Hvad er CZI-filformatet?
Filer med filendelsen .czi indeholder multidimensionelle billeder sammen med de nødvendige metadata registreret af et ZEISS-mikroskop. De produceres og bruges af ZEN-billedbehandlingssoftware og gemmes internt i det segmenterede ZISRAW-containerformat. .czi blev introduceret i 2011 og blev udviklet af Carl Zeiss Microscopy GmbH for at opfylde alle de krav, der stilles af avancerede og professionelle mikroskopbrugere, og erstatter de ældre .lsm og .zvi formater.
.czi-filer kan indeholde multidimensionelle billeder billede-for-billede, Z-stakke, eksperimenter med flere positioner eller virtuelle scanninger af hele objektglas. Formatet understøtter op til ti logiske dimensioner pr. pixelsæt - X, Y, Z, kanal, tid, scene, fase, belysning, rotation og mosaikflise - hvilket gør det velegnet til komplekse fluorescens- og lysfeltsoptagelser.
Filen gemmer billeddata og metadata såsom:
- Dokumentinformation: titel, emne, nøgleord, optagelsesdato, brugerinformation
- Billedinformation: dimensioner, pixeltype, skalering for X-, Y-, Z-akserne, annotationer
- Mikroskopindstillinger: model, objektiv, reflektor, kontrastmetode, fluorescerende farvestoffer og filtre, objektbordspositioner
- Kameraindstillinger: type, eksponeringsværdier, bitdybde, sammenfletning
Hvert billede gemmes som individuelt komprimerede underblokke, der kan bruge ukomprimeret, JPEG, JPEG XR, LZW eller Zstd-komprimering; et bibliotekssegment indekserer alle underblokke for hurtig vilkårlig adgang. ZISRAW-specifikationen er offentligt dokumenteret til læsning, hvilket tillader udvikling af tredjepartssoftware, der benytter data gemt i .czi-filer, selvom skrive-implementeringen er dækket af et fortroligt tillæg.
.czi-formatet blev skabt for at gemme al nødvendig information til mikroskopisk billedbehandling i én fil. Det benyttes af avancerede ZEISS-enheder samt en række specialiseret software, biblioteker og projekter til analyse og behandling af mikroskopidata - herunder OME Bio-Formats / OMERO, QuPath, napari (via aicsimageio), Fiji/ImageJ, MATLAB og open source-biblioteket libCZI. Deling af .czi-filer er muliggjort gennem den gratis tilgængelige ZEN lite-software, som lader andre brugere se, afspille og behandle de optagede materialer.
Sikkerhed og tryghed
RISIKO: LOWCZI er forskningsbilleddata uden eksekverbart indhold, så selve filen er lavrisiko. De reelle bekymringer er praktiske: meget store filer kan udtømme RAM/disk (brug fremvisere, der streamer fliser, som Bio-Formats/QuPath), og eksport til tabsgivende JPG eller en enkelt kanal kasserer lydløst de multidimensionelle, 16-bit videnskabelige data - behold altid den originale CZI. Pas på «CZI viewer» download-sider; brug den officielle ZEISS ZEN lite eller open source Fiji/QuPath i stedet.
Formatdetaljer
kort fortaltProgrammer der åbner CZI-filer
Windows3 apps
ZEISS ZEN lite
Gratis Installer ZEN lite (gratis, registrering påkrævet) og åbn .czi-filen for at se alle kanaler/scener og metadata præcis som de blev optaget.
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source File > Open .czi; Bio-Formats' importdialog lader dig vælge serier/scener, opdele kanaler og se stakke. Anbefales frem for almindelig ImageJ.
QuPath
Open-source Åbn .czi (bruger Bio-Formats); vælg hvilken scene der skal åbnes til analyse af hele objektglas eller flere scener. 
macOS2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source File > Open .czi; Bio-Formats' importdialog lader dig vælge serier/scener, opdele kanaler og se stakke. Anbefales frem for almindelig ImageJ.
QuPath
Open-source Åbn .czi (bruger Bio-Formats); vælg hvilken scene der skal åbnes til analyse af hele objektglas eller flere scener. 
Linux2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open-source File > Open .czi; Bio-Formats' importdialog lader dig vælge serier/scener, opdele kanaler og se stakke. Anbefales frem for almindelig ImageJ.
napari (with bioio/aicsimageio)
Open-source Kør «pip install napari + et CZI-læser-plugin (bioio-czi)», og træk derefter .czi-filen ind for at gennemse dimensioner interaktivt. Tekniske detaljer
dyb specifikation| Containerformat | ZISRAW - typet segmentcontainer med længdepræfiks bestående af et filheader-segment, billed-underblokke, en metadatablok, valgfrie vedhæftninger og et bibliotekssegment |
| Kodning | Binær, little-endian byte-rækkefølge |
| Magic bytes | `ZISRAWFILE` - 10 ASCII-bytes ved offset 0 i filheaderen; hvert internt segment begynder med et `ZISRAW…` segment-ID (f.eks. `ZISRAWSUBBLOCK`, `ZISRAWMETADATA`, `ZISRAWATTACH`, `ZISRAWDIRECTORY`) |
| Komprimering pr. flise | Hver underblok er uafhængigt komprimeret: ukomprimeret, JPEG, JPEG XR, LZW eller Zstd |
| Understøttede dimensioner | Op til 10 logiske dimensioner pr. pixelsæt: X, Y, Z, kanal (C), tid (T), scene (S), fase (H), belysning (I), rotation (R) og mosaik/flise (M) |
| Pixeltyper | Gray8, Gray16, Gray32-float, Bgr24, Bgr48; typisk 8- eller 16-bit pr. kanal for multikanal-fluorescens |
| Indlejrede metadata | Fuld opsamlings-XML gemt i et dedikeret `ZISRAWMETADATA`-segment; indeholder parametre for mikroskop, kamera, objektiv og objektbord |
| Vilkårlig adgang | `ZISRAWDIRECTORY`-segmentet i slutningen af filen indekserer alle underblokke efter position, hvilket muliggør effektiv vilkårlig adgang på fliseniveau uden sekventiel scanning |
| Vedhæftninger | Valgfrie `ZISRAWATTACH`-segmenter indeholder miniaturebillede, etiketbillede, oversigtsbillede og log over opsamlingshændelser |
| MIME-type | `image/czi`; fallback `application/octet-stream` |
| Typisk filstørrelse | Ti MB til hundreder af GB - mosaikker af hele objektglas og multidimensionelle tidsforløbs-Z-stakke er meget store |
| Platformunderstøttelse | Windows, macOS og Linux via `libCZI`, OME Bio-Formats og ZEISS ZEN-software |
| Specifikationsstatus | ZISRAW-specifikationen er offentligt dokumenteret til læsning (muliggør tredjepartslæsere); skrive-implementeringen er dækket af et fortroligt tillæg, så tredjepartsværktøjer læser generelt, men opretter ikke `.czi`-filer |
| Forgængerformater | Erstatter ZEISS `.lsm` og `.zvi` mikroskopi-billedformater |
| Udgivet | 2011 (with ZEISS ZEN imaging software) |
| Seneste version | ZISRAW (CZI) File Format Design Specification Release 1.2.x |
| Åben standard | Ja · royaltyfri |
| Specifikation | www.zeiss.com |
CZI-konverteringer
Fællesskabets Q&A
spurgt af brugereIngen spørgsmål endnu - vær den første til at spørge om CZI-filer.
