Что такое формат файла LIF?
Файл .lif - это Leica Image File, проприетарный бинарный контейнер, используемый программным обеспечением для конфокальной и флуоресцентной микроскопии Leica Microsystems (LAS AF и LAS X) для хранения многомерных данных изображений. Один файл .lif может содержать десятки независимых серий изображений из одного сеанса микроскопии: 2D-изображения широкого поля, серии z-стеков, таймлапс-последовательности и многоканальные спектральные лямбда-стеки.
Файл начинается с однобайтового магического значения (0x70), за которым следует блок метаданных XML в кодировке UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader), описывающий каждую серию: размеры (X, Y, Z, T, C), физический размер вокселя в метрах, метки каналов, настройки объектива и временные метки. Необработанные пиксельные данные следуют сразу за блоком XML в виде непрерывных блоков для каждой серии без отступов между ними.
Глубина пикселя варьируется от 8 до 16 бит на канал, поддерживается до 8 одновременных каналов. Размеры файлов обычно составляют от десятков мегабайт до более 20 ГБ для больших мозаичных сканов или длительных таймлапс-экспериментов.
Формат поддерживается библиотекой OME Bio-Formats, что позволяет читать файлы .lif в FIJI (дистрибутив ImageJ) и на серверах управления изображениями OMERO без ПО Leica. Новые форматы Leica на базе XML - .xlif и .lof - предназначены для более крупных наборов данных и модульных рабочих процессов, но .lif по-прежнему широко используется для обеспечения совместимости.
Для правильного считывания физического размера пикселя требуется формула physical_size / (num_pixels - 1) по каждой оси; Bio-Formats версии 5.9 перешел на этот скорректированный расчет.
Безопасность и защита
РИСК: LOWЧистый файл данных, не содержит исполняемого кода. Содержит только пиксельные данные и метаданные XML. Известные векторы вредоносного ПО отсутствуют.
Детали формата
в двух словах- Сжатый архив установщика CA-Clipper - Устаревший инструмент установки эпохи DOS (CA-Clipper) использовал расширение .lif для своего формата сжатого архива - совершенно не связано с микроскопией; db_name ошибочно ссылается на это.
Программы, открывающие файлы LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
Платно File → Open → выберите файл .lif. Полная нативная поддержка, включая метаданные и инструменты анализа.
Leica Application Suite (LAS AF)
Платно Устаревшее ПО LAS AF также открывает файлы LIF; заменено на LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Открытый код File → Open → выберите .lif; появится диалоговое окно импортера Bio-Formats для выбора серий.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Открытый код Установите плагин Bio-Formats, затем Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → выберите .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Открытый код File → Open → выберите .lif; появится диалоговое окно импортера Bio-Formats для выбора серий.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Открытый код Установите плагин Bio-Formats, затем Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → выберите .lif. 
Linux2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Открытый код File → Open → выберите .lif; появится диалоговое окно импортера Bio-Formats для выбора серий. Технические подробности
глубокая спецификация| Магический байт | 0x70 со смещением 0; тестовый байт/байт памяти 0x2A со смещением 6 |
| Порядок байтов | Little-endian |
| Формат метаданных | Блок XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader), встроенный сразу после бинарного заголовка; описывает все серии изображений, размеры, физические размеры вокселей, информацию о каналах и временные метки |
| Структура пиксельных данных | Необработанные блоки пикселей следуют за метаданными XML сразу без отступов; один непрерывный блок на каждую серию изображений |
| Типичный размер | 10 МБ - 20 ГБ (z-стеки, таймлапсы или спектральные данные могут быть очень большими) |
| Битовая глубина | 8, 12 или 16 бит на канал; до 8 одновременных каналов флуоресценции и проходящего света |
| Размеры | X/Y до десятков тысяч пикселей (мозаичное сканирование); Z: сотни срезов; T: временные серии; C: спектральные лямбда-стеки |
| Сжатие | Отсутствует (необработанные пиксельные данные хранятся без сжатия) |
| Поддержка нескольких серий | Один файл .lif может содержать десятки независимых серий изображений из одного сеанса микроскопии |
| Формула физического размера пикселя | physical_size / (num_pixels - 1) на ось; Bio-Formats v5.9+ использует эту исправленную формулу |
| Сторонняя поддержка | Библиотека OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO); широко поддерживается в ПО для анализа изображений в медико-биологических науках |
| Варианты формата | LIF v1 (оригинальный) и LIF v2 (текущий в LAS X; добавлена поддержка XLIF/LOF) |
| Выпущен | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Последняя версия | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Спецификация | docs.openmicroscopy.org |
Конвертации LIF
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах LIF.
