Was ist das LIF-Dateiformat?
Eine .lif-Datei ist ein Leica Image File - ein proprietärer Binärcontainer, der von der Konfokal- und Fluoreszenzmikroskopie-Software von Leica Microsystems (LAS AF und LAS X) zum Speichern mehrdimensionaler Bilddaten verwendet wird. Eine einzelne .lif-Datei kann Dutzende unabhängiger Bildserien aus einer Mikroskopiesitzung enthalten: 2D-Weitfeldbilder, Z-Stapel-Serien (z-stacks), Zeitraffersequenzen und mehrkanalige spektrale Lambda-Stapel.
Die Datei beginnt mit einem Ein-Byte-Magic-Wert (0x70), gefolgt von einem UTF-16 LE XML-Metadatenblock (LMSDataContainerHeader), der jede Serie beschreibt - Dimensionen (X, Y, Z, T, C), physische Voxelgröße in Metern, Kanalbezeichnungen, Objektiveinstellungen und Zeitstempel. Die Rohpixeldaten folgen unmittelbar nach dem XML-Block als zusammenhängende Blöcke für jede Serie, ohne Füllzeichen (padding) dazwischen.
Die Pixeltiefe reicht von 8-Bit bis 16-Bit pro Kanal, mit bis zu 8 simultanen Kanälen. Die Dateigrößen liegen üblicherweise zwischen zehn Megabyte und über 20 GB bei großen Kachelscans (tile scans) oder ausgedehnten Zeitraffer-Experimenten.
Das Format wird von der OME Bio-Formats-Bibliothek unterstützt, wodurch .lif-Dateien in FIJI (einer ImageJ-Distribution) und OMERO-Bildverwaltungsservern ohne Leica-Software lesbar sind. Die neueren XML-basierten Formate von Leica - .xlif und .lof - sind für größere Datensätze und modularere Workflows konzipiert, aber .lif bleibt aus Kompatibilitätsgründen weit verbreitet.
Das korrekte Auslesen der physischen Pixelgröße erfordert die Formel physical_size / (num_pixels - 1) pro Achse; die Bio-Formats-Version 5.9 hat diese korrigierte Berechnung übernommen.
Sicherheit
RISIKO: LOWReine Datendatei, kein ausführbarer Code. Enthält nur Pixeldaten und XML-Metadaten. Keine bekannten Malware-Vektoren.
Formatdetails
kurz gefasst- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Ein veraltetes Installationswerkzeug aus der DOS-Ära (CA-Clipper) verwendete .lif für sein komprimiertes Archivformat - völlig unabhängig von der Mikroskopie; db_name referenziert dies fälschlicherweise.
Programme zum Öffnen von LIF-Dateien
Windows4 apps
Leica LAS X
Kostenpflichtig Datei → Öffnen → .lif-Datei auswählen. Volle native Unterstützung inklusive Metadaten und Analysewerkzeugen.
Leica Application Suite (LAS AF)
Kostenpflichtig Die ältere LAS AF Software öffnet ebenfalls LIF-Dateien; sie wurde durch LAS X ersetzt.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open Source Datei → Öffnen → .lif auswählen; der Bio-Formats-Importer-Dialog erscheint zur Auswahl der Serien.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open Source Installieren Sie das Bio-Formats-Plugin, dann Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → .lif auswählen. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open Source Datei → Öffnen → .lif auswählen; der Bio-Formats-Importer-Dialog erscheint zur Auswahl der Serien.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open Source Installieren Sie das Bio-Formats-Plugin, dann Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → .lif auswählen. 
Linux2 apps
OMERO
Open Source Importieren Sie die LIF-Datei über den OMERO.importer; alle Serien sind in OMERO.web zugänglich.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open Source Datei → Öffnen → .lif auswählen; der Bio-Formats-Importer-Dialog erscheint zur Auswahl der Serien. Technische Details
technische Spezifikation| Magic Byte | 0x70 bei Offset 0; Test-/Speicher-Byte 0x2A bei Offset 6 |
| Byte-Reihenfolge | Little-endian |
| Metadaten-Format | UTF-16 LE XML-Block (LMSDataContainerHeader), der unmittelbar nach dem binären Header eingebettet ist; beschreibt alle Bildserien, Dimensionen, physische Voxelgrößen, Kanalinformationen und Zeitstempel |
| Pixeldaten-Layout | Rohpixelblöcke folgen den XML-Metadaten unmittelbar ohne Padding; ein zusammenhängender Block pro Bildserie |
| Typische Größe | 10 MB - 20 GB (Z-Stapel, Zeitraffer oder Spektraldaten können sehr groß sein) |
| Bittiefe | 8-Bit, 12-Bit oder 16-Bit pro Kanal; bis zu 8 simultane Fluoreszenz- und Durchlichtkanäle |
| Dimensionen | X/Y bis zu Zehntausenden von Pixeln (Kachelscans); Z: hunderte Schnitte; T: Zeitraffer-Serien; C: spektrale Lambda-Stapel |
| Kompression | Keine (Rohpixeldaten werden unkomprimiert gespeichert) |
| Unterstützung mehrerer Serien | Eine einzelne .lif-Datei kann Dutzende unabhängiger Bildserien aus einer Mikroskopiesitzung enthalten |
| Formel für physische Pixelgröße | physical_size / (num_pixels - 1) pro Achse; Bio-Formats v5.9+ hat diese korrigierte Formel übernommen |
| Drittanbieter-Unterstützung | OME Bio-Formats-Bibliothek (FIJI/ImageJ, OMERO); weit verbreitet in Software zur Bildanalyse in den Biowissenschaften |
| Format-Varianten | LIF v1 (ursprünglich) und LIF v2 (aktuell in LAS X; fügt XLIF/LOF-Unterstützung hinzu) |
| Veröffentlicht | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Neueste Version | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Spezifikation | docs.openmicroscopy.org |
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