Hvad er AB1-filformatet?
En .ab1-fil er et binært kromatogram produceret af Applied Biosystems (nu Thermo Fisher Scientific) kapillær-DNA-sekventeringsmaskiner, der gemmer det rå og behandlede output fra en enkelt Sanger-sekventeringskørsel. Formatet kaldes officielt ABIF - Applied Biosystems Genetic Analysis Data File Format.
Filen åbnes med en fire-byte ASCII magic string ABIF, efterfulgt af et versionsfelt og en 128-byte header, der registrerer offset for tag-biblioteket. Indholdet bruger en TIFF-inspireret tagget struktur: hver bibliotekspost angiver et fire-tegns tag-navn, datatypekode, antal elementer, datastørrelse og enten en inline-værdi (for poster ≤ 4 bytes) eller et offset, der peger på en datablok et andet sted i filen. Kerne-datablokke inkluderer rå fluorescens-intensiteter for fire farvekanaler (DATA-tags 1-4 og 105-108), behandlede base-kald (PBAS 2), Phred-ækvivalente kvalitets-scores (PCON 2) og topposition-indekser (PLOC 2). Instrument-metadata - model, kørselsnavn, injektionsparametre - gemmes i yderligere navngivne tags.
Én .ab1-fil repræsenterer en enkelt kapillær-læsning, der typisk dækker 600-1.000 basepar. Til high-throughput next-generation sequencing er det dominerende format FASTQ, men Sanger-sekventering fortsætter med at producere .ab1 som sit primære output. Det forbliver standarden for verificering af korte målrettede sekvenser såsom plasmid-indsatser og PCR-produkter.
Den ældre filendelse .abi refererer til det samme ABIF-format og produceres af visse ældre Applied Biosystems-instrumenter.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWBinær videnskabelig datafil; ingen eksekverbar kode. Sikker at åbne i enhver fremviser. Filer modtaget fra sekventeringstjenester indeholder kun DNA-sekvensdata.
Formatdetaljer
kort fortaltProgrammer der åbner AB1-filer
Windows7 apps
SnapGene
Betalt Fuldt udstyret kloningssoftware; åbn .ab1 via File → Import Sequencing Data for justering mod reference. 
BioEdit
Gratis Ældre sekvens-editor; kan åbne .ab1-kromatogrammer. Sidst opdateret i 2013 - funktionel, men vedligeholdes ikke. 
ChromasPro
Betalt Avanceret trace-fremviser med samling; åbn .ab1, batch-trim efter kvalitet, saml læsninger.
Chromas Lite
Gratis Åbn .ab1-fil direkte; se trace, rediger base-kald, eksportér sekvens som tekst/FASTA.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → vælg .ab1-fil; viser kromatogram-trace med kvalitetsværdier, tillader eksport til FASTA/GenBank.
4Peaks (Windows via Wine)
Gratis macOS-nativ; Windows-brugere kan prøve Wine. Se og rediger .ab1-traces. 
macOS3 apps
4Peaks
Gratis Mac-eksklusiv kromatogram-fremviser; åbn .ab1, rediger base-kald, eksportér FASTA. Intuitiv brugerflade.
ChromasPro
Betalt Avanceret trace-fremviser med samling; åbn .ab1, batch-trim efter kvalitet, saml læsninger.
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → vælg .ab1-fil; viser kromatogram-trace med kvalitetsværdier, tillader eksport til FASTA/GenBank. 
Linux2 apps
SnapGene Viewer
Gratis File → Open → vælg .ab1-fil; viser kromatogram-trace med kvalitetsværdier, tillader eksport til FASTA/GenBank.
Science Codons AB1 Viewer
Gratis Upload .ab1 i browseren; se trace og eksportér sekvens online - ingen installation nødvendig. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Magic bytes | ASCII ABIF (0x41 0x42 0x49 0x46) ved offset 0 |
| Kodning | Binær |
| Byte-orden | Big-endian |
| Header | 128 bytes: magic ABIF, filtype-byte, version (0x0065 = v1.01), tag-bibliotek offset og antal poster |
| Tag-struktur | TIFF-inspireret bibliotek: 4-tegns tag-navn, tag-nummer, datatypekode, antal elementer, elementstørrelse, datastørrelse, inline-værdi eller fil-offset |
| Kerne-datatags | Rå fluorescens for 4 farvekanaler (DATA 1-4, 105-108), base-kald (PBAS 2), kvalitets-scores (PCON 2), toppositioner (PLOC 2) |
| Typisk størrelse | 50 KB - 500 KB per enkelt kapillær-læsning |
| Sekvensdækning | Én fil per kapillær-læsning, typisk 600-1.000 basepar |
| Instrumentserier | Produceret af ABI PRISM 377, 3100, 3130 og 3730 kapillær-DNA-sekventeringsserier |
| Specifikationsversion | ABIF v1.01 (juli 2006 spec); formatet har været stabilt siden introduktionen i midten af 1990'erne |
| Udviklerhistorik | Applied Biosystems → Life Technologies (2008) → Thermo Fisher Scientific (2014) |
| MIME-type | application/octet-stream (chemical/seq-na-abif bruges også i bioinformatik-sammenhænge) |
| Alternativ filendelse | .abi - samme ABIF-format, produceret af visse ældre Applied Biosystems-instrumenter |
| Udgivet | 1994 (ABI PRISM 377 sequencer) |
| Seneste version | ABIF v1.01 (specification July 2006; format stable since mid-1990s) |
| Specifikation | cdn.thermofisher.com |
AB1-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om AB1-filer.
