Qu'est-ce que le format de fichier LIF ?
Un fichier .lif est un Leica Image File - un conteneur binaire propriétaire utilisé par les logiciels de microscopie confocale et à fluorescence de Leica Microsystems (LAS AF et LAS X) pour stocker des données d'images multidimensionnelles. Un seul fichier .lif peut contenir des dizaines de séries d'images indépendantes issues d'une même session de microscopie : images 2D à champ large, séries de piles Z (z-stacks), séquences temporelles (time-lapse) et piles lambda spectrales multicanaux.
Le fichier commence par une valeur magique d'un octet (0x70) suivie d'un bloc de métadonnées XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) qui décrit chaque série - dimensions (X, Y, Z, T, C), taille physique des voxels en mètres, étiquettes des canaux, paramètres de l'objectif et horodatages. Les données de pixels bruts suivent immédiatement après le bloc XML sous forme de blocs contigus pour chaque série, sans remplissage entre eux.
La profondeur de pixel varie de 8 bits à 16 bits par canal, avec jusqu'à 8 canaux simultanés. La taille des fichiers varie couramment de quelques dizaines de mégaoctets à plus de 20 GB pour les balayages de tuiles volumineux ou les expériences de time-lapse prolongées.
Le format est pris en charge par la bibliothèque OME Bio-Formats, ce qui rend les fichiers .lif lisibles dans FIJI (une distribution d'ImageJ) et les serveurs de gestion d'images OMERO sans le logiciel Leica. Les nouveaux formats de Leica basés sur XML - .xlif et .lof - traitent des ensembles de données plus volumineux et des flux de travail plus modulaires, mais le .lif reste largement utilisé pour la compatibilité.
La lecture correcte de la taille physique des pixels nécessite la formule « physical_size / (num_pixels - 1) » par axe ; la version 5.9 de Bio-Formats a adopté ce calcul corrigé.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWFichier de données pur, aucun code exécutable. Contient uniquement des données de pixels et des métadonnées XML. Aucun vecteur de malware connu.
Détails du format
en bref- Archive compressée de l'installateur CA-Clipper - L'outil d'installation de l'ère DOS (CA-Clipper) utilisait .lif pour son format d'archive compressée - totalement sans rapport avec la microscopie ; db_name y fait référence de manière incorrecte.
Programmes qui ouvrent les fichiers LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
Payant Fichier → Ouvrir → sélectionnez le fichier .lif. Prise en charge native complète, y compris les métadonnées et les outils d'analyse.
Leica Application Suite (LAS AF)
Payant Le logiciel hérité LAS AF ouvre également les fichiers LIF ; remplacé par LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Fichier → Ouvrir → sélectionnez .lif ; la boîte de dialogue de l'importateur Bio-Formats apparaît pour choisir les séries.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installez le plugin Bio-Formats, puis Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → sélectionnez .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Fichier → Ouvrir → sélectionnez .lif ; la boîte de dialogue de l'importateur Bio-Formats apparaît pour choisir les séries.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installez le plugin Bio-Formats, puis Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → sélectionnez .lif. 
Linux2 apps
OMERO
Open-source Importez le fichier LIF via OMERO.importer ; toutes les séries sont accessibles dans OMERO.web.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Fichier → Ouvrir → sélectionnez .lif ; la boîte de dialogue de l'importateur Bio-Formats apparaît pour choisir les séries. Détails techniques
spécifications approfondies| Octet magique | 0x70 à l'offset 0 ; octet de test/mémoire 0x2A à l'offset 6 |
| Ordre des octets | Little-endian |
| Format des métadonnées | Bloc XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) intégré immédiatement après l'en-tête binaire ; décrit toutes les séries d'images, dimensions, tailles physiques des voxels, informations sur les canaux et horodatages |
| Disposition des données de pixels | Les blocs de pixels bruts suivent immédiatement les métadonnées XML sans remplissage ; un bloc contigu par série d'images |
| Taille typique | 10 MB - 20 GB (les piles Z, les time-lapses ou les données spectrales peuvent être très volumineux) |
| Profondeur de bits | 8 bits, 12 bits ou 16 bits par canal ; jusqu'à 8 canaux simultanés de fluorescence et de lumière transmise |
| Dimensions | X/Y jusqu'à des dizaines de milliers de pixels (balayages de tuiles) ; Z : des centaines de coupes ; T : séries temporelles ; C : piles lambda spectrales |
| Compression | Aucune (données de pixels bruts stockées sans compression) |
| Prise en charge multi-séries | Un seul fichier .lif peut contenir des dizaines de séries d'images indépendantes issues d'une même session de microscopie |
| Formule de taille physique des pixels | physical_size / (num_pixels - 1) par axe ; Bio-Formats v5.9+ a adopté cette formule corrigée |
| Prise en charge tierce | Bibliothèque OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO) ; largement pris en charge dans les logiciels d'analyse d'images en sciences de la vie |
| Variantes du format | LIF v1 (original) et LIF v2 (actuel dans LAS X ; ajoute le support XLIF/LOF) |
| Publié | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Dernière version | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Spécification | docs.openmicroscopy.org |
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