab1; exibe o traço do cromatograma com valores de qualidade, permite exportação para FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Gratuito Carregue .ab1 no navegador; visualize o traço e exporte a sequência online - sem necessidade de instalação. Detalhes técnicos
especificação profunda| Bytes mágicos | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) no deslocamento 0 |
| Codificação | Binário |
| Ordem dos bytes | Big-endian |
| Cabeçalho | 128 bytes: ABIF mágico, byte de tipo de arquivo, versão (0x0065 = v1.01), deslocamento do diretório de tags e contagem de entradas |
| Estrutura de tags | Diretório inspirado no TIFF: nome da tag de 4 caracteres, número da tag, código do tipo de dados, contagem de elementos, tamanho do elemento, tamanho dos dados, valor em linha ou deslocamento de arquivo |
| Tags de dados principais | Fluorescência bruta para 4 canais de corante (DATA 1-4, 105-108), chamadas de base (PBAS 2), índices de qualidade (PCON 2), posições de pico (PLOC 2) |
| Tamanho típico | 50 KB - 500 KB por leitura capilar única |
| Cobertura de sequência | Um arquivo por leitura capilar, tipicamente 600-1.000 pares de bases |
| Série de instrumentos | Produzido pelas séries de sequenciadores de DNA capilares ABI PRISM 377, 3100, 3130 e 3730 |
| Versão da especificação | ABIF v1.01 (especificação de julho de 2006); formato estável desde a introdução em meados da década de 1990 |
| Linhagem do desenvolvedor | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| Tipo MIME | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif também usado em contextos de bioinformática) |
| Extensão alternativa | .abi - mesmo formato ABIF, produzido por alguns instrumentos mais antigos da Applied Biosystems |
| Lançado | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Versão mais recente | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Especificação | cdn.thermofisher.com |
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