Perché convertire DCM in NIFTI?
Il formato DICOM memorizza ogni fetta MRI o CT come un file .dcm separato, mentre gli strumenti di analisi di neuroimaging come FSL, SPM, FreeSurfer e ANTs richiedono un singolo volume NIfTI per scansione. La conversione raggruppa l'intera serie 3D in un unico file .nii o .nii.gz, semplificando la gestione della pipeline e rendendo i dati immediatamente utilizzabili per la segmentazione cerebrale, l'analisi fMRI e la morfometria basata sui voxel.
Come convertire DCM in NIFTI
dcm2niix OPEN-SOURCE
Esegui dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder in un terminale; ordina le fette, scrive un file .nii.gz per serie e produce automaticamente un file JSON sidecar compatibile con BIDS.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Importa la serie DICOM tramite il modulo DICOM, carica la serie desiderata, quindi usa File > Save e seleziona il formato NIfTI .nii.gz.
MRIcroGL FREE
Vai su Import > Convert DICOM to NIfTI, seleziona la cartella DICOM di input e la cartella di output, quindi clicca su Convert - MRIcroGL esegue dcm2niix internamente.
Informazioni su questi formati
Un file DCM è un'immagine medica DICOM - una radiografia, TC, RM, ecografia o mammografia - raggruppata insieme alle informazioni sul paziente e sullo studio. Per aprirlo, utilizza un…
Apri dettagli .DCM →Un file .NIFTI è un file di dati utilizzato da software specifici.
Apri dettagli .NIFTI →Qualità e a cosa prestare attenzione
- dcm2niix elabora automaticamente più serie in una cartella e nomina ogni file di output separatamente - non è richiesto alcun ordinamento manuale.
- Per un output NIfTI non compresso invece di
.nii.gz, aggiungi-z nal comando dcm2niix. - Verifica l'orientamento e la copertura del volume di output in FSLeyes o MRIcroGL prima di passarlo a una pipeline di analisi.
Domande frequenti
Perché il formato NIfTI è preferito al DICOM per la ricerca in neuroimaging?
.dcm; ogni principale strumento di neuroimaging lo legge nativamente.