Qu'est-ce que le format de fichier CZI ?
Les fichiers avec l'extension .czi contiennent des images multidimensionnelles ainsi que les métadonnées nécessaires enregistrées par un microscope ZEISS. Ils sont produits et utilisés par le logiciel d'imagerie ZEN et stockés en interne dans le format de conteneur segmenté ZISRAW. Introduit en 2011, le .czi a été développé par Carl Zeiss Microscopy GmbH pour répondre à toutes les exigences des utilisateurs de microscopes avancés et professionnels, remplaçant les anciens formats .lsm et .zvi.
Les fichiers .czi peuvent inclure des images multidimensionnelles image par image, des piles Z, des expériences multi-positions ou des scans virtuels de lames entières. Le format prend en charge jusqu'à dix dimensions logiques par ensemble de pixels - X, Y, Z, canal, temps, scène, phase, éclairage, rotation et tuile mosaïque - ce qui le rend bien adapté aux acquisitions complexes en fluorescence et en fond clair.
Le fichier enregistre les données d'image et les métadonnées telles que :
- Informations sur le document : titre, sujet, mots-clés, date d'enregistrement, informations utilisateur
- Informations sur l'image : dimensions, type de pixel, échelle pour les axes X, Y, Z, annotations
- Paramètres du microscope : modèle, objectif, réflecteur, méthode de contraste, colorants fluorescents et filtres, positions de la platine
- Paramètres de la caméra : type, valeurs d'exposition, profondeur de bits, fusion
Chaque image est stockée sous forme de sous-blocs compressés individuellement pouvant utiliser la compression non compressée, JPEG, JPEG XR, LZW ou Zstd ; un segment de répertoire indexe tous les sous-blocs pour un accès aléatoire rapide. La spécification ZISRAW est documentée publiquement pour la lecture, permettant le développement de logiciels tiers utilisant les données enregistrées dans les fichiers .czi, bien que l'implémentation de l'écriture soit couverte par un addendum confidentiel.
Le format .czi a été créé pour sauvegarder toutes les informations nécessaires à l'imagerie microscopique dans un seul fichier. Il est utilisé par les appareils ZEISS avancés ainsi que par une multitude de logiciels spécialisés, de bibliothèques et de projets pour l'analyse et le traitement des données de microscopie - notamment OME Bio-Formats / OMERO, QuPath, napari (via aicsimageio), Fiji/ImageJ, MATLAB et la bibliothèque open-source libCZI. Le partage de fichiers .czi est rendu possible grâce au logiciel ZEN lite disponible gratuitement, qui permet à d'autres utilisateurs de visualiser, de lire et de traiter les documents enregistrés.
Sécurité et sûreté
RISQUE : LOWLe CZI contient des données d'imagerie de recherche sans contenu exécutable, le fichier lui-même présente donc un risque faible. Les préoccupations réelles sont pratiques : les fichiers très volumineux peuvent épuiser la RAM ou le disque (utilisez des visionneuses qui lisent les tuiles en flux, comme Bio-Formats/QuPath), et l'exportation vers un JPG avec perte ou un canal unique supprime silencieusement les données scientifiques 16 bits multidimensionnelles - conservez toujours le CZI original. Méfiez-vous des sites de téléchargement de « visionneuse CZI » ; utilisez plutôt le logiciel officiel ZEISS ZEN lite ou les outils open-source Fiji/QuPath.
Détails du format
en brefProgrammes qui ouvrent les fichiers CZI
Windows3 apps
ZEISS ZEN lite
Gratuit Installez ZEN lite (gratuit, inscription requise) et ouvrez le .czi pour visualiser tous les canaux/scènes et métadonnées exactement comme lors de l'acquisition.
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source Fichier > Ouvrir le .czi ; la boîte de dialogue d'importation de Bio-Formats vous permet de choisir les séries/scènes, de séparer les canaux et de visualiser les piles. Recommandé par rapport à ImageJ standard.
