Co to jest format pliku AB1?
Plik .ab1 to binarny chromatogram generowany przez kapilarne sekwenatory DNA firmy Applied Biosystems (obecnie Thermo Fisher Scientific), przechowujący surowe i przetworzone dane wyjściowe z pojedynczego przebiegu sekwencjonowania metodą Sangera. Format ten jest oficjalnie nazywany ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Plik otwiera się cztero-bajtowym ciągiem magicznym ASCII ABIF, po którym następuje pole wersji i 128-bajtowy nagłówek rejestrujący przesunięcie (offset) katalogu tagów. Treść wykorzystuje strukturę tagowaną inspirowaną formatem TIFF: każdy wpis w katalogu określa cztero-znakową nazwę tagu, kod typu danych, liczbę elementów, rozmiar danych oraz wartość bezpośrednią (dla wpisów ≤ 4 bajty) lub przesunięcie wskazujące na blok danych w innym miejscu pliku. Główne bloki danych obejmują surowe intensywności fluorescencji dla czterech kanałów barwników (tagi DATA 1-4 i 105-108), przetworzone odczyty zasad (PBAS 2), oceny jakości odpowiadające skali Phred (PCON 2) oraz indeksy pozycji pików (PLOC 2). Metadane instrumentu - model, nazwa przebiegu, parametry iniekcji - są przechowywane w dodatkowych nazwanych tagach.
Jeden plik .ab1 reprezentuje pojedynczy odczyt kapilarny, zazwyczaj obejmujący 600-1000 par zasad. W przypadku wysokoprzepustowego sekwencjonowania nowej generacji dominującym formatem jest FASTQ, ale sekwencjonowanie Sangera nadal generuje .ab1 jako swój główny wynik. Pozostaje on standardem przy weryfikacji krótkich, celowanych sekwencji, takich jak wstawki plazmidowe i produkty PCR.
Starsze rozszerzenie .abi odnosi się do tego samego formatu ABIF i jest generowane przez niektóre starsze instrumenty Applied Biosystems.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWBinarny plik danych naukowych; brak kodu wykonywalnego. Bezpieczny do otwarcia w dowolnej przeglądarce. Pliki otrzymane z serwisów sekwencjonowania zawierają wyłącznie dane o sekwencji DNA.
Szczegóły formatu
w pigułceProgramy otwierające pliki AB1
Windows7 apps
SnapGene
Płatny W pełni funkcjonalne oprogramowanie do klonowania; otwórz .ab1 przez File → Import Sequencing Data w celu dopasowania do referencji. 
DNA Baser
Freemium Otwieraj pliki .ab1 do przeglądania lub składania sekwencji; obsługuje import masowy. 
BioEdit
Darmowy Starszy edytor sekwencji; może otwierać chromatogramy .ab1. Ostatnia aktualizacja w 2013 roku - funkcjonalny, ale nieutrzymywany.
ChromasPro
Płatny Zaawansowana przeglądarka śladów ze składaniem sekwencji; otwórz .ab1, przycinaj masowo według jakości, składaj odczyty.
Chromas Lite
Darmowy Otwórz plik .ab1 bezpośrednio; przeglądaj ślad, edytuj odczyty zasad, eksportuj sekwencję jako tekst/FASTA.
SnapGene Viewer
Darmowy File → Open → wybierz plik .ab1; wyświetla ślad chromatogramu z wartościami jakości, pozwala na eksport do FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Darmowy Natywna dla macOS; użytkownicy Windows mogą spróbować Wine. Przeglądaj i edytuj ślady .ab1. 
macOS3 apps
4Peaks
Darmowy Przeglądarka chromatogramów tylko na Mac; otwórz .ab1, edytuj odczyty zasad, eksportuj FASTA. Intuicyjny interfejs użytkownika.
ChromasPro
Płatny Zaawansowana przeglądarka śladów ze składaniem sekwencji; otwórz .ab1, przycinaj masowo według jakości, składaj odczyty.
SnapGene Viewer
Darmowy File → Open → wybierz plik .ab1; wyświetla ślad chromatogramu z wartościami jakości, pozwala na eksport do FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Darmowy File → Open → wybierz plik .ab1; wyświetla ślad chromatogramu z wartościami jakości, pozwala na eksport do FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Darmowy Prześlij .ab1 w przeglądarce; przeglądaj ślad i eksportuj sekwencję online - instalacja nie jest wymagana. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Bajty magiczne | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) na przesunięciu 0 |
| Kodowanie | Binarne |
| Kolejność bajtów | Big-endian |
| Nagłówek | 128 bajtów: magiczne ABIF, bajt typu pliku, wersja (0x0065 = v1.01), przesunięcie katalogu tagów i liczba wpisów |
| Struktura tagów | Katalog inspirowany TIFF: 4-znakowa nazwa tagu, numer tagu, kod typu danych, liczba elementów, rozmiar elementu, rozmiar danych, wartość bezpośrednia lub przesunięcie w pliku |
| Główne tagi danych | Surowa fluorescencja dla 4 kanałów barwników (DATA 1-4, 105-108), odczyty zasad (PBAS 2), oceny jakości (PCON 2), pozycje pików (PLOC 2) |
| Typowy rozmiar | 50 KB - 500 KB na pojedynczy odczyt kapilarny |
| Zakres sekwencji | Jeden plik na odczyt kapilarny, zazwyczaj 600-1000 par zasad |
| Serie instrumentów | Generowane przez serie kapilarnych sekwenatorów DNA ABI PRISM 377, 3100, 3130 oraz 3730 |
| Wersja specyfikacji | ABIF v1.01 (specyfikacja z lipca 2006); format stabilny od wprowadzenia w połowie lat 90. |
| Linia deweloperska | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| Typ MIME | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif używany również w kontekstach bioinformatycznych) |
| Alternatywne rozszerzenie | .abi - ten sam format ABIF, generowany przez niektóre starsze instrumenty Applied Biosystems |
| Wydano | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Najnowsza wersja | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Specyfikacja | cdn.thermofisher.com |
Konwersje AB1
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki AB1.
Najczęściej zadawane pytania
Jak wyodrębnić sekwencję DNA z pliku .ab1?
Jaka jest różnica między .ab1 a .abi?
.ab1 to aktualne rozszerzenie Applied Biosystems; .abi to starszy wariant używany przez starsze oprogramowanie. Oba korzystają z tego samego formatu binarnego ABIF i są wymienne.
