Что такое формат файла TDT?
Файлы .tdt содержат записи THOR Data Tree - формат обмена химической базы данных THOR от Daylight Chemical Information Systems. Файлы .tdt используются для обмена химической информацией в стандартизированном виде между программами, использующими разные языки или синтаксис, что делает TDT мультиплатформенным форматом обмена данными.
Файлы .tdt сохраняют данные в обычном тексте. Однако их специальный синтаксис *datatree* делает содержимое практически нечитаемым для обычного человека без соответствующего конвертера. Каждая запись привязана к корневой строке структуры SMILES, за которой следуют тегированные элементы данных (свойства, названия, перекрестные ссылки), завершающиеся символом | - это связывает множество свойств с одним соединением в стиле «тезауруса», в честь которого назван THOR.
В общей хемоинформатике TDT был в значительной степени вытеснен файлами SDF и плоскими файлами SMILES, которые имеют более широкую поддержку инструментов. Загрузка и запрос файлов .tdt требуют программного обеспечения Daylight THOR-Merlin или Toolkit; текстовый редактор показывает необработанную тегированную структуру, но не может интерпретировать ее без дополнительной обработки.
Безопасность и защита
РИСК: LOWФайл .tdt представляет собой пассивные текстовые данные, а не исполняемый файл, поэтому его открытие сопряжено с низким риском. Реальные опасения носят практический характер: это нишевый формат, специфичный для Daylight, поэтому без THOR/Merlin или Daylight Toolkit вы сможете только читать необработанный текст, но не работать с химией; кроме того, химические наборы данных могут быть проприетарными/конфиденциальными, поэтому обрабатывайте экспортированные данные THOR в соответствии с политикой данных вашей организации.
Детали формата
в двух словах- Экспорт данных в тексте с разделителями-табуляцией - Некоторые приложения используют .tdt как общий текстовый файл данных с разделителями-табуляцией; открывайте в Excel или текстовом редакторе - не связано с Daylight THOR.
- Файлы данных/шаблонов конкретных приложений - Некоторые программы повторно используют расширение .tdt для своих собственных файлов данных или шаблонов; проверьте создавшее приложение.
Программы, открывающие файлы TDT
Windows2 apps
Daylight Toolkit / THOR-Merlin
Платно Загрузка/запрос .tdt с помощью инструментов базы данных Daylight THOR-Merlin (нативный, целевой способ).
Notepad++ (read raw)
Открытый код Откройте .tdt для проверки необработанного текста дерева данных (SMILES + тегированные поля); химия интерпретирована не будет. 
macOS1 app
Any text editor (read raw)
Бесплатно Откройте .tdt как текст для просмотра записей; используйте инструменты Daylight для фактической загрузки/запроса. 
Linux1 app
Daylight Toolkit + text tools
Платно Используйте Daylight Toolkit/THOR на Unix/Linux для загрузки дерева данных; проверяйте необработанный текст с помощью less/vim. Технические подробности
глубокая спецификация| Тип формата | Текстовая запись химической информации (синтаксис THOR datatree) |
| Разработчик | Daylight Chemical Information Systems, Inc. |
| Кодировка | ASCII обычный текст |
| Сжатие | Нет (база данных THOR использует индексированное хранилище; форма обмена TDT - это несжатый текст) |
| Типичный размер | От КБ до многих МБ (зависит от количества записей о соединениях) |
| Связанная ОС | Unix, Linux, Windows (с Daylight Toolkit / THOR-Merlin) |
| Структура записи | Корневой идентификатор SMILES + тегированные элементы данных (свойства, названия, ссылки) + | терминатор записи |
| Корень SMILES | Каждое дерево данных ключуется строкой SMILES или SMIRKS, идентифицирующей соединение по структуре |
| Концепция Datatree | Множество свойств (записей тезауруса), прикрепленных к одному корню соединения, образуют базу данных THOR с возможностью поиска |
| MIME-тип | text/plain (нет зарегистрированного MIME) |
| Требования к инструментам | Для загрузки и запросов требуется Daylight Toolkit или THOR-Merlin; текстовые редакторы показывают только необработанное содержимое |
| Текущий статус | В значительной степени вытеснен файлами SDF/MOL и плоскими SMILES в общей хемоинформатике; сохраняется на объектах с THOR-Merlin |
| Спецификация | Определено спецификацией Daylight datatree на сайте daylight.com |
| Выпущен | With Daylight's THOR/Merlin chemical database system (1990s) |
| Последняя версия | Tied to the Daylight Toolkit / THOR-Merlin release |
| Спецификация | www.daylight.com |
Конвертации TDT
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах TDT.
