Qu'est-ce que le format de fichier AB1 ?
Un fichier .ab1 est un chromatogramme binaire produit par les séquenceurs d'ADN capillaires d'Applied Biosystems (désormais Thermo Fisher Scientific), stockant les données brutes et traitées d'un seul cycle de séquençage Sanger. Le format est officiellement appelé ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Le fichier s'ouvre par une chaîne magique ASCII de quatre octets ABIF, suivie d'un champ de version et d'un en-tête de 128 octets qui enregistre l'emplacement (offset) du répertoire des balises (tags). Le corps utilise une structure balisée inspirée du TIFF : chaque entrée du répertoire spécifie un nom de balise de quatre caractères, un code de type de données, le nombre d'éléments, la taille des données et soit une valeur intégrée (pour les entrées ≤ 4 octets), soit un décalage pointant vers un bloc de données ailleurs dans le fichier. Les blocs de données principaux incluent les intensités de fluorescence brutes pour quatre canaux de colorants (balises DATA 1-4 et 105-108), les appels de bases traités (PBAS 2), les scores de qualité équivalents à Phred (PCON 2) et les indices de position des pics (PLOC 2). Les métadonnées de l'instrument - modèle, nom de l'analyse, paramètres d'injection - sont stockées dans des balises nommées supplémentaires.
Un fichier .ab1 représente une seule lecture capillaire, couvrant généralement 600 à 1 000 paires de bases. Pour le séquençage de nouvelle génération à haut débit, le format dominant est FASTQ, mais le séquençage Sanger continue de produire du .ab1 comme sortie principale. Il reste la norme pour vérifier les séquences ciblées courtes telles que les inserts de plasmides et les produits de PCR.
L'ancienne extension .abi fait référence au même format ABIF et est produite par certains instruments Applied Biosystems plus anciens.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWFichier de données scientifiques binaires ; aucun code exécutable. Peut être ouvert en toute sécurité dans n'importe quelle visionneuse. Les fichiers reçus des services de séquençage ne contiennent que des données de séquence d'ADN.
Détails du format
en brefProgrammes qui ouvrent les fichiers AB1
Windows7 apps
SnapGene
Payant Logiciel de clonage complet ; ouvrez le .ab1 via File → Import Sequencing Data pour l'alignement contre une référence. 
DNA Baser
Freemium Ouvre les fichiers .ab1 pour la visualisation ou l'assemblage de séquences ; prend en charge l'importation par lots. 
BioEdit
Gratuit Éditeur de séquences hérité ; peut ouvrir les chromatogrammes .ab1. Dernière mise à jour en 2013 - fonctionnel mais non maintenu.
ChromasPro
Payant Visionneuse de traces avancée avec assemblage ; permet d'ouvrir le .ab1, de rogner par lots selon la qualité et d'assembler les lectures.
Chromas Lite
Gratuit Ouvre directement le fichier .ab1 ; permet de visualiser la trace, de modifier les appels de bases et d'exporter la séquence en texte/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratuit File → Open → sélectionnez le fichier .ab1 ; affiche la trace du chromatogramme avec les valeurs de qualité, permet l'exportation vers FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratuit Natif macOS ; les utilisateurs de Windows peuvent essayer Wine. Visualisez et éditez les traces .ab1. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratuit Visionneuse de chromatogrammes pour Mac uniquement ; ouvre le .ab1, édite les appels de bases, exporte en FASTA. Interface intuitive.
ChromasPro
Payant Visionneuse de traces avancée avec assemblage ; permet d'ouvrir le .ab1, de rogner par lots selon la qualité et d'assembler les lectures.
SnapGene Viewer
Gratuit File → Open → sélectionnez le fichier .ab1 ; affiche la trace du chromatogramme avec les valeurs de qualité, permet l'exportation vers FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratuit File → Open → sélectionnez le fichier .ab1 ; affiche la trace du chromatogramme avec les valeurs de qualité, permet l'exportation vers FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Gratuit Téléchargez le .ab1 dans le navigateur ; visualisez la trace et exportez la séquence en ligne - aucune installation requise. Détails techniques
spécifications approfondies| Octets magiques | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) à l'offset 0 |
| Encodage | Binaire |
| Ordre des octets | Big-endian |
| En-tête | 128 octets : ABIF magique, octet de type de fichier, version (0x0065 = v1.01), offset du répertoire des balises et nombre d'entrées |
| Structure des balises | Répertoire inspiré du TIFF : nom de balise de 4 caractères, numéro de balise, code de type de données, nombre d'éléments, taille d'élément, taille de données, valeur intégrée ou offset de fichier |
| Balises de données clés | Fluorescence brute pour 4 canaux (DATA 1-4, 105-108), appels de bases (PBAS 2), scores de qualité (PCON 2), positions des pics (PLOC 2) |
| Taille typique | 50 Ko - 500 Ko par lecture capillaire unique |
| Couverture de séquence | Un fichier par lecture capillaire, généralement 600 à 1 000 paires de bases |
| Série d'instruments | Produit par les séries de séquenceurs d'ADN capillaires ABI PRISM 377, 3100, 3130 et 3730 |
| Version de spécification | ABIF v1.01 (spécification de juillet 2006) ; format stable depuis son introduction au milieu des années 1990 |
| Lignée du développeur | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| Type MIME | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif est également utilisé dans les contextes de bio-informatique) |
| Extension alternative | .abi - même format ABIF, produit par certains instruments Applied Biosystems plus anciens |
| Publié | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Dernière version | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Spécification | cdn.thermofisher.com |
Conversions AB1
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