Hva er CZI-filformatet?
Filer med filendelsen .czi inneholder multidimensjonale bilder sammen med nødvendige metadata registrert av et ZEISS-mikroskop. De produseres og brukes av ZEN-programvare og lagres internt i det segmenterte beholderformatet ZISRAW. .czi ble introdusert i 2011 og ble utviklet av Carl Zeiss Microscopy GmbH for å møte alle krav fra avanserte og profesjonelle mikroskopbrukere, og erstattet de eldre formatene .lsm og .zvi.
.czi-filer kan inkludere bilde-for-bilde multidimensjonale bilder, Z-stabler, eksperimenter med flere posisjoner eller virtuelle skanninger av hele objektglass. Formatet støtter opptil ti logiske dimensjoner per pikselsett - X, Y, Z, kanal, tid, scene, fase, belysning, rotasjon og mosaikkflis - noe som gjør det godt egnet for komplekse fluorescens- og lysfeltopptak.
Filen lagrer bildedata og metadata som:
- Dokumentinformasjon: tittel, emne, nøkkelord, opptaksdato, brukerinformasjon
- Bildeinformasjon: dimensjoner, pikseltype, skala for X-, Y-, Z-aksene, annoteringer
- Mikroskopinnstillinger: modell, objektiv, reflektor, kontrastmetode, fluorescerende fargestoffer og filtre, bordposisjoner
- Kamerainnstillinger: type, eksponeringsverdier, bitdybde, sammenslåing
Hvert bilde lagres som individuelt komprimerte underblokker som kan bruke ukomprimert, JPEG, JPEG XR, LZW eller Zstd-komprimering; et katalogsegment indekserer alle underblokker for rask tilfeldig tilgang. ZISRAW-spesifikasjonen er offentlig dokumentert for lesing, noe som tillater utvikling av tredjepartsprogramvare som utnytter data lagret i .czi-filer, selv om skriveimplementeringen er dekket av et konfidensielt tillegg.
.czi-formatet ble laget for å lagre all nødvendig informasjon for mikroskopisk avbildning i én fil. Det brukes av avanserte ZEISS-enheter samt en rekke spesialisert programvare, biblioteker og prosjekter for analyse og behandling av mikroskopidata - inkludert OME Bio-Formats / OMERO, QuPath, napari (via aicsimageio), Fiji/ImageJ, MATLAB og åpen kildekode-biblioteket libCZI. Deling av .czi-filer er muliggjort gjennom den gratis tilgjengelige ZEN lite-programvaren, som lar andre brukere se, spille av og behandle det registrerte materialet.
Sikkerhet og trygghet
RISIKO: LOWCZI er forskningsbildedata uten kjørbart innhold, så selve filen har lav risiko. De reelle bekymringene er praktiske: svært store filer kan tømme RAM/disk (bruk fremvisere som strømmer fliser, som Bio-Formats/QuPath), og eksport til tapsholdig JPG eller en enkelt kanal kaster lydløst bort de multidimensjonale, 16-bits vitenskapelige dataene - behold alltid den originale CZI-filen. Vær oppmerksom på nettsteder for nedlasting av «CZI viewer»; bruk offisiell ZEISS ZEN lite eller åpen kildekode Fiji/QuPath i stedet.
Formatdetaljer
i et nøtteskallProgrammer som åpner CZI-filer
Windows3 apps
ZEISS ZEN lite
Gratis Installer ZEN lite (gratis, registrering) og åpne .czi-filen for å se alle kanaler/scener og metadata nøyaktig slik de ble tatt opp.
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil > Åpne .czi; Bio-Formats' importdialog lar deg velge serier/scener, dele kanaler og se stabler. Anbefales fremfor vanlig ImageJ.
QuPath
Åpen kildekode Åpne .czi (bruker Bio-Formats); velg hvilken scene som skal åpnes for analyse av hele objektglass eller flere scener. 
macOS2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil > Åpne .czi; Bio-Formats' importdialog lar deg velge serier/scener, dele kanaler og se stabler. Anbefales fremfor vanlig ImageJ.
QuPath
Åpen kildekode Åpne .czi (bruker Bio-Formats); velg hvilken scene som skal åpnes for analyse av hele objektglass eller flere scener. 
Linux2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Åpen kildekode Fil > Åpne .czi; Bio-Formats' importdialog lar deg velge serier/scener, dele kanaler og se stabler. Anbefales fremfor vanlig ImageJ.
napari (with bioio/aicsimageio)
Åpen kildekode Kjør «pip install napari + en CZI-leser-plugin (bioio-czi)», og dra deretter .czi-filen inn for å bla gjennom dimensjoner interaktivt. Tekniske detaljer
dyp spesifikasjon| Beholderformat | ZISRAW - typet segmentbeholder med lengdeprefiks bestående av et filhodesegment, bildeunderblokker, en metablokk, valgfrie vedlegg og et katalogsegment |
| Koding | Binær, little-endian byterekkefølge |
| Magic bytes | `ZISRAWFILE` - 10 ASCII-bytes ved posisjon 0 i filhodet; hvert internt segment begynner med en `ZISRAW…` segment-ID (f.eks. `ZISRAWSUBBLOCK`, `ZISRAWMETADATA`, `ZISRAWATTACH`, `ZISRAWDIRECTORY`) |
| Komprimering per flis | Hver underblokk er uavhengig komprimert: ukomprimert, JPEG, JPEG XR, LZW eller Zstd |
| Støttede dimensjoner | Opptil 10 logiske dimensjoner per pikselsett: X, Y, Z, kanal (C), tid (T), scene (S), fase (H), belysning (I), rotasjon (R) og mosaikk/flis (M) |
| Pikseltyper | Gray8, Gray16, Gray32-float, Bgr24, Bgr48; vanligvis 8- eller 16-bit per kanal for multikanals fluorescens |
| Innebygde metadata | Fullstendig opptaks-XML lagret i et dedikert `ZISRAWMETADATA`-segment; inneholder parametere for mikroskop, kamera, objektiv og bord |
| Tilfeldig tilgang | `ZISRAWDIRECTORY`-segmentet på slutten av filen indekserer alle underblokker etter posisjon, noe som muliggjør effektiv tilfeldig tilgang på flisnivå uten sekvensiell skanning |
| Vedlegg | Valgfrie `ZISRAWATTACH`-segmenter inneholder miniatyrbilde, etikettbilde, oversiktsbilde og logg over opptakshendelser |
| MIME-type | `image/czi`; reserve `application/octet-stream` |
| Typisk filstørrelse | Ti-talls MB til hundrevis av GB - mosaikker av hele objektglass og multidimensjonale tidsforløp-Z-stabler er svært store |
| Plattformstøtte | Windows, macOS og Linux via `libCZI`, OME Bio-Formats og ZEISS ZEN-programvare |
| Spesifikasjonsstatus | ZISRAW-spesifikasjonen er offentlig dokumentert for lesing (muliggjør tredjepartslesere); skriveimplementering er dekket av et konfidensielt tillegg, så tredjepartsverktøy leser generelt, men oppretter ikke `.czi`-filer |
| Forgjengerformater | Erstatter ZEISS `.lsm`- og `.zvi`-formater for mikroskopibilder |
| Utgitt | 2011 (with ZEISS ZEN imaging software) |
| Siste versjon | ZISRAW (CZI) File Format Design Specification Release 1.2.x |
| Åpen standard | Ja · royalty-fri |
| Spesifikasjon | www.zeiss.com |
CZI-konverteringer
Spørsmål og svar fra fellesskapet
spurt av brukereIngen spørsmål ennå - vær den første til å spørre om CZI-filer.
