O que é o formato de ficheiro LIF?
Um arquivo .lif é um Leica Image File - um contêiner binário proprietário usado pelos softwares de microscopia confocal e de fluorescência da Leica Microsystems (LAS AF e LAS X) para armazenar dados de imagem multidimensionais. Um único arquivo .lif pode conter dezenas de séries de imagens independentes de uma sessão de microscopia: imagens 2D de campo amplo, séries de pilhas z (z-stacks), sequências de lapso de tempo (time-lapse) e pilhas lambda espectrais multicanais.
O arquivo começa com um valor mágico de um byte (0x70) seguido por um bloco de metadados XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) que descreve cada série - dimensões (X, Y, Z, T, C), tamanho físico do voxel em metros, rótulos de canais, configurações da objetiva e carimbos de data/hora. Os dados brutos de pixels seguem imediatamente após o bloco XML como blocos contíguos para cada série, sem preenchimento entre eles.
A profundidade de pixel varia de 8 bits a 16 bits por canal, com até 8 canais simultâneos. Os tamanhos de arquivo geralmente variam de dezenas de megabytes a mais de 20 GB para varreduras de ladrilhos (tile scans) grandes ou experimentos de lapso de tempo estendidos.
O formato é suportado pela biblioteca OME Bio-Formats, tornando os arquivos .lif legíveis no FIJI (uma distribuição do ImageJ) e em servidores de gerenciamento de imagens OMERO sem a necessidade do software da Leica. Os formatos mais recentes da Leica baseados em XML - .xlif e .lof - atendem a conjuntos de dados maiores e fluxos de trabalho mais modulares, mas o .lif permanece em amplo uso por questões de compatibilidade.
A leitura correta do tamanho físico do pixel requer a fórmula physical_size / (num_pixels - 1) por eixo; a versão 5.9 do Bio-Formats adotou este cálculo corrigido.
Segurança e proteção
RISCO: LOWArquivo de dados puro, sem código executável. Contém apenas dados de pixel e metadados XML. Nenhum vetor de malware conhecido.
Detalhes do formato
em resumo- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Ferramenta de instalação legada da era DOS (CA-Clipper) usava .lif para seu formato de arquivo compactado - totalmente não relacionado à microscopia; db_name referencia isso incorretamente.
Programas que abrem arquivos LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
Pago File → Open → selecione o arquivo .lif. Suporte nativo completo, incluindo metadados e ferramentas de análise.
Leica Application Suite (LAS AF)
Pago O software legado LAS AF também abre arquivos LIF; foi substituído pelo LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código aberto File → Open → selecione o .lif; a caixa de diálogo do importador Bio-Formats aparecerá para escolher as séries.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Código aberto Instale o plugin Bio-Formats e vá em Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → selecione o .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código aberto File → Open → selecione o .lif; a caixa de diálogo do importador Bio-Formats aparecerá para escolher as séries.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Código aberto Instale o plugin Bio-Formats e vá em Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → selecione o .lif. 
Linux2 apps
OMERO
Código aberto Importe o arquivo LIF via OMERO.importer; todas as séries ficam acessíveis no OMERO.web.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código aberto File → Open → selecione o .lif; a caixa de diálogo do importador Bio-Formats aparecerá para escolher as séries. Detalhes técnicos
especificação profunda| Byte mágico | 0x70 no deslocamento 0; byte de teste/memória 0x2A no deslocamento 6 |
| Ordem dos bytes | Little-endian |
| Formato de metadados | Bloco XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) incorporado imediatamente após o cabeçalho binário; descreve todas as séries de imagens, dimensões, tamanhos físicos de voxel, informações de canal e carimbos de data/hora |
| Layout dos dados de pixel | Blocos de pixels brutos seguem os metadados XML imediatamente sem preenchimento; um bloco contíguo por série de imagem |
| Tamanho típico | 10 MB - 20 GB (pilhas z, lapso de tempo ou dados espectrais podem ser muito grandes) |
| Profundidade de bits | 8 bits, 12 bits ou 16 bits por canal; até 8 canais simultâneos de fluorescência e luz transmitida |
| Dimensões | X/Y até dezenas de milhares de pixels (tile scans); Z: centenas de fatias; T: séries de lapso de tempo; C: pilhas lambda espectrais |
| Compressão | Nenhuma (dados de pixel brutos armazenados sem compactação) |
| Suporte multissérie | Um único arquivo .lif pode conter dezenas de séries de imagens independentes de uma única sessão de microscopia |
| Fórmula do tamanho físico do pixel | physical_size / (num_pixels - 1) por eixo; Bio-Formats v5.9+ adotou esta fórmula corrigida |
| Suporte de terceiros | Biblioteca OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO); amplamente suportado em softwares de análise de imagem de ciências da vida |
| Variantes do formato | LIF v1 (original) e LIF v2 (atual no LAS X; adiciona suporte a XLIF/LOF) |
| Lançado | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Versão mais recente | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Especificação | docs.openmicroscopy.org |
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