Waarom DCM naar NIFTI converteren?
DICOM slaat elke MRI- of CT-slice op als een afzonderlijk .dcm-bestand, terwijl neuroimaging-analysetools zoals FSL, SPM, FreeSurfer en ANTs een enkel NIfTI-volume per scan verwachten. Converteren pakt de volledige 3D-serie samen in één .nii- of .nii.gz-bestand, wat het beheer van pipelines vereenvoudigt en de gegevens onmiddellijk bruikbaar maakt voor hersensegmentatie, fMRI-analyse en voxel-gebaseerde morfometrie.
Hoe DCM naar NIFTI te converteren
dcm2niix OPEN-SOURCE
Voer dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder uit in een terminal; het sorteert slices, schrijft één .nii.gz per serie en produceert automatisch een BIDS-compatibele JSON-sidecar.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Importeer de DICOM-serie via de DICOM-module, laad de gewenste serie, gebruik vervolgens File > Save en selecteer het NIfTI .nii.gz-formaat.
MRIcroGL FREE
Ga naar Import > Convert DICOM to NIfTI, selecteer de invoer-DICOM-map en de uitvoermap, en klik op Convert - MRIcroGL voert dcm2niix intern uit.
Over deze formaten
.DCM
DICOM Medical Image
Een DCM-bestand is een DICOM medisch beeld - een röntgenfoto, CT, MRI, echografie of mammogram - gebundeld met patiënt- en onderzoeksinformatie. Gebruik een gratis DICOM-viewer om het te…
Open .DCM details →Een .NIFTI-bestand is een gegevensbestand dat wordt gebruikt door specifieke software.
Open .NIFTI details →Kwaliteit & waar op te letten
- dcm2niix verwerkt automatisch meerdere series in één map en benoemt elk uitvoerbestand afzonderlijk - handmatig sorteren is niet nodig.
- Voor ongecomprimeerde NIfTI-uitvoer in plaats van
.nii.gz, voegt u-z ntoe aan het dcm2niix-commando. - Controleer de oriëntatie en dekking van het uitvoervolume in FSLeyes of MRIcroGL voordat u het doorgeeft aan een analyse-pipeline.
Veelgestelde vragen
Waarom heeft NIfTI de voorkeur boven DICOM voor neuroimaging-onderzoek?
.dcm-slices; elke belangrijke neuroimaging-tool leest dit formaat standaard.
