なぜ DCM を NIFTI に変換するのですか？
DICOM は MRI や CT の各スライスを個別の .dcm ファイルとして保存しますが、FSL、SPM、FreeSurfer、ANTs などの神経画像解析ツールは、1 スキャンにつき 1 つの NIfTI ボリュームを想定しています。変換によって 3D シリーズ全体が 1 つの .nii または .nii.gz ファイルにまとめられ、パイプライン管理が簡素化され、脳のセグメンテーション、fMRI 解析、ボクセルベースの形態計測（VBM）にデータを即座に使用できるようになります。
DCM から NIFTI への変換方法
dcm2niix OPEN-SOURCE
ターミナルで dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder を実行します。スライスをソートし、シリーズごとに 1 つの .nii.gz を書き出し、BIDS 準拠の JSON サイドカーを自動的に生成します。
3D Slicer OPEN-SOURCE
DICOM モジュール経由で DICOM シリーズをインポートし、目的のシリーズをロードしてから、«File > Save» を使用して NIfTI .nii.gz 形式を選択します。
MRIcroGL FREE
«Import > Convert DICOM to NIfTI» に進み、入力 DICOM フォルダと出力フォルダを選択して «Convert» をクリックします。MRIcroGL は内部で dcm2niix を実行します。
これらの形式について
品質と注意点
- dcm2niix は 1 つのフォルダ内にある複数のシリーズを自動的に処理し、各出力ファイルに個別に名前を付けます。手動での仕分けは不要です。
.nii.gzではなく非圧縮の NIfTI 出力が必要な場合は、dcm2niix コマンドに-z nを追加してください。- 解析パイプラインに渡す前に、FSLeyes や MRIcroGL で出力ボリュームの方向とカバレッジを確認してください。
よくある質問
なぜ神経画像研究では DICOM よりも NIfTI が好まれるのですか？
NIfTI は 3D ボリューム全体を 1 つのファイルにまとめるため、数百の
.dcm スライスよりも管理が容易です。主要な神経画像ツールのすべてがネイティブで読み込めます。変換によって画質は低下しますか？
いいえ - dcm2niix は可逆（lossless）変換を行い、元のボクセル値と空間方向を保持します。
dcm2niix が生成する JSON サイドカーとは何ですか？
TR、TE、フリップ角などの撮像パラメータを記録した BIDS 準拠のメタデータファイルです。多くの神経画像パイプラインの品質管理において必須となります。
