Che cos'è il formato di file LIF?
Un file .lif è un Leica Image File - un contenitore binario proprietario utilizzato dai software per microscopia confocale e a fluorescenza di Leica Microsystems (LAS AF e LAS X) per memorizzare dati d'immagine multidimensionali. Un singolo file .lif può contenere decine di serie di immagini indipendenti da una sessione di microscopia: immagini 2D a campo largo, serie z-stack, sequenze time-lapse e stack lambda spettrali multicanale.
Il file inizia con un valore magic di un byte (0x70) seguito da un blocco di metadati XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) che descrive ogni serie - dimensioni (X, Y, Z, T, C), dimensione fisica dei voxel in metri, etichette dei canali, impostazioni dell'obiettivo e timestamp. I dati grezzi dei pixel seguono immediatamente dopo il blocco XML come blocchi contigui per ogni serie, senza padding tra di essi.
La profondità dei pixel varia da 8-bit a 16-bit per canale, con un massimo di 8 canali simultanei. Le dimensioni dei file variano comunemente da decine di megabyte a oltre 20 GB per scansioni di grandi aree (tile scans) o esperimenti time-lapse estesi.
Il formato è supportato dalla libreria OME Bio-Formats, rendendo i file .lif leggibili in FIJI (una distribuzione di ImageJ) e nei server di gestione immagini OMERO senza il software Leica. I formati più recenti di Leica basati su XML - .xlif e .lof - gestiscono set di dati più grandi e flussi di lavoro più modulari, ma il .lif rimane ampiamente utilizzato per compatibilità.
La corretta lettura della dimensione fisica del pixel richiede la formula physical_size / (num_pixels - 1) per asse; la versione 5.9 di Bio-Formats ha adottato questo calcolo corretto.
Sicurezza e incolumità
RISCHIO: LOWFile di dati puri, nessun codice eseguibile. Contiene solo dati pixel e metadati XML. Nessun vettore malware noto.
Dettagli del formato
in sintesi- CA-Clipper Installer Compressed Archive - Uno strumento di installazione legacy dell'era DOS (CA-Clipper) utilizzava .lif per il suo formato di archivio compresso - del tutto estraneo alla microscopia; db_name fa riferimento a questo in modo errato.
Programmi che aprono file LIF
Windows4 apps
Leica LAS X
A pagamento File → Open → seleziona il file .lif. Supporto nativo completo inclusi metadati e strumenti di analisi.
Leica Application Suite (LAS AF)
A pagamento Il software legacy LAS AF apre anche i file LIF; sostituito da LAS X.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → seleziona .lif; appare la finestra di dialogo dell'importatore Bio-Formats per scegliere le serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installa il plugin Bio-Formats, quindi Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → seleziona .lif. 
macOS2 apps
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → seleziona .lif; appare la finestra di dialogo dell'importatore Bio-Formats per scegliere le serie.
ImageJ + Bio-Formats plugin
Open-source Installa il plugin Bio-Formats, quindi Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer → seleziona .lif. 
Linux2 apps
OMERO
Open-source Importa file LIF tramite OMERO.importer; tutte le serie sono accessibili in OMERO.web.
FIJI (ImageJ distribution with Bio-Formats)
Open-source File → Open → seleziona .lif; appare la finestra di dialogo dell'importatore Bio-Formats per scegliere le serie. Dettagli tecnici
specifiche approfondite| Magic byte | 0x70 all'offset 0; byte di test/memoria 0x2A all'offset 6 |
| Ordine dei byte | Little-endian |
| Formato metadati | Blocco XML UTF-16 LE (LMSDataContainerHeader) incorporato immediatamente dopo l'intestazione binaria; descrive tutte le serie di immagini, dimensioni, dimensioni fisiche dei voxel, informazioni sui canali e timestamp |
| Layout dati pixel | I blocchi di pixel grezzi seguono i metadati XML immediatamente senza padding; un blocco contiguo per ogni serie di immagini |
| Dimensione tipica | 10 MB - 20 GB (z-stack, time-lapse o dati spettrali possono essere molto grandi) |
| Profondità di bit | 8-bit, 12-bit o 16-bit per canale; fino a 8 canali simultanei di fluorescenza e luce trasmessa |
| Dimensioni | X/Y fino a decine di migliaia di pixel (tile scans); Z: centinaia di sezioni; T: serie time-lapse; C: stack lambda spettrali |
| Compressione | Nessuna (dati pixel grezzi memorizzati non compressi) |
| Supporto multi-serie | Un singolo file .lif può contenere decine di serie di immagini indipendenti da una sessione di microscopia |
| Formula dimensione fisica pixel | physical_size / (num_pixels - 1) per asse; Bio-Formats v5.9+ ha adottato questa formula corretta |
| Supporto di terze parti | Libreria OME Bio-Formats (FIJI/ImageJ, OMERO); ampiamente supportata nei software di analisi delle immagini per le scienze della vita |
| Varianti del formato | LIF v1 (originale) e LIF v2 (attuale in LAS X; aggiunge il supporto XLIF/LOF) |
| Rilasciato | ~2004 (Leica LAS AF software era) |
| Ultima versione | LIF format v2 (current in LAS X) |
| Specifica | docs.openmicroscopy.org |
Conversioni LIF
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