Hva er LIF-filformatet?
En .lif-fil er en Leica Image File - en proprietær binær beholder som brukes av Leica Microsystems programvare for konfokal- og fluorescensmikroskopi (LAS AF og LAS X) for å lagre flerdimensjonale bildedata. En enkelt .lif-fil kan inneholde dusinvis av uavhengige bildeserier fra én mikroskopi-økt: 2D-bilder, z-stabel-serier, tidsforløpssekvenser og flerkanals spektrale lambda-stabler.
Filen begynner med en én-byte «magic value» (0x70) etterfulgt av en UTF-16 LE XML-metadatablokk (LMSDataContainerHeader) som beskriver hver serie - dimensjoner (X, Y, Z, T, C), fysisk vokselstørrelse i meter, kanaletiketter, objektivinnstillinger og tidsstempler. Rå pikseldata følger umiddelbart etter XML-blokken som sammenhengende blokker for hver serie, uten utfylling mellom dem.
Pikseldybden varierer fra 8-bit til 16-bit per kanal, med opptil 8 samtidige kanaler. Filstørrelser varierer vanligvis fra ti-talls megabyte til over 20 GB for store flisskanninger eller omfattende tidsforløpseksperimenter.
Formatet støttes av OME Bio-Formats-biblioteket, noe som gjør .lif-filer lesbare i FIJI (en ImageJ-distribusjon) og OMERO-servere for bildebehandling uten Leica-programvare. Leicas nyere XML-baserte formater - .xlif og .lof - håndterer større datasett og mer modulære arbeidsflyter, men .lif forblir i utstrakt bruk for kompatibilitet.
Korrekt avlesning av fysisk pikselstørrelse krever formelen physical_size / (num_pixels - 1) per akse; Bio-Formats versjon 5.9 tok i bruk denne korrigerte beregningen.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWRen datafil, ingen kjørbar kode. Inneholder kun pikseldata og XML-metadata. Ingen kjente malware-vektorer.
Formatdetaljer
i et nøtteskall- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Eldre installasjonsverktøy fra DOS-æraen (CA-Clipper) brukte .lif for sitt komprimerte arkivformat - helt urelatert til mikroskopi; db_name refererer til dette feilaktig.
Programmer som åpner LIF-filer
Windows4 apps
Leica LAS X
Betalt Fil → Åpne → velg .lif-fil. Full innebygd støtte inkludert metadata og analyseverktøy.
Leica Application Suite (LAS AF)
Betalt Eldre LAS AF-programvare åpner også LIF-filer; erstattet av LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil → Åpne → velg .lif; Bio-Formats importdialog vises for å velge serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Åpen kildekode Installer Bio-Formats-plugin, deretter Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → velg .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil → Åpne → velg .lif; Bio-Formats importdialog vises for å velge serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Åpen kildekode Installer Bio-Formats-plugin, deretter Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → velg .lif. 
Linux2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil → Åpne → velg .lif; Bio-Formats importdialog vises for å velge serie. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Magic byte | 0x70 ved offset 0; test/minne-byte 0x2A ved offset 6 |
| Byterekkefølge | Little-endian |
| Metadataformat | UTF-16 LE XML-blokk (LMSDataContainerHeader) innebygd umiddelbart etter den binære headeren; beskriver alle bildeserier, dimensjoner, fysiske vokselstørrelser, kanalinfo og tidsstempler |
| Pikseldataoppsett | Rå pikselblokker følger XML-metadataene umiddelbart uten utfylling; én sammenhengende blokk per bildeserie |
| Typisk størrelse | 10 MB - 20 GB (z-stabler, tidsforløp eller spektraldata kan være svært store) |
| Bitdybde | 8-bit, 12-bit eller 16-bit per kanal; opptil 8 samtidige fluorescens- og gjennomlys-kanaler |
| Dimensjoner | X/Y opptil titusenvis av piksler (flisskanninger); Z: hundrevis av snitt; T: tidsforløpsserier; C: spektrale lambda-stabler |
| Komprimering | Ingen (rå pikseldata lagret ukomprimert) |
| Støtte for flere serier | En enkelt .lif-fil kan inneholde dusinvis av uavhengige bildeserier fra én mikroskopi-økt |
| Formel for fysisk pikselstørrelse | physical_size / (num_pixels - 1) per akse; Bio-Formats v5.9+ tok i bruk denne korrigerte formelen |
| Tredjepartsstøtte | OME Bio-Formats-bibliotek (FIJI/ImageJ, OMERO); bredt støttet i programvare for bildeanalyse innen biovitenskap |
| Formatvarianter | LIF v1 (original) og LIF v2 (gjeldende i LAS X; legger til støtte for XLIF/LOF) |
| Utgitt | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Siste versjon | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Spesifikasjon | docs.openmicroscopy.org |
LIF-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om LIF-filer.
