Varför konvertera DCM till NIFTI?
DICOM lagrar varje MRI- eller CT-snitt som en separat .dcm-fil, medan analysverktyg för neuroimaging som FSL, SPM, FreeSurfer och ANTs förväntar sig en enda NIfTI-volym per skanning. Konverteringen packar hela 3D-serien i en .nii- eller .nii.gz-fil, vilket förenklar hanteringen och gör datan omedelbart användbar för hjärnsegmentering, fMRI-analys och voxelbaserad morfometri.
Hur man konverterar DCM till NIFTI
dcm2niix OPEN-SOURCE
Kör dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder i en terminal; den sorterar snitt, skriver en .nii.gz per serie och skapar automatiskt en BIDS-kompatibel JSON-sidofil.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Importera DICOM-serien via DICOM-modulen, ladda önskad serie, gå sedan till File > Save och välj NIfTI-formatet .nii.gz.
MRIcroGL FREE
Gå till Import > Convert DICOM to NIfTI, välj DICOM-källmappen och utdatamappen, klicka sedan på Convert - MRIcroGL kör dcm2niix internt.
Om dessa format
En DCM-fil är en DICOM medicinsk bild - en röntgen, CT, MRI, ultraljud eller mammografi - paketerad tillsammans med patient- och undersökningsinformation. För att öppna den, använd en…
Öppna detaljer för .DCM →En .NIFTI-fil är en datafil som används av specifik programvara.
Öppna detaljer för .NIFTI →Kvalitet & vad man bör tänka på
- dcm2niix bearbetar automatiskt flera serier i en mapp och namnger varje utdatafil separat - ingen manuell sortering krävs.
- För okomprimerad NIfTI-utdata istället för
.nii.gz, lägg till-z ni dcm2niix-kommandot. - Verifiera orientering och täckning av utdatavolymen i FSLeyes eller MRIcroGL innan den skickas till en analyspipeline.
Vanliga frågor
Varför föredras NIfTI framför DICOM för neuroimaging-forskning?
.dcm-snitt; alla större neuroimaging-verktyg läser det nativt.