Wat is het GRAPHML-bestandsformaat?
Een .graphml-bestand slaat graafgegevens op - netwerken van knooppunten en verbindingen - in een gestandaardiseerd op .xml gebaseerd formaat, ontwikkeld door een academisch consortium (Universiteit van Konstanz, TU Wien, Brown University) en voor het eerst gepubliceerd in 2001. Het wordt veel gebruikt in netwerkwetenschap, sociale netwerkanalyse, bio-informatica en graafdatabases.
De structuur is eenvoudig: een <graphml> root-element (namespace http://graphml.graphdrawing.org/graphml) bevat optionele <key> declaraties die een getypeerd attribuutschema definiëren, gevolgd door een of meer <graph> elementen. Elke <graph> bevat <node> en <edge> elementen; beiden kunnen <data key="..."> subelementen bevatten om attribuutwaarden toe te voegen. Gerichte, ongerichte, gemengde, hypergraaf- en geneste hiërarchische graafstructuren worden allemaal ondersteund.
GraphML is een formaat voor gegevensuitwisseling, geen visueel diagramhulpmiddel. Het codeert alleen de graaftopologie en attributen; visuele coördinaten en styling kunnen optioneel worden toegevoegd via extensie-attributen (bijvoorbeeld de y:Geometry attributen die door de yEd-editor worden gebruikt). De .graphmlz variant is een met gzip gecomprimeerd .graphml-bestand.
Omdat .graphml ongecomprimeerde XML is, kan elke teksteditor het inspecteren. Voor analyse en visualisatie zijn de meest gebruikte tools Gephi (open-source netwerkanalyse) en yEd Graph Editor. Python's networkx, Java's JGraphT en R's igraph bibliotheek kunnen allemaal standaard .graphml lezen en schrijven. Een gerelateerd formaat is .gexf, dat standaard door Gephi wordt gebruikt.
Beveiliging & veiligheid
RISICO: LOWEen .graphml-bestand is platte XML-data en kan geen code uitvoeren. Het openen ervan is veilig. Zeer grote graafbestanden (honderden MB's) kunnen aanzienlijk RAM-geheugen verbruiken in Gephi of yEd (meerdere GB's voor grote sociale netwerken) - beperk het geheugen van de JVM bij het openen van grote bestanden. Er zijn geen scripting of macro's mogelijk in het GraphML-formaat.
Formaatdetails
in een notendopProgramma's die GRAPHML-bestanden openen
Windows3 apps
Gephi
Open-source Bestand > Openen om een .graphml te laden; Gephi visualiseert en analyseert de graaf met lay-outs, statistieken en filters. De standaardtool voor netwerkanalyse. 
yEd Graph Editor
Gratis Bestand > Openen om de .graphml te laden; yEd visualiseert en bewerkt de graaf met automatische lay-outalgoritmen. Exporteert ook GraphML met lay-outattributen.
VS Code / any XML editor
Open-source Open als platte XML om de knooppunt/verbindingsstructuur te inspecteren. Installeer een XML-extensie voor syntaxisaccentuering en validatie. 
macOS2 apps
Gephi
Open-source Bestand > Openen om een .graphml te laden; Gephi visualiseert en analyseert de graaf met lay-outs, statistieken en filters. De standaardtool voor netwerkanalyse.
yEd Graph Editor
Gratis Bestand > Openen om de .graphml te laden; yEd visualiseert en bewerkt de graaf met automatische lay-outalgoritmen. Exporteert ook GraphML met lay-outattributen. 
Linux2 apps
Gephi
Open-source Bestand > Openen om een .graphml te laden; Gephi visualiseert en analyseert de graaf met lay-outs, statistieken en filters. De standaardtool voor netwerkanalyse.
yEd Graph Editor
Gratis Bestand > Openen om de .graphml te laden; yEd visualiseert en bewerkt de graaf met automatische lay-outalgoritmen. Exporteert ook GraphML met lay-outattributen.
Cosmograph (online graph visualizer)
Gratis Upload een GraphML of converteer knooppunten/verbindingen naar CSV voor grootschalige interactieve graafvisualisatie in de browser. Technische details
diepe specificaties| Bestandscodering | Platte XML-tekst, UTF-8 |
| Root-element | <graphml> met XML-namespace http://graphml.graphdrawing.org/graphml |
| Knooppunt-element | <node id="..."> - ID moet uniek zijn binnen het document |
| Verbindings-element | <edge source="..." target="..."> - gericht of ongericht volgens het attribuut <graph edgedefault="..."> van de ouder |
| Attribuutschema | <key> declaraties definiëren getypeerde attributen (string, int, double, boolean, long, float) gericht op knooppunt, verbinding of graaf |
| Attribuutwaarden | <data key="..."> subelementen voegen gedeclareerde attribuutwaarden toe aan individuele knooppunten of verbindingen |
| Ondersteunde graaftypes | Gerichte, ongerichte, gemengde, hypergraaf- en geneste/hiërarchische grafen |
| Gecomprimeerde variant | .graphmlz - een met gzip gecomprimeerd .graphml-bestand; de standaardextensie voor gecomprimeerde GraphML-grafen |
| Binaire handtekening | Geen - begint met optionele <?xml declaratie gevolgd door <graphml |
| Typische bestandsgrootte | 1 KB (kleine testgrafen) tot 500 MB+ (grote sociale of biologische netwerken) |
| MIME-type | application/xml (informeel ook application/graphml+xml) |
| Visuele lay-out | Niet gecodeerd in de basisspecificatie; de yEd-extensie voegt y:Geometry en y:NodeLabel attributen toe voor optionele lay-outgegevens |
| XML-schema locatie | http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd |
| Uitgebracht | 2001 (initial GraphML specification published) |
| Laatste versie | GraphML 1.1 (spec stable; no significant changes since ~2007) |
| Open standaard | Ja · royaltyvrij |
| Specificatie | graphml.graphdrawing.org |
GRAPHML conversies
Community V&A
gevraagd door gebruikersNog geen vragen - wees de eerste om iets te vragen over GRAPHML-bestanden.
