O que é o formato de ficheiro GRAPHML?
Um arquivo .graphml armazena dados de grafos - redes de nós e arestas - em um formato padronizado baseado em .xml desenvolvido por um consórcio acadêmico (Universidade de Konstanz, TU Wien, Brown University) e publicado pela primeira vez em 2001. É amplamente utilizado em ciência de redes, análise de redes sociais, bioinformática e bancos de dados de grafos.
A estrutura é direta: um elemento raiz <graphml> (namespace http://graphml.graphdrawing.org/graphml) contém declarações <key> opcionais que definem um esquema de atributos tipados, seguidas por um ou mais elementos <graph>. Cada <graph> contém elementos <node> e <edge>; ambos podem carregar filhos <data key="..."> para anexar valores de atributos. Estruturas de grafos direcionados, não direcionados, mistos, hipergrafos e hierárquicos aninhados são todos suportados.
O GraphML é um formato de intercâmbio de dados, não uma ferramenta de diagrama visual. Ele codifica apenas a topologia e os atributos do grafo; coordenadas visuais e estilização podem ser adicionadas opcionalmente via atributos de extensão (por exemplo, os atributos y:Geometry usados pelo editor yEd). A variante .graphmlz é um arquivo .graphml compactado com gzip.
Como o .graphml é um XML não compactado, qualquer editor de texto pode inspecioná-lo. Para análise e visualização, as ferramentas mais comuns são o Gephi (análise de rede de código aberto) e o yEd Graph Editor. A biblioteca networkx do Python, JGraphT do Java e igraph do R leem e escrevem .graphml nativamente. Um formato relacionado é o .gexf, usado nativamente pelo Gephi.
Segurança e proteção
RISCO: LOWUm arquivo .graphml contém dados XML simples e não pode executar código. Abri-lo é seguro. Arquivos de grafos muito grandes (centenas de MB) podem consumir RAM significativa no Gephi ou yEd (vários GB para grandes redes sociais) - limite a memória da JVM se abrir arquivos grandes. Não são possíveis scripts ou macros no formato GraphML.
Detalhes do formato
em resumoProgramas que abrem arquivos GRAPHML
Windows3 apps
Gephi
Código aberto Arquivo > Abrir para carregar um .graphml; o Gephi visualiza e analisa o grafo com layouts, estatísticas e filtros. A ferramenta padrão para análise de redes. 
yEd Graph Editor
Gratuito Arquivo > Abrir para carregar o .graphml; o yEd visualiza e edita o grafo com algoritmos de layout automático. Também exporta GraphML com atributos de layout.
VS Code / any XML editor
Código aberto Abra como XML simples para inspecionar a estrutura de nós/arestas. Instale uma extensão XML para realce de sintaxe e validação. 
macOS2 apps
Gephi
Código aberto Arquivo > Abrir para carregar um .graphml; o Gephi visualiza e analisa o grafo com layouts, estatísticas e filtros. A ferramenta padrão para análise de redes.
yEd Graph Editor
Gratuito Arquivo > Abrir para carregar o .graphml; o yEd visualiza e edita o grafo com algoritmos de layout automático. Também exporta GraphML com atributos de layout. 
Linux2 apps
Gephi
Código aberto Arquivo > Abrir para carregar um .graphml; o Gephi visualiza e analisa o grafo com layouts, estatísticas e filtros. A ferramenta padrão para análise de redes.
yEd Graph Editor
Gratuito Arquivo > Abrir para carregar o .graphml; o yEd visualiza e edita o grafo com algoritmos de layout automático. Também exporta GraphML com atributos de layout.
Cosmograph (online graph visualizer)
Gratuito Faça o upload de um GraphML ou converta nós/arestas para CSV para visualização interativa de grafos em larga escala no navegador. Detalhes técnicos
especificação profunda| Codificação de arquivo | Texto XML simples, UTF-8 |
| Elemento raiz | <graphml> com namespace XML http://graphml.graphdrawing.org/graphml |
| Elemento de nó | <node id="..."> - o ID deve ser único dentro do documento |
| Elemento de aresta | <edge source="..." target="..."> - direcionada ou não direcionada conforme o atributo <graph edgedefault="..."> pai |
| Esquema de atributos | Declarações <key> definem atributos tipados (string, int, double, boolean, long, float) com escopo para nó, aresta ou grafo |
| Valores de atributos | Elementos filhos <data key="..."> anexam valores de atributos declarados a nós ou arestas individuais |
| Tipos de grafos suportados | Grafos direcionados, não direcionados, mistos, hipergrafos e grafos aninhados/hierárquicos |
| Variante compactada | .graphmlz - um arquivo .graphml compactado com gzip; a extensão padrão para grafos GraphML compactados |
| Assinatura binária | Nenhuma - começa com a declaração opcional <?xml seguida por <graphml |
| Tamanho típico do arquivo | 1 KB (pequenos grafos de teste) a mais de 500 MB (grandes redes sociais ou biológicas) |
| Tipo MIME | application/xml (informalmente também application/graphml+xml) |
| Layout visual | Não codificado na especificação base; a extensão yEd adiciona atributos y:Geometry e y:NodeLabel para dados de layout opcionais |
| Localização do esquema XML | http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd |
| Lançado | 2001 (initial GraphML specification published) |
| Versão mais recente | GraphML 1.1 (spec stable; no significant changes since ~2007) |
| Padrão aberto | Sim · livre de royalties |
| Especificação | graphml.graphdrawing.org |
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