Wat is het AB1-bestandsformaat?
Een .ab1-bestand is een binair chromatogram geproduceerd door capillaire DNA-sequencers van Applied Biosystems (nu Thermo Fisher Scientific), waarin de ruwe en verwerkte uitvoer van een enkele Sanger-sequencing-run wordt opgeslagen. Het formaat wordt officieel ABIF genoemd - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Het bestand opent met een vier-byte ASCII magic string ABIF, gevolgd door een versieveld en een 128-byte header die de offset van de tag-directory registreert. De body gebruikt een op TIFF geïnspireerde getagde structuur: elk directory-item specificeert een tagnaam van vier tekens, een datatypecode, het aantal elementen, de gegevensgrootte en ofwel een inline waarde (voor items ≤ 4 bytes) of een offset die naar een datablok elders in het bestand verwijst. Kerngegevensblokken omvatten ruwe fluorescentie-intensiteiten voor vier kleurstofkanalen (DATA-tags 1-4 en 105-108), verwerkte base-calls (PBAS 2), Phred-equivalente kwaliteitsscores (PCON 2) en piekpositie-indices (PLOC 2). Metadata van het instrument - model, runnaam, injectieparameters - worden opgeslagen in aanvullende benoemde tags.
Eén .ab1-bestand vertegenwoordigt een enkele capillaire uitlezing, die doorgaans 600-1.000 basenparen beslaat. Voor high-throughput next-generation sequencing is het dominante formaat FASTQ, maar Sanger-sequencing blijft .ab1 produceren als primaire uitvoer. Het blijft de standaard voor het verifiëren van korte gerichte sequenties zoals plasmide-inserts en PCR-producten.
De oudere extensie .abi verwijst naar hetzelfde ABIF-formaat en wordt geproduceerd door sommige oudere instrumenten van Applied Biosystems.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWBinair wetenschappelijk gegevensbestand; geen uitvoerbare code. Veilig te openen in elke viewer. Bestanden ontvangen van sequencing-diensten bevatten alleen DNA-sequentiegegevens.
Formaatdetails
in een notendopProgramma's die AB1-bestanden openen
Windows7 apps
SnapGene
Betaald Volledige cloning-software; open .ab1 via File → Import Sequencing Data voor uitlijning tegen een referentie. 
DNA Baser
Freemium Open .ab1-bestanden voor weergave of sequentie-assemblage; ondersteunt batch-import. 
BioEdit
Gratis Legacy sequentie-editor; kan .ab1-chromatogrammen openen. Laatst bijgewerkt in 2013 - functioneel maar niet meer onderhouden.
ChromasPro
Betaald Geavanceerde trace-viewer met assemblage; open .ab1, batch-trim op kwaliteit, assembleer uitlezingen.
Chromas Lite
Gratis Open .ab1-bestand direct; bekijk trace, bewerk base-calls, exporteer sequentie als tekst/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → selecteer .ab1-bestand; toont chromatogram-trace met kwaliteitswaarden, maakt export naar FASTA/GenBank mogelijk.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratis macOS-native; Windows-gebruikers kunnen Wine proberen. Bekijk en bewerk .ab1-traces. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratis Chromatogram-viewer alleen voor Mac; open .ab1, bewerk base-calls, exporteer FASTA. Intuïtieve UI.
ChromasPro
Betaald Geavanceerde trace-viewer met assemblage; open .ab1, batch-trim op kwaliteit, assembleer uitlezingen.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → selecteer .ab1-bestand; toont chromatogram-trace met kwaliteitswaarden, maakt export naar FASTA/GenBank mogelijk. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → selecteer .ab1-bestand; toont chromatogram-trace met kwaliteitswaarden, maakt export naar FASTA/GenBank mogelijk.
Science Codons AB1 Viewer
Gratis Upload .ab1 in browser; bekijk trace en exporteer sequentie online - geen installatie nodig. Technische details
diepe specificaties| Magic bytes | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) op offset 0 |
| Codering | Binair |
| Byte-volgorde | Big-endian |
| Header | 128 bytes: magic ABIF, bestandstype-byte, versie (0x0065 = v1.01), tag-directory offset en aantal items |
| Tag-structuur | Op TIFF geïnspireerde directory: tagnaam van 4 tekens, tagnummer, datatypecode, aantal elementen, elementgrootte, gegevensgrootte, inline waarde of bestandsoffset |
| Kerngegevens-tags | Ruwe fluorescentie voor 4 kleurstofkanalen (DATA 1-4, 105-108), base-calls (PBAS 2), kwaliteitsscores (PCON 2), piekposities (PLOC 2) |
| Typische grootte | 50 KB - 500 KB per enkele capillaire uitlezing |
| Sequentie-dekking | Eén bestand per capillaire uitlezing, doorgaans 600-1.000 basenparen |
| Instrument-series | Geproduceerd door ABI PRISM 377, 3100, 3130 en 3730 capillaire DNA-sequencer-series |
| Specificatieversie | ABIF v1.01 (specificatie juli 2006); formaat stabiel sinds introductie midden jaren 90 |
| Ontwikkelaarshistorie | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-type | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif wordt ook gebruikt in bio-informatica-contexten) |
| Alternatieve extensie | .abi - hetzelfde ABIF-formaat, geproduceerd door sommige oudere Applied Biosystems-instrumenten |
| Uitgebracht | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Laatste versie | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Specificatie | cdn.thermofisher.com |
AB1 conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over AB1-bestanden.
Veelgestelde vragen
Hoe extraheer ik de DNA-sequentie uit een .ab1-bestand?
Wat is het verschil tussen .ab1 en .abi?
.ab1 is de huidige extensie van Applied Biosystems; .abi is een oudere variant die door legacy-software wordt gebruikt. Beiden gebruiken hetzelfde binaire ABIF-formaat en zijn uitwisselbaar.
