Hvad er LIF-filformatet?
En .lif-fil er en Leica Image File - en proprietær binær container, der bruges af Leica Microsystems konfokal- og fluorescensmikroskopi-software (LAS AF og LAS X) til at gemme multidimensionelle billeddata. En enkelt .lif-fil kan indeholde snesevis af uafhængige billedserier fra én mikroskopi-session: 2D widefield-billeder, z-stack-serier, time-lapse-sekvenser og multikanals spektrale lambda-stakke.
Filen begynder med en et-byte magic-værdi (0x70) efterfulgt af en UTF-16 LE XML-metadatablok (LMSDataContainerHeader), der beskriver hver serie - dimensioner (X, Y, Z, T, C), fysisk voxel-størrelse i meter, kanalnavne, objektivindstillinger og tidsstempler. Rå pixeldata følger umiddelbart efter XML-blokken som sammenhængende blokke for hver serie, uden udfyldning (padding) imellem dem.
Pixeldybden spænder fra 8-bit til 16-bit pr. kanal, med op til 8 samtidige kanaler. Filstørrelser ligger typisk fra ti megabyte til over 20 GB for store tile-scanninger eller omfattende time-lapse-eksperimenter.
Formatet understøttes af OME Bio-Formats-biblioteket, hvilket gør .lif-filer læsbare i FIJI (en ImageJ-distribution) og OMERO-billedstyringsservere uden Leica-software. Leicas nyere XML-baserede formater - .xlif og .lof - håndterer større datasæt og mere modulære arbejdsgange, men .lif forbliver i bred brug af hensyn til kompatibilitet.
Korrekt læsning af fysisk voxel-størrelse kræver formlen physical_size / (num_pixels - 1) pr. akse; Bio-Formats version 5.9 indførte denne korrigerede beregning.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWRen datafil, ingen eksekverbar kode. Indeholder kun pixeldata og XML-metadata. Ingen kendte malware-vektorer.
Formatdetaljer
kort fortalt- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Ældre DOS-æra installationsværktøj (CA-Clipper) brugte .lif til sit komprimerede arkivformat - fuldstændig urelateret til mikroskopi; db_name refererer fejlagtigt til dette.
Programmer der åbner LIF-filer
Windows4 apps
Leica LAS X
Betalt Filer → Åbn → vælg .lif-fil. Fuld indfødt understøttelse inklusiv metadata og analyseværktøjer.
Leica Application Suite (LAS AF)
Betalt Ældre LAS AF-software åbner også LIF-filer; erstattet af LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Filer → Åbn → vælg .lif; Bio-Formats import-dialogboks vises for at vælge serier.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installer Bio-Formats-plugin, derefter Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → vælg .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Filer → Åbn → vælg .lif; Bio-Formats import-dialogboks vises for at vælge serier.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installer Bio-Formats-plugin, derefter Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → vælg .lif. 
Linux2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source Filer → Åbn → vælg .lif; Bio-Formats import-dialogboks vises for at vælge serier. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Magic byte | 0x70 ved offset 0; test/hukommelses-byte 0x2A ved offset 6 |
| Byte-orden | Little-endian |
| Metadata-format | UTF-16 LE XML-blok (LMSDataContainerHeader) indlejret umiddelbart efter den binære header; beskriver alle billedserier, dimensioner, fysiske voxel-størrelser, kanalinfo og tidsstempler |
| Pixel-datalayout | Rå pixelblokke følger XML-metadataene umiddelbart uden udfyldning; én sammenhængende blok pr. billedserie |
| Typisk størrelse | 10 MB - 20 GB (z-stacks, time-lapse eller spektrale data kan være meget store) |
| Bitdybde | 8-bit, 12-bit eller 16-bit pr. kanal; op til 8 samtidige fluorescens- og gennemlysningskanaler |
| Dimensioner | X/Y op til titusindvis af pixels (tile-scanninger); Z: hundredvis af snit; T: time-lapse-serier; C: spektrale lambda-stakke |
| Komprimering | Ingen (rå pixeldata gemmes ukomprimeret) |
| Understøttelse af flere serier | En enkelt .lif-fil kan indeholde snesevis af uafhængige billedserier fra én mikroskopi-session |
| Formel for fysisk pixelstørrelse | physical_size / (num_pixels - 1) pr. akse; Bio-Formats v5.9+ indførte denne korrigerede formel |
| Tredjepartsunderstøttelse | OME Bio-Formats-bibliotek (FIJI/ImageJ, OMERO); bredt understøttet i software til life-science billedanalyse |
| Formatvarianter | LIF v1 (oprindelig) og LIF v2 (nuværende i LAS X; tilføjer XLIF/LOF-understøttelse) |
| Udgivet | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Seneste version | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Specifikation | docs.openmicroscopy.org |
LIF-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om LIF-filer.
