Qu'est-ce que le format de fichier TDT ?
Les fichiers .tdt contiennent des enregistrements THOR Data Tree - le format d'échange de la base de données chimique THOR de Daylight Chemical Information Systems. Les fichiers .tdt sont utilisés pour échanger des informations chimiques sous une forme standardisée entre des programmes utilisant différents langages ou syntaxes, faisant du TDT un format de partage de données multiplateforme.
Les fichiers .tdt enregistrent les données en texte brut. Cependant, leur syntaxe personnalisée *datatree* rend le contenu virtuellement illisible pour une personne moyenne sans un convertisseur approprié. Chaque enregistrement est ancré par une chaîne de structure racine SMILES, suivie d'éléments de données balisés (propriétés, noms, références croisées) terminés par un caractère | - reliant ainsi de nombreuses propriétés à un seul composé dans le style « thésaurus » qui a donné son nom à THOR.
Le TDT a été largement supplanté dans la chimio-informatique générale par les fichiers SDF et les fichiers SMILES plats, qui bénéficient d'un support d'outils plus large. Le chargement et l'interrogation des fichiers .tdt nécessitent le logiciel ou le Toolkit THOR-Merlin de Daylight ; un éditeur de texte affiche la structure balisée brute mais ne peut pas l'interpréter sans traitement supplémentaire.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWUn .tdt contient des données textuelles passives, non exécutables, il est donc peu risqué de l'ouvrir. Les préoccupations réelles sont d'ordre pratique : c'est un format de niche spécifique à Daylight, donc sans THOR/Merlin ou le Daylight Toolkit, vous ne pouvez lire que le texte brut sans travailler sur la chimie ; de plus, les ensembles de données chimiques peuvent être propriétaires/confidentiels, manipulez donc les données THOR exportées conformément à la politique de données de votre organisation.
Détails du format
en bref- Export de données texte délimité par des tabulations - Certaines applications utilisent .tdt comme fichier de données texte générique délimité par des tabulations ; ouvrez-le dans Excel ou un éditeur de texte - sans rapport avec Daylight THOR.
- Fichiers de données/modèles spécifiques à une application - Quelques programmes réutilisent .tdt pour leurs propres fichiers de données ou de modèles ; vérifiez l'application d'origine.
Programmes qui ouvrent les fichiers TDT
Windows2 apps
Daylight Toolkit / THOR-Merlin
Payant Charger/interroger le .tdt avec les outils de base de données THOR-Merlin de Daylight (la méthode native prévue).
Notepad++ (read raw)
Open-source Ouvrir le .tdt pour inspecter le texte brut de l'arborescence de données (SMILES + champs balisés) ; il n'interprétera pas la chimie. 
macOS1 app
Any text editor (read raw)
Gratuit Ouvrir le .tdt en tant que texte pour visualiser les enregistrements ; utiliser les outils Daylight pour le chargement/l'interrogation réels. 
Linux1 app
Daylight Toolkit + text tools
Payant Utiliser le Daylight Toolkit/THOR sur Unix/Linux pour charger l'arborescence de données ; inspecter le texte brut avec less/vim. Détails techniques
spécifications approfondies| Type de format | Enregistrement d'informations chimiques textuel (syntaxe THOR datatree) |
| Développeur | Daylight Chemical Information Systems, Inc. |
| Encodage | Texte brut ASCII |
| Compression | Aucune (la base de données THOR utilise un stockage indexé ; la forme d'échange TDT est du texte non compressé) |
| Taille typique | De quelques Ko à plusieurs Mo (dépend du nombre d'enregistrements de composés) |
| OS associé | Unix, Linux, Windows (avec Daylight Toolkit / THOR-Merlin) |
| Structure de l'enregistrement | Identifiant racine SMILES + éléments de données balisés (propriétés, noms, réf. croisées) + terminateur d'enregistrement | |
| Racine SMILES | Chaque arborescence de données est indexée par une chaîne SMILES ou SMIRKS identifiant le composé par sa structure |
| Concept de datatree | Plusieurs propriétés (entrées de thésaurus) attachées à une racine de composé forment la base de données interrogeable de THOR |
| Type MIME | text/plain (aucun MIME enregistré) |
| Outil requis | Daylight Toolkit ou THOR-Merlin requis pour le chargement et l'interrogation ; les éditeurs de texte affichent uniquement le contenu brut |
| Statut actuel | Largement supplanté par les fichiers SDF/MOL et SMILES plats en chimio-informatique générale ; reste utilisé sur les sites THOR-Merlin |
| Spécification | Définie par la spécification datatree de Daylight sur daylight.com |
| Publié | With Daylight's THOR/Merlin chemical database system (1990s) |
| Dernière version | Tied to the Daylight Toolkit / THOR-Merlin release |
| Spécification | www.daylight.com |
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