Warum DCM in NIFTI konvertieren?
DICOM speichert jede MRT- oder CT-Schicht als separate .dcm-Datei, während Neuroimaging-Analysetools wie FSL, SPM, FreeSurfer und ANTs ein einzelnes NIfTI-Volume pro Scan erwarten. Die Konvertierung packt die gesamte 3D-Serie in eine einzige .nii- oder .nii.gz-Datei, was das Pipeline-Management vereinfacht und die Daten sofort für die Hirnsegmentierung, fMRT-Analyse und voxelbasierte Morphometrie nutzbar macht.
Wie man DCM in NIFTI konvertiert
dcm2niix OPEN-SOURCE
Führen Sie dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder in einem Terminal aus; es sortiert die Schichten, schreibt eine .nii.gz pro Serie und erstellt automatisch eine BIDS-kompatible JSON-Sidecar-Datei.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Importieren Sie die DICOM-Serie über das DICOM-Modul, laden Sie die gewünschte Serie und verwenden Sie dann „File > Save“, um das NIfTI-Format .nii.gz auszuwählen.
MRIcroGL FREE
Gehen Sie zu „Import > Convert DICOM to NIfTI“, wählen Sie den DICOM-Quellordner und den Ausgabeordner aus und klicken Sie dann auf „Convert“ - MRIcroGL führt dcm2niix intern aus.
Über diese Formate
Eine DCM-Datei ist ein DICOM-Medizinbild - ein Röntgenbild, CT, MRT, Ultraschall oder eine Mammografie - gebündelt mit Patienten- und Untersuchungsinformationen. Um sie zu öffnen, verwenden…
.DCM-Details öffnen →Eine .NIFTI-Datei ist eine Datendatei, die von bestimmter Software verwendet wird.
.NIFTI-Details öffnen →Qualität & worauf zu achten ist
- dcm2niix verarbeitet automatisch mehrere Serien in einem Ordner und benennt jede Ausgabedatei separat - eine manuelle Sortierung ist nicht erforderlich.
- Für eine unkomprimierte NIfTI-Ausgabe anstelle von
.nii.gzfügen Sie dem dcm2niix-Befehl-z nhinzu. - Überprüfen Sie die Orientierung und Abdeckung des Ausgabe-Volumes in FSLeyes oder MRIcroGL, bevor Sie es an eine Analyse-Pipeline übergeben.
Häufig gestellte Fragen
Warum wird NIfTI gegenüber DICOM für die Neuroimaging-Forschung bevorzugt?
.dcm-Slices; jedes gängige Neuroimaging-Tool liest es nativ.