Co to jest format pliku LIF?
Plik .lif to Leica Image File - zastrzeżony kontener binarny używany przez oprogramowanie do mikroskopii konfokalnej i fluorescencyjnej Leica Microsystems (LAS AF i LAS X) do przechowywania wielowymiarowych danych obrazowych. Pojedynczy plik .lif może pomieścić dziesiątki niezależnych serii obrazów z jednej sesji mikroskopowej: obrazy 2D widefield, serie z-stack, sekwencje poklatkowe (time-lapse) oraz wielokanałowe stosy spektralne lambda.
Plik zaczyna się od jednobajtowej magicznej wartości (0x70), po której następuje blok metadanych XML w kodowaniu UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader), opisujący każdą serię - wymiary (X, Y, Z, T, C), fizyczny rozmiar woksela w metrach, etykiety kanałów, ustawienia obiektywu i znaczniki czasu. Surowe dane pikseli następują bezpośrednio po bloku XML jako ciągłe bloki dla każdej serii, bez wypełnienia (padding) między nimi.
Głębia bitowa pikseli wynosi od 8 do 16 bitów na kanał, przy obsłudze do 8 jednoczesnych kanałów. Rozmiary plików zazwyczaj wahają się od kilkudziesięciu megabajtów do ponad 20 GB w przypadku dużych skanów mozaikowych (tile scans) lub rozbudowanych eksperymentów poklatkowych.
Format jest obsługiwany przez bibliotekę OME Bio-Formats, co sprawia, że pliki .lif są czytelne w FIJI (dystrybucja ImageJ) oraz na serwerach zarządzania obrazami OMERO bez oprogramowania Leica. Nowsze formaty Leica oparte na XML - .xlif i .lof - obsługują większe zestawy danych i bardziej modułowe przepływy pracy, ale .lif pozostaje w powszechnym użyciu ze względu na kompatybilność.
Prawidłowy odczyt fizycznego rozmiaru piksela wymaga zastosowania formuły physical_size / (num_pixels - 1) dla każdej osi; wersja 5.9 Bio-Formats przyjęła to poprawione obliczenie.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWCzysty plik danych, brak kodu wykonywalnego. Zawiera tylko dane pikseli i metadane XML. Brak znanych wektorów złośliwego oprogramowania.
Szczegóły formatu
w pigułce- Skompresowane archiwum instalatora CA-Clipper - Starsze narzędzie instalacyjne z ery DOS (CA-Clipper) używało rozszerzenia .lif dla swojego formatu skompresowanego archiwum - całkowicie niezwiązane z mikroskopią; db_name błędnie się do tego odwołuje.
Programy otwierające pliki LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
Płatny File → Open → wybierz plik .lif. Pełne natywne wsparcie, w tym metadane i narzędzia analityczne.
Leica Application Suite (LAS AF)
Płatny Starsze oprogramowanie LAS AF również otwiera pliki LIF; zastąpione przez LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → wybierz .lif; pojawi się okno dialogowe importera Bio-Formats, aby wybrać serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Zainstaluj wtyczkę Bio-Formats, a następnie Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → wybierz .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → wybierz .lif; pojawi się okno dialogowe importera Bio-Formats, aby wybrać serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Zainstaluj wtyczkę Bio-Formats, a następnie Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → wybierz .lif. 
Linux2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → wybierz .lif; pojawi się okno dialogowe importera Bio-Formats, aby wybrać serie. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Magiczny bajt | 0x70 pod offsetem 0; bajt testowy/pamięci 0x2A pod offsetem 6 |
| Kolejność bajtów | Little-endian |
| Format metadanych | Blok XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) osadzony bezpośrednio po nagłówku binarnym; opisuje wszystkie serie obrazów, wymiary, fizyczne rozmiary wokseli, informacje o kanałach i znaczniki czasu |
| Układ danych pikseli | Surowe bloki pikseli następują bezpośrednio po metadanych XML bez wypełnienia; jeden ciągły blok na serię obrazów |
| Typowy rozmiar | 10 MB - 20 GB (serie z-stack, time-lapse lub dane spektralne mogą być bardzo duże) |
| Głębia bitowa | 8-bitowa, 12-bitowa lub 16-bitowa na kanał; do 8 jednoczesnych kanałów fluorescencyjnych i światła przechodzącego |
| Wymiary | X/Y do dziesiątek tysięcy pikseli (skany mozaikowe); Z: setki przekrojów; T: serie poklatkowe; C: stosy spektralne lambda |
| Kompresja | Brak (surowe dane pikseli przechowywane bez kompresji) |
| Obsługa wielu serii | Pojedynczy plik .lif może zawierać dziesiątki niezależnych serii obrazów z jednej sesji mikroskopowej |
| Formuła fizycznego rozmiaru piksela | physical_size / (num_pixels - 1) na oś; Bio-Formats v5.9+ przyjął tę poprawioną formułę |
| Wsparcie stron trzecich | Biblioteka OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO); szeroko wspierana w oprogramowaniu do analizy obrazów life-science |
| Warianty formatu | LIF v1 (oryginalny) i LIF v2 (obecny w LAS X; dodaje wsparcie dla XLIF/LOF) |
| Wydano | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Najnowsza wersja | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Specyfikacja | docs.openmicroscopy.org |
Konwersje LIF
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki LIF.
