Hvorfor konvertere DCM til NIFTI?
DICOM gemmer hvert MRI- eller CT-snit som en separat .dcm-fil, mens neuroimaging-analyseværktøjer som FSL, SPM, FreeSurfer og ANTs forventer et enkelt NIfTI-volumen pr. scanning. Konvertering pakker hele 3D-serien ind i én .nii- eller .nii.gz-fil, hvilket forenkler pipeline-styring og gør dataene umiddelbart anvendelige til hjernesegmentering, fMRI-analyse og voxel-baseret morfometri.
Sådan konverterer du DCM til NIFTI
dcm2niix OPEN-SOURCE
Kør dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder i en terminal; den sorterer snit, skriver én .nii.gz pr. serie og producerer automatisk en BIDS-kompatibel JSON-sidevogn.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Importer DICOM-serien via DICOM-modulet, indlæs den ønskede serie, og brug derefter File > Save og vælg NIfTI .nii.gz-formatet.
MRIcroGL FREE
Gå til Import > Convert DICOM to NIfTI, vælg input-DICOM-mappen og output-mappen, og klik derefter på Convert - MRIcroGL kører dcm2niix internt.
Om disse formater
.DCM
DICOM Medical Image
En DCM-fil er et DICOM medicinsk billede - et røntgenbillede, CT, MR, ultralyd eller mammografi - bundtet sammen med patient- og undersøgelsesoplysninger. For at åbne den skal du bruge en…
Åbn .DCM detaljer →En .NIFTI-fil er en datafil, der bruges af specifik software.
Åbn .NIFTI detaljer →Kvalitet & hvad man skal være opmærksom på
- dcm2niix behandler automatisk flere serier i én mappe og navngiver hver outputfil separat - ingen manuel sortering er påkrævet.
- For ukomprimeret NIfTI-output i stedet for
.nii.gz, tilføj-z ntil dcm2niix-kommandoen. - Bekræft orientering og dækning af output-volumenet i FSLeyes eller MRIcroGL, før det sendes videre til en analysepipeline.
Ofte stillede spørgsmål
Hvorfor foretrækkes NIfTI frem for DICOM til neuroimaging-forskning?
.dcm-snit; alle større neuroimaging-værktøjer læser det indfødt.
