AB1 ファイル形式とは？
.ab1 ファイルは、Applied Biosystems (現 Thermo Fisher Scientific) のキャピラリー DNA シーケンサーによって生成されるバイナリクロマトグラムであり、単一のサンガーシーケンシングランの生データおよび処理済み出力を保存します。この形式は正式には ABIF (Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format) と呼ばれます。
ファイルは 4 バイトの ASCII マジック文字列 ABIF で始まり、その後にバージョンフィールドと、タグディレクトリのオフセットを記録する 128 バイトのヘッダーが続きます。ボディは TIFF に着想を得たタグ構造を使用しています。各ディレクトリ・エントリは、4 文字のタグ名、データ型コード、要素数、データサイズ、およびインライン値 (4 バイト以下のエントリの場合) またはファイル内の他の場所にあるデータブロックを指すオフセットを指定します。コアデータブロックには、4 つの色素チャネルの生蛍光強度 (DATA タグ 1-4 および 105-108)、処理済みベースコール (PBAS 2)、Phred 相当のクオリティスコア (PCON 2)、およびピーク位置インデックス (PLOC 2) が含まれます。装置のメタデータ (モデル、ラン名、インジェクションパラメータ) は、追加の名前付きタグに保存されます。
1 つの .ab1 ファイルは 1 つのキャピラリーリードを表し、通常は 600-1,000 塩基対をカバーします。ハイスループットな次世代シーケンシングでは FASTQ が主要な形式ですが、サンガーシーケンシングは主要な出力として .ab1 を生成し続けています。これは、プラスミドインサートや PCR 産物などの短い標的配列を確認するための標準であり続けています。
古い拡張子 .abi は同じ ABIF 形式を指し、一部の古い Applied Biosystems 装置によって生成されます。
セキュリティと安全性
リスク： LOWバイナリ科学データファイルであり、実行可能コードは含まれていません。任意のビューアで安全に開くことができます。シーケンシングサービスから受け取ったファイルには、DNA 配列データのみが含まれています。
形式の詳細
概要AB1 ファイルを開くプログラム
Windows7 apps
SnapGene Viewer
無料 File → Open → .ab1 ファイルを選択。クオリティ値とともにクロマトグラムトレースを表示し、FASTA/GenBank へのエクスポートを許可します。 
macOS3 apps
SnapGene Viewer
無料 File → Open → .ab1 ファイルを選択。クオリティ値とともにクロマトグラムトレースを表示し、FASTA/GenBank へのエクスポートを許可します。 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
無料 File → Open → .ab1 ファイルを選択。クオリティ値とともにクロマトグラムトレースを表示し、FASTA/GenBank へのエクスポートを許可します。 技術的詳細
詳細仕様| マジックバイト | オフセット 0 に ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) |
| エンコーディング | バイナリ |
| バイトオーダー | ビッグエンディアン |
| ヘッダー | 128 バイト: マジック ABIF、ファイルタイプバイト、バージョン (0x0065 = v1.01)、タグディレクトリのオフセットとエントリ数 |
| タグ構造 | TIFF に着想を得たディレクトリ: 4 文字のタグ名、タグ番号、データ型コード、要素数、要素サイズ、データサイズ、インライン値またはファイルオフセット |
| コアデータタグ | 4 つの色素チャネルの生蛍光 (DATA 1-4, 105-108)、ベースコール (PBAS 2)、クオリティスコア (PCON 2)、ピーク位置 (PLOC 2) |
| 一般的なサイズ | 単一キャピラリーリードあたり 50 KB - 500 KB |
| 配列カバレッジ | キャピラリーリードごとに 1 ファイル、通常 600-1,000 塩基対 |
| 装置シリーズ | ABI PRISM 377, 3100, 3130, および 3730 キャピラリー DNA シーケンサーシリーズによって生成 |
| 仕様バージョン | ABIF v1.01 (2006 年 7 月仕様)。1990 年代半ばの導入以来、形式は安定しています |
| 開発者の系譜 | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME タイプ | application/octet-stream (バイオインフォマティクスの文脈では chemical/seq-na-abif も使用されます) |
| 代替拡張子 | .abi - 同じ ABIF 形式で、一部の古い Applied Biosystems 装置によって生成されます |
| リリース日 | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| 最新バージョン | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| 仕様書 | cdn.thermofisher.com |
AB1 の変換
コミュニティ Q&A
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よくある質問
.ab1 ファイルから DNA 配列を抽出するにはどうすればよいですか？
SeqIO.read('file.ab1', 'abi').seq
