Что такое формат файла AB1?
Файл .ab1 представляет собой бинарную хроматограмму, созданную капиллярными секвенаторами ДНК Applied Biosystems (ныне Thermo Fisher Scientific), в которой хранятся необработанные и обработанные результаты одного запуска секвенирования по Сэнгеру. Официально формат называется ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Файл открывается четырехбайтным магическим ASCII-строкой ABIF, за которой следует поле версии и 128-байтный заголовок, фиксирующий смещение каталога тегов. Тело файла использует структуру тегов, вдохновленную TIFF: каждая запись каталога определяет четырехсимвольное имя тега, код типа данных, количество элементов, размер данных и либо встроенное значение (для записей ≤ 4 байт), либо смещение, указывающее на блок данных в другом месте файла. Основные блоки данных включают необработанную интенсивность флуоресценции для четырех каналов красителей (теги DATA с 1-4 по 105-108), обработанные вызовы оснований (PBAS 2), показатели качества, эквивалентные Phred (PCON 2), и индексы положения пиков (PLOC 2). Метаданные прибора - модель, название запуска, параметры инъекции - хранятся в дополнительных именованных тегах.
Один файл .ab1 представляет собой одно капиллярное чтение, обычно охватывающее 600-1000 пар оснований. Для высокопроизводительного секвенирования следующего поколения доминирующим форматом является FASTQ, но секвенирование по Сэнгеру продолжает выдавать .ab1 в качестве основного результата. Он остается стандартом для проверки коротких целевых последовательностей, таких как плазмидные вставки и продукты ПЦР.
Более старое расширение .abi относится к тому же формату ABIF и создается некоторыми старыми приборами Applied Biosystems.
Безопасность и защита
РИСК: LOWБинарный файл научных данных; не содержит исполняемого кода. Безопасен для открытия в любом просмотрщике. Файлы, полученные от сервисов секвенирования, содержат только данные о последовательности ДНК.
Детали формата
в двух словахПрограммы, открывающие файлы AB1
Windows7 apps
SnapGene
Платно Полнофункциональное ПО для клонирования; открывайте .ab1 через File → Import Sequencing Data для выравнивания относительно референса. 
DNA Baser
Freemium Открытие файлов .ab1 для просмотра или сборки последовательностей; поддерживает пакетный импорт. 
BioEdit
Бесплатно Устаревший редактор последовательностей; может открывать хроматограммы .ab1. Последнее обновление в 2013 году - функционален, но не поддерживается.
ChromasPro
Платно Продвинутый просмотрщик трейсов со сборкой; открывайте .ab1, выполняйте пакетную обрезку по качеству, собирайте чтения.
Chromas Lite
Бесплатно Прямое открытие файла .ab1; просмотр трейса, редактирование вызовов оснований, экспорт последовательности в виде текста/FASTA.
SnapGene Viewer
Бесплатно File → Open → выберите файл .ab1; отображает трейс хроматограммы со значениями качества, позволяет экспортировать в FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Бесплатно Нативное приложение для macOS; пользователи Windows могут попробовать запустить через Wine. Просмотр и редактирование трейсов .ab1. 
macOS3 apps
4Peaks
Бесплатно Просмотрщик хроматограмм только для Mac; открывайте .ab1, редактируйте вызовы оснований, экспортируйте FASTA. Интуитивно понятный интерфейс.
ChromasPro
Платно Продвинутый просмотрщик трейсов со сборкой; открывайте .ab1, выполняйте пакетную обрезку по качеству, собирайте чтения.
SnapGene Viewer
Бесплатно File → Open → выберите файл .ab1; отображает трейс хроматограммы со значениями качества, позволяет экспортировать в FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Бесплатно File → Open → выберите файл .ab1; отображает трейс хроматограммы со значениями качества, позволяет экспортировать в FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Бесплатно Загрузка .ab1 в браузере; просмотр трейса и экспорт последовательности онлайн - установка не требуется. Технические подробности
глубокая спецификация| Магические байты | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) по смещению 0 |
| Кодировка | Бинарная |
| Порядок байтов | Big-endian |
| Заголовок | 128 байт: магическое ABIF, байт типа файла, версия (0x0065 = v1.01), смещение каталога тегов и количество записей |
| Структура тегов | Каталог в стиле TIFF: 4-символьное имя тега, номер тега, код типа данных, количество элементов, размер элемента, размер данных, встроенное значение или смещение в файле |
| Основные теги данных | Необработанная флуоресценция для 4 каналов красителей (DATA 1-4, 105-108), вызовы оснований (PBAS 2), показатели качества (PCON 2), положения пиков (PLOC 2) |
| Типичный размер | 50 КБ - 500 КБ на одно капиллярное чтение |
| Покрытие последовательности | Один файл на капиллярное чтение, обычно 600-1000 пар оснований |
| Серии приборов | Создается сериями капиллярных секвенаторов ДНК ABI PRISM 377, 3100, 3130 и 3730 |
| Версия спецификации | ABIF v1.01 (спецификация июля 2006 г.); формат стабилен с момента появления в середине 1990-х |
| История разработчика | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-тип | application/octet-stream (в контексте биоинформатики также используется chemical/seq-na-abif) |
| Альтернативное расширение | .abi - тот же формат ABIF, создаваемый некоторыми старыми приборами Applied Biosystems |
| Выпущен | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Последняя версия | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Спецификация | cdn.thermofisher.com |
Конвертации AB1
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах AB1.
Часто задаваемые вопросы
Как извлечь последовательность ДНК из файла .ab1?
В чем разница между .ab1 и .abi?
.ab1 - это текущее расширение Applied Biosystems; .abi - более старый вариант, использовавшийся в устаревшем ПО. Оба используют один и тот же бинарный формат ABIF и взаимозаменяемы.
