Vad är filformatet LIF?
En .lif-fil är en Leica Image File - en proprietär binär behållare som används av Leica Microsystems programvara för konfokal- och fluorescensmikroskopi (LAS AF och LAS X) för att lagra multidimensionella bilddata. En enskild .lif-fil kan innehålla dussintals oberoende bildserier från en mikroskopsession: 2D-vidfältsbilder, z-stack-serier, time-lapse-sekvenser och multikanals spektrala lambda-stackar.
Filen börjar med ett en-bytes «magic value» (0x70) följt av ett UTF-16 LE XML-metadatablock (LMSDataContainerHeader) som beskriver varje serie - dimensioner (X, Y, Z, T, C), fysisk voxelstorlek i meter, kanaletiketter, objektivinställningar och tidsstämplar. Rå pixeldata följer omedelbart efter XML-blocket som sammanhängande block för varje serie, utan utfyllnad mellan dem.
Bitdjupet sträcker sig från 8-bitars till 16-bitars per kanal, med upp till 8 samtidiga kanaler. Filstorlekar varierar vanligtvis från tiotals megabyte till över 20 GB för stora bildsvep («tile scans») eller omfattande time-lapse-experiment.
Formatet stöds av biblioteket OME Bio-Formats, vilket gör .lif-filer läsbara i FIJI (en ImageJ-distribution) och OMERO-servrar för bildhantering utan Leica-programvara. Leicas nyare XML-baserade format - .xlif och .lof - hanterar större datamängder och mer modulära arbetsflöden, men .lif används fortfarande i stor utsträckning för kompatibilitet.
Korrekt avläsning av fysisk pixelstorlek kräver formeln physical_size / (num_pixels - 1) per axel; Bio-Formats version 5.9 antog denna korrigerade beräkning.
Säkerhet & trygghet
RISK: LOWRen datafil, ingen exekverbar kod. Innehåller endast pixeldata och XML-metadata. Inga kända malware-vektorer.
Formatdetaljer
i ett nötskal- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Äldre installationsverktyg från DOS-eran (CA-Clipper) använde .lif för sitt komprimerade arkivformat - helt orelaterat till mikroskopi; db_name refererar felaktigt till detta.
Program som öppnar LIF-filer
Windows4 apps
Leica LAS X
Betald Arkiv → Öppna → välj .lif-fil. Fullt nativt stöd inklusive metadata och analysverktyg.
Leica Application Suite (LAS AF)
Betald Äldre LAS AF-programvara öppnar också LIF-filer; ersatt av LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Öppen källkod Arkiv → Öppna → välj .lif; Bio-Formats importdialog visas för att välja serier.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Öppen källkod Installera Bio-Formats-plugin, sedan Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → välj .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Öppen källkod Arkiv → Öppna → välj .lif; Bio-Formats importdialog visas för att välja serier.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Öppen källkod Installera Bio-Formats-plugin, sedan Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → välj .lif. 
Linux2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Öppen källkod Arkiv → Öppna → välj .lif; Bio-Formats importdialog visas för att välja serier. Tekniska detaljer
djup specifikation| Magic byte | 0x70 vid offset 0; test/minnes-byte 0x2A vid offset 6 |
| Byteordning | Little-endian |
| Metadataformat | UTF-16 LE XML-block (LMSDataContainerHeader) inbäddat omedelbart efter den binära headern; beskriver alla bildserier, dimensioner, fysiska voxelstorlekar, kanalinfo och tidsstämplar |
| Layout för pixeldata | Råa pixelblock följer XML-metadata omedelbart utan utfyllnad; ett sammanhängande block per bildserie |
| Typisk storlek | 10 MB - 20 GB (z-stackar, time-lapse eller spektraldata kan vara mycket stora) |
| Bitdjup | 8-bitars, 12-bitars eller 16-bitars per kanal; upp till 8 samtidiga fluorescens- och genomlysningskanaler |
| Dimensioner | X/Y upp till tiotusentals pixlar (tile scans); Z: hundratals snitt; T: time-lapse-serier; C: spektrala lambda-stackar |
| Komprimering | Ingen (rå pixeldata lagras okomprimerad) |
| Stöd för flera serier | En enskild .lif-fil kan innehålla dussintals oberoende bildserier från en mikroskopsession |
| Formel för fysisk pixelstorlek | physical_size / (num_pixels - 1) per axel; Bio-Formats v5.9+ antog denna korrigerade formel |
| Tredjepartsstöd | OME Bio-Formats-biblioteket (FIJI/ImageJ, OMERO); brett stöd i programvara för bildanalys inom livsvetenskap |
| Formatvarianter | LIF v1 (ursprunglig) och LIF v2 (nuvarande i LAS X; lägger till stöd för XLIF/LOF) |
| Släppt | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Senaste version | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Specifikation | docs.openmicroscopy.org |
LIF-konverteringar
Frågor & svar
frågat av användareInga frågor än - bli den första att fråga om LIF-filer.
