LIF ファイル

.lif ファイルは Leica Image File であり、Leica Microsystems の共焦点および蛍光顕微鏡ソフトウェア（LAS AF および LAS X）が多次元画像データを保存するために使用する独自のバイナリコンテナです。1つの .lif ファイルには、1回の顕微鏡セッションで取得された数十の独立した画像シリーズ（2D ワイドフィールド画像、z-スタックシリーズ、タイムラプスシーケンス、マルチチャネルスペクトルラムダスタックなど）を保持できます。

ファイルは1バイトのマジック値（0x70）で始まり、その後にすべてのシリーズ（次元（X, Y, Z, T, C）、メートル単位の物理ボクセルサイズ、チャネルラベル、対物レンズ設定、タイムスタンプ）を記述する UTF-16 LE XML メタデータブロック（LMSDataContainerHeader）が続きます。生ピクセルデータは XML ブロックの直後に、各シリーズの連続したブロックとしてパディングなしで配置されます。

ピクセル深度はチャネルあたり 8-bit から 16-bit の範囲で、最大8つの同時チャネルをサポートします。ファイルサイズは、大規模なタイルスキャンや長時間のタイムラプス実験では、数十メガバイトから 20 GB を超えることも一般的です。

この形式は OME Bio-Formats ライブラリによってサポートされているため、Leica のソフトウェアがなくても FIJI（ImageJ ディストリビューション）や OMERO 画像管理サーバーで .lif ファイルを読み取ることができます。Leica の新しい XML ベースの形式である .xlif や .lof は、より大きなデータセットやモジュール化されたワークフローに対応していますが、互換性のために .lif も広く使用され続けています。

物理ピクセルサイズを正しく読み取るには、軸ごとに physical_size / (num_pixels - 1) という式が必要です。Bio-Formats バージョン 5.9 以降では、この修正された計算式が採用されています。