Was ist das AB1-Dateiformat?
Eine .ab1-Datei ist ein binäres Chromatogramm, das von Kapillar-DNA-Sequenzierern von Applied Biosystems (heute Thermo Fisher Scientific) erstellt wird und die rohen sowie verarbeiteten Ausgabedaten eines einzelnen Sanger-Sequenzierungslaufs speichert. Das Format wird offiziell ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format genannt.
Die Datei beginnt mit einer vier Byte langen ASCII-Magic-Zeichenfolge ABIF, gefolgt von einem Versionsfeld und einem 128-Byte-Header, der den Offset des Tag-Verzeichnisses aufzeichnet. Der Hauptteil verwendet eine von TIFF inspirierte Tag-Struktur: Jeder Verzeichniseintrag spezifiziert einen vierstelligen Tag-Namen, einen Datentyp-Code, die Elementanzahl, die Datengröße und entweder einen Inline-Wert (für Einträge ≤ 4 Byte) oder einen Offset, der auf einen Datenblock an anderer Stelle in der Datei verweist. Zu den Kerndatenblöcken gehören rohe Fluoreszenzintensitäten für vier Farbstoffkanäle (DATA-Tags 1-4 und 105-108), verarbeitete Basenaufrufe (PBAS 2), Phred-äquivalente Qualitätswerte (PCON 2) und Peak-Positionsindizes (PLOC 2). Instrumenten-Metadaten - Modell, Laufname, Injektionsparameter - werden in zusätzlichen benannten Tags gespeichert.
Eine .ab1-Datei repräsentiert ein einzelnes Kapillar-Read, das typischerweise 600-1.000 Basenpaare abdeckt. Für die Hochdurchsatz-Sequenzierung der nächsten Generation ist das dominante Format FASTQ, aber die Sanger-Sequenzierung produziert weiterhin .ab1 als primäre Ausgabe. Es bleibt der Standard für die Verifizierung kurzer, gezielter Sequenzen wie Plasmid-Inserts und PCR-Produkte.
Die ältere Erweiterung .abi bezieht sich auf dasselbe ABIF-Format und wird von einigen älteren Applied Biosystems-Geräten erzeugt.
Sicherheit
RISIKO: LOWBinäre wissenschaftliche Datendatei; kein ausführbarer Code. Sicher in jedem Viewer zu öffnen. Von Sequenzierdiensten erhaltene Dateien enthalten nur DNA-Sequenzdaten.
Formatdetails
kurz gefasstProgramme zum Öffnen von AB1-Dateien
Windows7 apps
SnapGene
Kostenpflichtig Voll funktionsfähige Klonierungssoftware; öffnen Sie .ab1 über File → Import Sequencing Data für das Alignment gegen eine Referenz. 
DNA Baser
Freemium Öffnen von .ab1-Dateien zur Ansicht oder Sequenz-Assembly; unterstützt Batch-Import. 
BioEdit
Kostenlos Legacy-Sequenzeditor; kann .ab1-Chromatogramme öffnen. Zuletzt 2013 aktualisiert - funktionsfähig, aber nicht mehr gewartet.
ChromasPro
Kostenpflichtig Fortgeschrittener Trace-Viewer mit Assembly; .ab1 öffnen, Batch-Trimmen nach Qualität, Reads assemblieren.
Chromas Lite
Kostenlos .ab1-Datei direkt öffnen; Spur anzeigen, Basenaufrufe bearbeiten, Sequenz als Text/FASTA exportieren.
SnapGene Viewer
Kostenlos File → Open → .ab1-Datei auswählen; zeigt Chromatogramm-Spur mit Qualitätswerten an, ermöglicht Export nach FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Kostenlos macOS-nativ; Windows-Benutzer können Wine ausprobieren. Anzeigen und Bearbeiten von .ab1-Spuren. 
macOS3 apps
4Peaks
Kostenlos Chromatogramm-Viewer nur für Mac; .ab1 öffnen, Basenaufrufe bearbeiten, FASTA exportieren. Intuitive Benutzeroberfläche.
ChromasPro
Kostenpflichtig Fortgeschrittener Trace-Viewer mit Assembly; .ab1 öffnen, Batch-Trimmen nach Qualität, Reads assemblieren.
SnapGene Viewer
Kostenlos File → Open → .ab1-Datei auswählen; zeigt Chromatogramm-Spur mit Qualitätswerten an, ermöglicht Export nach FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Kostenlos File → Open → .ab1-Datei auswählen; zeigt Chromatogramm-Spur mit Qualitätswerten an, ermöglicht Export nach FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Kostenlos .ab1 im Browser hochladen; Spur anzeigen und Sequenz online exportieren - keine Installation erforderlich. Technische Details
technische Spezifikation| Magic Bytes | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) bei Offset 0 |
| Kodierung | Binär |
| Byte-Reihenfolge | Big-endian |
| Header | 128 Bytes: Magic ABIF, Dateityp-Byte, Version (0x0065 = v1.01), Tag-Verzeichnis-Offset und Eintragsanzahl |
| Tag-Struktur | TIFF-inspiriertes Verzeichnis: 4-Zeichen Tag-Name, Tag-Nummer, Datentyp-Code, Elementanzahl, Elementgröße, Datengröße, Inline-Wert oder Datei-Offset |
| Kerndaten-Tags | Rohe Fluoreszenz für 4 Farbstoffkanäle (DATA 1-4, 105-108), Basenaufrufe (PBAS 2), Qualitätswerte (PCON 2), Peak-Positionen (PLOC 2) |
| Typische Größe | 50 KB - 500 KB pro einzelnem Kapillar-Read |
| Sequenzabdeckung | Eine Datei pro Kapillar-Read, typischerweise 600-1.000 Basenpaare |
| Instrumenten-Serien | Produziert von ABI PRISM 377, 3100, 3130 und 3730 Kapillar-DNA-Sequenzierer-Serien |
| Spezifikationsversion | ABIF v1.01 (Spezifikation vom Juli 2006); Format stabil seit der Einführung Mitte der 1990er Jahre |
| Entwickler-Historie | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-Typ | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif wird ebenfalls in Bioinformatik-Kontexten verwendet) |
| Alternative Erweiterung | .abi - gleiches ABIF-Format, produziert von einigen älteren Applied Biosystems-Geräten |
| Veröffentlicht | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Neueste Version | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Spezifikation | cdn.thermofisher.com |
AB1-Konvertierungen
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