GRAPHML ファイル形式とは？
.graphml ファイルは、学術コンソーシアム（コンスタンツ大学、ウィーン工科大学、ブラウン大学）によって開発され、2001年に初めて公開された標準的な .xml ベースの形式で、グラフデータ（ノードとエッジのネットワーク）を保存します。ネットワーク科学、社会ネットワーク分析、バイオインフォマティクス、およびグラフデータベースで広く使用されています。
構造は単純です。<graphml> ルート要素（名前空間 http://graphml.graphdrawing.org/graphml）に、型付き属性スキーマを定義するオプションの <key> 宣言が含まれ、その後に1つ以上の <graph> 要素が続きます。各 <graph> は <node> と <edge> 要素を保持し、どちらも属性値を付加するために <data key="..."> 子要素を持つことができます。有向、無向、混合、ハイパーグラフ、および入れ子状の階層グラフ構造がすべてサポートされています。
GraphML はデータ交換形式であり、視覚的な図表作成ツールではありません。グラフのトポロジと属性のみをエンコードします。視覚的な座標やスタイリングは、拡張属性（例：yEd エディタで使用される y:Geometry 属性）を介してオプションで追加できます。.graphmlz バリアントは、gzip 圧縮された .graphml ファイルです。
.graphml は非圧縮の XML であるため、任意のテキストエディタで内容を確認できます。分析と視覚化には、Gephi（オープンソースのネットワーク分析ツール）と yEd Graph Editor が最も一般的なツールです。Python の networkx、Java の JGraphT、R の igraph ライブラリはすべて、ネイティブで .graphml の読み書きをサポートしています。関連する形式には、Gephi でネイティブに使用される .gexf があります。
セキュリティと安全性
リスク： LOW.graphml ファイルはプレーンな XML データであり、コードを実行することはできません。開いても安全です。非常に大きなグラフファイル（数百 MB）は、Gephi や yEd で大量の RAM を消費する可能性があります（大規模な社会ネットワークでは数 GB）。大きなファイルを開く場合は JVM のメモリ制限を設定してください。GraphML 形式ではスクリプトやマクロは使用できません。
形式の詳細
概要GRAPHML ファイルを開くプログラム
Windows3 apps
Gephi
オープンソース 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。Gephi はレイアウト、統計、フィルタを使用してグラフを視覚化および分析します。ネットワーク分析の標準的なツールです。 
yEd Graph Editor
無料 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。yEd は自動レイアウトアルゴリズムを使用してグラフを視覚化および編集します。レイアウト属性を含む GraphML のエクスポートも可能です。
VS Code / any XML editor
オープンソース プレーンな XML として開き、ノード/エッジの構造を確認します。構文のハイライトや検証のために XML 拡張機能をインストールしてください。 
macOS2 apps
Gephi
オープンソース 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。Gephi はレイアウト、統計、フィルタを使用してグラフを視覚化および分析します。ネットワーク分析の標準的なツールです。
yEd Graph Editor
無料 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。yEd は自動レイアウトアルゴリズムを使用してグラフを視覚化および編集します。レイアウト属性を含む GraphML のエクスポートも可能です。 
Linux2 apps
Gephi
オープンソース 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。Gephi はレイアウト、統計、フィルタを使用してグラフを視覚化および分析します。ネットワーク分析の標準的なツールです。
yEd Graph Editor
無料 「ファイル」 > 「開く」で .graphml を読み込みます。yEd は自動レイアウトアルゴリズムを使用してグラフを視覚化および編集します。レイアウト属性を含む GraphML のエクスポートも可能です。
Cosmograph (online graph visualizer)
無料 GraphML をアップロードするか、ノード/エッジを CSV に変換して、ブラウザ上で大規模なインタラクティブ・グラフの視覚化を行います。 技術的詳細
詳細仕様| ファイルのエンコーディング | プレーン XML テキスト、UTF-8 |
| ルート要素 | <graphml>（XML 名前空間 http://graphml.graphdrawing.org/graphml） |
| ノード要素 | <node id="..."> - ID はドキュメント内で一意である必要があります |
| エッジ要素 | <edge source="..." target="..."> - 親の <graph edgedefault="..."> 属性に従い、有向または無向となります |
| 属性スキーマ | <key> 宣言により、ノード、エッジ、またはグラフにスコープされた型付き属性（string, int, double, boolean, long, float）を定義します |
| 属性値 | <data key="..."> 子要素により、宣言された属性値を個々のノードまたはエッジに付加します |
| サポートされるグラフの種類 | 有向、無向、混合、ハイパーグラフ、および入れ子/階層グラフ |
| 圧縮バリアント | .graphmlz - gzip 圧縮された .graphml ファイル。圧縮された GraphML グラフの標準的な拡張子です |
| バイナリシグネチャ | なし - オプションの <?xml 宣言の後に <graphml で始まります |
| 一般的なファイルサイズ | 1 KB（小規模なテストグラフ）から 500 MB 以上（大規模な社会ネットワークや生物学的ネットワーク） |
| MIME タイプ | application/xml（非公式には application/graphml+xml も使用されます） |
| 視覚的レイアウト | 基本仕様にはエンコードされていません。yEd 拡張機能により、オプションのレイアウトデータとして y:Geometry および y:NodeLabel 属性が追加されます |
| XML スキーマの場所 | http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd |
| リリース日 | 2001 (initial GraphML specification published) |
| 最新バージョン | GraphML 1.1 (spec stable; no significant changes since ~2007) |
| オープンスタンダード | はい · ロイヤリティフリー |
| 仕様書 | graphml.graphdrawing.org |
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