Зачем конвертировать DCM в NIFTI?
DICOM хранит каждый срез МРТ или КТ как отдельный файл .dcm, в то время как инструменты анализа нейровизуализации, такие как FSL, SPM, FreeSurfer и ANTs, ожидают один том NIfTI на каждое сканирование. Конвертация упаковывает всю 3D-серию в один файл .nii или .nii.gz, упрощая управление конвейером обработки и делая данные немедленно пригодными для сегментации мозга, анализа фМРТ и воксельной морфометрии.
Способы конвертации DCM в NIFTI
dcm2niix OPEN-SOURCE
Запустите dcm2niix -o /output -f %p_%s /dicom_folder в терминале; программа отсортирует срезы, запишет по одному .nii.gz на серию и автоматически создаст BIDS-совместимый JSON-файл.
3D Slicer OPEN-SOURCE
Импортируйте серию DICOM через модуль DICOM, загрузите нужную серию, затем выберите «File > Save» и выберите формат NIfTI .nii.gz.
MRIcroGL FREE
Перейдите в «Import > Convert DICOM to NIfTI», выберите входную папку DICOM и выходную папку, затем нажмите «Convert» - MRIcroGL запускает dcm2niix внутри программы.
Об этих форматах
Файл DCM - это медицинское изображение DICOM (рентген, КТ, МРТ, УЗИ или маммография), объединенное с информацией о пациенте и исследовании. Чтобы открыть его, используйте бесплатную…
Открыть детали .DCM →Файл .NIFTI - это файл данных, используемый специальным программным обеспечением.
Открыть детали .NIFTI →Качество и на что обратить внимание
- dcm2niix автоматически обрабатывает несколько серий в одной папке и именует каждый выходной файл отдельно - ручная сортировка не требуется.
- Для получения несжатого вывода NIfTI вместо
.nii.gzдобавьте-z nк команде dcm2niix. - Проверьте ориентацию и охват выходного тома в FSLeyes или MRIcroGL перед передачей его в конвейер анализа.
Часто задаваемые вопросы
Почему NIfTI предпочтительнее DICOM для исследований в области нейровизуализации?
.dcm; все основные инструменты нейровизуализации читают его нативно.