QuPath
Open-source Ouvrez le .czi (utilise Bio-Formats) ; choisissez la scène à ouvrir pour l'analyse de lames entières ou multi-scènes. 
macOS2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source Fichier > Ouvrir le .czi ; la boîte de dialogue d'importation de Bio-Formats vous permet de choisir les séries/scènes, de séparer les canaux et de visualiser les piles. Recommandé par rapport à ImageJ standard.
QuPath
Open-source Ouvrez le .czi (utilise Bio-Formats) ; choisissez la scène à ouvrir pour l'analyse de lames entières ou multi-scènes. 
Linux2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source Fichier > Ouvrir le .czi ; la boîte de dialogue d'importation de Bio-Formats vous permet de choisir les séries/scènes, de séparer les canaux et de visualiser les piles. Recommandé par rapport à ImageJ standard.
napari (with bioio/aicsimageio)
Open-source pip install napari + un plugin de lecture CZI (bioio-czi), puis faites glisser le .czi pour parcourir les dimensions de manière interactive. Détails techniques
spécifications approfondies| Format de conteneur | ZISRAW - conteneur de segments typés et préfixés par leur longueur, comprenant un segment d'en-tête de fichier, des sous-blocs d'image, un bloc de métadonnées, des pièces jointes facultatives et un segment de répertoire |
| Encodage | Binaire, ordre des octets little-endian |
| Octets magiques | `ZISRAWFILE` - 10 octets ASCII à l'offset 0 dans l'en-tête du fichier ; chaque segment interne commence par un identifiant de segment `ZISRAW…` (ex: `ZISRAWSUBBLOCK`, `ZISRAWMETADATA`, `ZISRAWATTACH`, `ZISRAWDIRECTORY`) |
| Compression par tuile | Chaque sous-bloc est compressé indépendamment : non compressé, JPEG, JPEG XR, LZW ou Zstd |
| Dimensions prises en charge | Jusqu'à 10 dimensions logiques par ensemble de pixels : X, Y, Z, canal (C), temps (T), scène (S), phase (H), éclairage (I), rotation (R) et mosaïque/tuile (M) |
| Types de pixels | Gray8, Gray16, Gray32-float, Bgr24, Bgr48 ; généralement 8 ou 16 bits par canal pour la fluorescence multi-canaux |
| Métadonnées intégrées | XML d'acquisition complet stocké dans un segment `ZISRAWMETADATA` dédié ; contient les paramètres du microscope, de la caméra, de l'objectif et de la platine |
| Accès aléatoire | Le segment `ZISRAWDIRECTORY` à la fin du fichier indexe tous les sous-blocs par position, permettant un accès aléatoire efficace au niveau des tuiles sans balayage séquentiel |
| Pièces jointes | Les segments `ZISRAWATTACH` facultatifs transportent l'image miniature, l'image d'étiquette, l'image de vue d'ensemble et le journal des événements d'acquisition |
| Type MIME | `image/czi` ; repli sur `application/octet-stream` |
| Taille de fichier typique | De quelques dizaines de Mo à plusieurs centaines de Go - les mosaïques de lames entières et les piles Z multidimensionnelles en accéléré sont très volumineuses |
| Prise en charge des plateformes | Windows, macOS et Linux via `libCZI`, OME Bio-Formats et le logiciel ZEISS ZEN |
| Statut des spécifications | Spécification ZISRAW documentée publiquement pour la lecture (permettant les lecteurs tiers) ; implémentation de l'écriture couverte par un addendum confidentiel, de sorte que les outils tiers lisent généralement mais ne créent pas de fichiers `.czi` |
| Formats prédécesseurs | Remplace les formats d'image de microscopie ZEISS `.lsm` et `.zvi` |
| Publié | 2011 (with ZEISS ZEN imaging software) |
| Dernière version | ZISRAW (CZI) File Format Design Specification Release 1.2.x |
| Standard ouvert | Oui · libre de droits |
| Spécification | www.zeiss.com |
Conversions CZI
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