¿Qué es el formato de archivo LIF?
Un archivo .lif es un Leica Image File, un contenedor binario propietario utilizado por el software de microscopía confocal y de fluorescencia de Leica Microsystems (LAS AF y LAS X) para almacenar datos de imágenes multidimensionales. Un solo archivo .lif puede contener docenas de series de imágenes independientes de una sesión de microscopía: imágenes de campo ancho 2D, series de pilas Z (z-stacks), secuencias de lapso de tiempo y pilas lambda espectrales multicanal.
El archivo comienza con un valor mágico de un byte (0x70) seguido de un bloque de metadatos XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) que describe cada serie: dimensiones (X, Y, Z, T, C), tamaño físico del vóxel en metros, etiquetas de canales, ajustes del objetivo y marcas de tiempo. Los datos de píxeles sin procesar (raw) siguen inmediatamente después del bloque XML como bloques contiguos para cada serie, sin relleno entre ellos.
La profundidad de píxel varía de 8 bits a 16 bits por canal, con hasta 8 canales simultáneos. Los tamaños de archivo suelen oscilar entre decenas de megabytes y más de 20 GB para escaneos de mosaicos grandes o experimentos extensos de lapso de tiempo.
El formato es compatible con la biblioteca OME Bio-Formats, lo que hace que los archivos .lif sean legibles en FIJI (una distribución de ImageJ) y en servidores de gestión de imágenes OMERO sin necesidad del software de Leica. Los formatos más nuevos de Leica basados en XML - .xlif y .lof - abordan conjuntos de datos más grandes y flujos de trabajo más modulares, pero .lif sigue teniendo un uso generalizado por compatibilidad.
La lectura correcta del tamaño físico del píxel requiere la fórmula physical_size / (num_pixels - 1) por eje; la versión 5.9 de Bio-Formats adoptó este cálculo corregido.
Seguridad y protección
RIESGO: LOWArchivo de datos puro, sin código ejecutable. Contiene solo datos de píxeles y metadatos XML. No se conocen vectores de malware.
Detalles del formato
en pocas palabras- CA-Clipper Installer Compressed Archive - La herramienta de instalación heredada de la era DOS (CA-Clipper) utilizaba .lif para su formato de archivo comprimido; no tiene ninguna relación con la microscopía; db_name hace referencia a esto de forma incorrecta.
Programas que abren archivos LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
Pago Archivo → Abrir → seleccionar archivo .lif. Soporte nativo completo que incluye metadatos y herramientas de análisis.
Leica Application Suite (LAS AF)
Pago El software heredado LAS AF también abre archivos LIF; reemplazado por LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código abierto Archivo → Abrir → seleccionar .lif; aparece el cuadro de diálogo del importador Bio-Formats para elegir las series.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Código abierto Instale el complemento Bio-Formats, luego Complementos → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → seleccione .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código abierto Archivo → Abrir → seleccionar .lif; aparece el cuadro de diálogo del importador Bio-Formats para elegir las series.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Código abierto Instale el complemento Bio-Formats, luego Complementos → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → seleccione .lif. 
Linux2 apps
OMERO
Código abierto Importe el archivo LIF a través de OMERO.importer; todas las series son accesibles en OMERO.web.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Código abierto Archivo → Abrir → seleccionar .lif; aparece el cuadro de diálogo del importador Bio-Formats para elegir las series. Detalles técnicos
especificación profunda| Byte mágico | 0x70 en el desplazamiento 0; byte de prueba/memoria 0x2A en el desplazamiento 6 |
| Orden de bytes | Little-endian |
| Formato de metadatos | Bloque XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) incrustado inmediatamente después del encabezado binario; describe todas las series de imágenes, dimensiones, tamaños físicos de vóxel, información de canales y marcas de tiempo |
| Diseño de datos de píxeles | Los bloques de píxeles sin procesar siguen a los metadatos XML inmediatamente sin relleno; un bloque contiguo por serie de imágenes |
| Tamaño típico | 10 MB - 20 GB (las pilas Z, lapsos de tiempo o datos espectrales pueden ser muy grandes) |
| Profundidad de bits | 8 bits, 12 bits o 16 bits por canal; hasta 8 canales simultáneos de fluorescencia y luz transmitida |
| Dimensiones | X/Y hasta decenas de miles de píxeles (escaneos de mosaicos); Z: cientos de cortes; T: series de lapso de tiempo; C: pilas lambda espectrales |
| Compresión | Ninguna (datos de píxeles sin procesar almacenados sin compresión) |
| Soporte multiserie | Un solo archivo .lif puede contener docenas de series de imágenes independientes de una sesión de microscopía |
| Fórmula de tamaño físico del píxel | physical_size / (num_pixels - 1) por eje; Bio-Formats v5.9+ adoptó esta fórmula corregida |
| Soporte de terceros | Biblioteca OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO); ampliamente compatible con software de análisis de imágenes de ciencias de la vida |
| Variantes del formato | LIF v1 (original) y LIF v2 (actual en LAS X; añade soporte para XLIF/LOF) |
| Lanzado | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Última versión | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Especificación | docs.openmicroscopy.org |
Conversiones de LIF
Preguntas y respuestas de la comunidad
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