Co to jest format pliku GRAPHML?
Plik .graphml przechowuje dane grafowe - sieci węzłów i krawędzi - w standaryzowanym formacie opartym na .xml, opracowanym przez konsorcjum akademickie (Uniwersytet w Konstancji, TU Wien, Brown University) i opublikowanym po raz pierwszy w 2001 roku. Jest szeroko stosowany w nauce o sieciach, analizie sieci społecznościowych, bioinformatyce i grafowych bazach danych.
Struktura jest prosta: element główny <graphml> (przestrzeń nazw http://graphml.graphdrawing.org/graphml) zawiera opcjonalne deklaracje <key> definiujące schemat atrybutów typowanych, a następnie jeden lub więcej elementów <graph>. Każdy <graph> zawiera elementy <node> i <edge>; oba mogą posiadać elementy podrzędne <data key="..."> w celu dołączenia wartości atrybutów. Obsługiwane są struktury grafów skierowanych, nieskierowanych, mieszanych, hipergrafów oraz zagnieżdżonych grafów hierarchicznych.
GraphML to format wymiany danych, a nie narzędzie do diagramów wizualnych. Koduje on jedynie topologię i atrybuty grafu; współrzędne wizualne i stylizację można opcjonalnie dodać za pomocą atrybutów rozszerzeń (na przykład atrybuty y:Geometry używane przez edytor yEd). Wariant .graphmlz to plik .graphml skompresowany algorytmem gzip.
Ponieważ .graphml to nieskompresowany XML, każdy edytor tekstu może go sprawdzić. Do analizy i wizualizacji najczęściej używanymi narzędziami są Gephi (otwartoźródłowa analiza sieci) oraz yEd Graph Editor. Biblioteki networkx dla języka Python, JGraphT dla Java oraz igraph dla R natywnie odczytują i zapisują pliki .graphml. Powiązanym formatem jest .gexf, używany natywnie przez Gephi.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWPlik .graphml to czyste dane XML i nie może wykonywać kodu. Otwieranie go jest bezpieczne. Bardzo duże pliki grafów (setki MB) mogą zużywać znaczną ilość pamięci RAM w Gephi lub yEd (wiele GB dla dużych sieci społecznościowych) - w przypadku otwierania dużych plików należy ograniczyć pamięć JVM. W formacie GraphML nie są możliwe skrypty ani makra.
Szczegóły formatu
w pigułceProgramy otwierające pliki GRAPHML
Windows3 apps
Gephi
Open-source Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; Gephi wizualizuje i analizuje graf za pomocą układów, statystyk i filtrów. Standardowe narzędzie do analizy sieci. 
yEd Graph Editor
Darmowy Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; yEd wizualizuje i edytuje graf za pomocą automatycznych algorytmów układu. Eksportuje również GraphML z atrybutami układu.
VS Code / any XML editor
Open-source Otwórz jako czysty XML, aby sprawdzić strukturę węzłów/krawędzi. Zainstaluj rozszerzenie XML dla podświetlania składni i walidacji. 
macOS2 apps
Gephi
Open-source Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; Gephi wizualizuje i analizuje graf za pomocą układów, statystyk i filtrów. Standardowe narzędzie do analizy sieci.
yEd Graph Editor
Darmowy Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; yEd wizualizuje i edytuje graf za pomocą automatycznych algorytmów układu. Eksportuje również GraphML z atrybutami układu. 
Linux2 apps
Gephi
Open-source Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; Gephi wizualizuje i analizuje graf za pomocą układów, statystyk i filtrów. Standardowe narzędzie do analizy sieci.
yEd Graph Editor
Darmowy Plik > Otwórz, aby załadować .graphml; yEd wizualizuje i edytuje graf za pomocą automatycznych algorytmów układu. Eksportuje również GraphML z atrybutami układu.
Cosmograph (online graph visualizer)
Darmowy Prześlij GraphML lub przekonwertuj węzły/krawędzie na CSV w celu interaktywnej wizualizacji grafów na dużą skalę w przeglądarce. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Kodowanie pliku | Czysty tekst XML, UTF-8 |
| Element główny | <graphml> z przestrzenią nazw XML http://graphml.graphdrawing.org/graphml |
| Element węzła | <node id="..."> - ID musi być unikalne w obrębie dokumentu |
| Element krawędzi | <edge source="..." target="..."> - skierowana lub nieskierowana zgodnie z atrybutem nadrzędnym <graph edgedefault="..."> |
| Schemat atrybutów | Deklaracje <key> definiują atrybuty typowane (string, int, double, boolean, long, float) przypisane do węzła, krawędzi lub grafu |
| Wartości atrybutów | Elementy podrzędne <data key="..."> dołączają zadeklarowane wartości atrybutów do poszczególnych węzłów lub krawędzi |
| Obsługiwane typy grafów | Skierowane, nieskierowane, mieszane, hipergrafy oraz grafy zagnieżdżone/hierarchiczne |
| Wariant skompresowany | .graphmlz - plik .graphml skompresowany gzip; standardowe rozszerzenie dla skompresowanych grafów GraphML |
| Sygnatura binarna | Brak - zaczyna się od opcjonalnej deklaracji <?xml, a następnie <graphml |
| Typowy rozmiar pliku | Od 1 KB (małe grafy testowe) do ponad 500 MB (duże sieci społecznościowe lub biologiczne) |
| Typ MIME | application/xml (nieformalnie również application/graphml+xml) |
| Układ wizualny | Nie jest zakodowany w podstawowej specyfikacji; rozszerzenie yEd dodaje atrybuty y:Geometry i y:NodeLabel dla opcjonalnych danych układu |
| Lokalizacja schematu XML | http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd |
| Wydano | 2001 (initial GraphML specification published) |
| Najnowsza wersja | GraphML 1.1 (spec stable; no significant changes since ~2007) |
| Otwarty standard | Tak · bezpłatny (royalty-free) |
| Specyfikacja | graphml.graphdrawing.org |
Konwersje GRAPHML
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki GRAPHML.
