Dlaczego konwertować DCM na NIFTI?
DICOM przechowuje każdą warstwę MRI lub CT jako osobny plik .dcm, podczas gdy narzędzia do analizy neuroobrazowej, takie jak FSL, SPM, FreeSurfer i ANTs, wymagają pojedynczego wolumenu NIfTI na skan. Konwersja pakuje całą serię 3D do jednego plika .nii lub .nii.gz, co upraszcza zarządzanie potokami przetwarzania i sprawia, że dane są natychmiast gotowe do segmentacji mózgu, analizy fMRI oraz morfometrii opartej na wokselach.
Jak przekonwertować DCM na NIFTI
dcm2niix OPEN-SOURCE
Uruchom dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder w terminalu; narzędzie posortuje warstwy, zapisze jeden plik .nii.gz na serię i automatycznie wygeneruje plik pomocniczy JSON zgodny z BIDS.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Zaimportuj serię DICOM przez moduł DICOM, załaduj wybraną serię, a następnie użyj File > Save i wybierz format NIfTI .nii.gz.
MRIcroGL FREE
Przejdź do Import > Convert DICOM to NIfTI, wybierz wejściowy folder DICOM oraz folder wyjściowy, a następnie kliknij Convert - MRIcroGL wewnętrznie uruchamia dcm2niix.
O tych formatach
.DCM
DICOM Medical Image
Plik DCM to obraz medyczny DICOM - zdjęcie rentgenowskie (RTG), tomografia komputerowa (TK), rezonans magnetyczny (MR), USG lub mammografia - połączony z informacjami o pacjencie i badaniu.…
Otwórz szczegóły .DCM →Plik .NIFTI to plik danych używany przez określone oprogramowanie.
Otwórz szczegóły .NIFTI →Jakość i na co uważać
- dcm2niix automatycznie przetwarza wiele serii w jednym folderze i nadaje każdemu plikowi wyjściowemu osobną nazwę - nie jest wymagane ręczne sortowanie.
- Aby uzyskać nieskompresowany wynik NIfTI zamiast
.nii.gz, dodaj-z ndo polecenia dcm2niix. - Przed przekazaniem wolumenu do potoku analizy sprawdź jego orientację i zakres w FSLeyes lub MRIcroGL.
Najczęściej zadawane pytania
Dlaczego NIfTI jest preferowany nad DICOM w badaniach neuroobrazowych?
.dcm; każde główne narzędzie do neuroobrazowania odczytuje go natywnie.
