File AB1

Un file .ab1 è un cromatogramma binario prodotto dai sequenziatori capillari di DNA di Applied Biosystems (ora Thermo Fisher Scientific), che memorizza l'output grezzo ed elaborato di una singola corsa di sequenziamento Sanger. Il formato è ufficialmente chiamato ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.

Il file si apre con una stringa magica ASCII di quattro byte ABIF, seguita da un campo versione e un'intestazione di 128 byte che registra l'offset della directory dei tag. Il corpo utilizza una struttura a tag ispirata al TIFF: ogni voce della directory specifica un nome tag di quattro caratteri, un codice del tipo di dati, il conteggio degli elementi, la dimensione dei dati e un valore in linea (per voci ≤ 4 byte) o un offset che punta a un blocco di dati altrove nel file. I blocchi di dati principali includono le intensità di fluorescenza grezze per quattro canali di colorante (tag DATA 1-4 e 105-108), le chiamate delle basi elaborate (PBAS 2), i punteggi di qualità equivalenti a Phred (PCON 2) e gli indici di posizione dei picchi (PLOC 2). I metadati dello strumento - modello, nome della corsa, parametri di iniezione - sono memorizzati in ulteriori tag denominati.

Un singolo file .ab1 rappresenta una singola lettura capillare, che copre tipicamente 600-1.000 paia di basi. Per il sequenziamento di nuova generazione ad alto rendimento, il formato dominante è FASTQ, ma il sequenziamento Sanger continua a produrre .ab1 come output primario. Rimane lo standard per la verifica di brevi sequenze mirate come inserti plasmidici e prodotti PCR.

L'estensione più vecchia .abi si riferisce allo stesso formato ABIF ed è prodotta da alcuni strumenti Applied Biosystems più datati.