Was ist das GRAPHML-Dateiformat?
Eine .graphml-Datei speichert Graphendaten - Netzwerke aus Knoten und Kanten - in einem standardisierten, auf .xml basierenden Format, das von einem akademischen Konsortium (Universität Konstanz, TU Wien, Brown University) entwickelt und erstmals 2001 veröffentlicht wurde. Es wird häufig in der Netzwissenschaft, der Analyse sozialer Netzwerke, der Bioinformatik und in Graphdatenbanken verwendet.
Die Struktur ist einfach: Ein <graphml>-Wurzelelement (Namespace http://graphml.graphdrawing.org/graphml) enthält optionale <key>-Deklarationen, die ein typisiertes Attributschema definieren, gefolgt von einem oder mehreren <graph>-Elementen. Jedes <graph>-Element enthält <node>- und <edge>-Elemente; beide können <data key="...">-Kindelemente tragen, um Attributwerte zuzuweisen. Gerichtete, ungerichtete, gemischte, Hypergraph- und verschachtelte hierarchische Graphstrukturen werden alle unterstützt.
GraphML ist ein Datenaustauschformat, kein visuelles Diagramm-Tool. Es kodiert nur die Graphtopologie und Attribute; visuelle Koordinaten und Styling können optional über Erweiterungsattribute hinzugefügt werden (zum Beispiel die y:Geometry-Attribute, die vom yEd-Editor verwendet werden). Die Variante .graphmlz ist eine mit gzip komprimierte .graphml-Datei.
Da .graphml unkomprimiertes XML ist, kann jeder Texteditor sie untersuchen. Für die Analyse und Visualisierung sind Gephi (Open-Source-Netzwerkanalyse) und yEd Graph Editor die gängigsten Werkzeuge. Pythons networkx, Javas JGraphT und die R-Bibliothek igraph lesen und schreiben .graphml nativ. Ein verwandtes Format ist .gexf, das nativ von Gephi verwendet wird.
Sicherheit
RISIKO: LOWEine .graphml-Datei besteht aus einfachen XML-Daten und kann keinen Code ausführen. Das Öffnen ist sicher. Sehr große Graphendateien (hunderte MB) können in Gephi oder yEd erheblichen RAM verbrauchen (mehrere GB bei großen sozialen Netzwerken) - begrenzen Sie den Speicher der JVM beim Öffnen großer Dateien. Im GraphML-Format sind keine Skripte oder Makros möglich.
Formatdetails
kurz gefasstProgramme zum Öffnen von GRAPHML-Dateien
Windows3 apps
Gephi
Open Source Datei > Öffnen, um eine .graphml-Datei zu laden; Gephi visualisiert und analysiert den Graphen mit Layouts, Statistiken und Filtern. Das Standardwerkzeug für die Netzwerkanalyse. 
yEd Graph Editor
Kostenlos Datei > Öffnen, um die .graphml-Datei zu laden; yEd visualisiert und bearbeitet den Graphen mit automatischen Layout-Algorithmen. Exportiert GraphML auch mit Layout-Attributen.
VS Code / any XML editor
Open Source Als einfaches XML öffnen, um die Knoten-/Kantenstruktur zu untersuchen. Installieren Sie eine XML-Erweiterung für Syntax-Highlighting und Validierung. 
macOS2 apps
Gephi
Open Source Datei > Öffnen, um eine .graphml-Datei zu laden; Gephi visualisiert und analysiert den Graphen mit Layouts, Statistiken und Filtern. Das Standardwerkzeug für die Netzwerkanalyse.
yEd Graph Editor
Kostenlos Datei > Öffnen, um die .graphml-Datei zu laden; yEd visualisiert und bearbeitet den Graphen mit automatischen Layout-Algorithmen. Exportiert GraphML auch mit Layout-Attributen. 
Linux2 apps
Gephi
Open Source Datei > Öffnen, um eine .graphml-Datei zu laden; Gephi visualisiert und analysiert den Graphen mit Layouts, Statistiken und Filtern. Das Standardwerkzeug für die Netzwerkanalyse.
yEd Graph Editor
Kostenlos Datei > Öffnen, um die .graphml-Datei zu laden; yEd visualisiert und bearbeitet den Graphen mit automatischen Layout-Algorithmen. Exportiert GraphML auch mit Layout-Attributen.
Cosmograph (online graph visualizer)
Kostenlos Laden Sie eine GraphML-Datei hoch oder konvertieren Sie Knoten/Kanten in CSV für eine groß angelegte interaktive Graphvisualisierung im Browser. Technische Details
technische Spezifikation| Dateikodierung | Einfacher XML-Text, UTF-8 |
| Wurzelelement | <graphml> mit XML-Namespace http://graphml.graphdrawing.org/graphml |
| Knotenelement | <node id="..."> - Die ID muss innerhalb des Dokuments eindeutig sein |
| Kantenelement | <edge source="..." target="..."> - gerichtet oder ungerichtet gemäß dem Attribut <graph edgedefault="..."> des Elternelements |
| Attributschema | <key>-Deklarationen definieren typisierte Attribute (string, int, double, boolean, long, float) für Knoten, Kanten oder Graphen |
| Attributwerte | <data key="...">-Kindelemente weisen deklarierte Attributwerte einzelnen Knoten oder Kanten zu |
| Unterstützte Graphtypen | Gerichtete, ungerichtete, gemischte, Hypergraph- und verschachtelte/hierarchische Graphen |
| Komprimierte Variante | .graphmlz - eine mit gzip komprimierte .graphml-Datei; die Standarderweiterung für komprimierte GraphML-Graphen |
| Binäre Signatur | Keine - beginnt mit optionaler <?xml-Deklaration, gefolgt von <graphml |
| Typische Dateigröße | 1 KB (kleine Testgraphen) bis 500 MB+ (große soziale oder biologische Netzwerke) |
| MIME-Typ | application/xml (informell auch application/graphml+xml) |
| Visuelles Layout | Nicht in der Basisspezifikation kodiert; die yEd-Erweiterung fügt y:Geometry- und y:NodeLabel-Attribute für optionale Layoutdaten hinzu |
| XML-Schema-Speicherort | http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd |
| Veröffentlicht | 2001 (initial GraphML specification published) |
| Neueste Version | GraphML 1.1 (spec stable; no significant changes since ~2007) |
| Offener Standard | Ja · lizenzgebührenfrei |
| Spezifikation | graphml.graphdrawing.org |
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