¿Qué es el formato de archivo CZI?
Los archivos con la extensión .czi contienen imágenes multidimensionales junto con los metadatos necesarios registrados por un microscopio ZEISS. Son producidos y utilizados por el software de imagen ZEN y se almacenan internamente en el formato de contenedor segmentado ZISRAW. Introducido en 2011, .czi fue desarrollado por Carl Zeiss Microscopy GmbH para cumplir con todos los requisitos establecidos por usuarios de microscopía avanzados y profesionales, sustituyendo a los formatos anteriores .lsm y .zvi.
Los archivos .czi pueden incluir imágenes multidimensionales fotograma a fotograma, pilas Z, experimentos de múltiples posiciones o escaneos virtuales de portaobjetos completos. El formato admite hasta diez dimensiones lógicas por conjunto de píxeles (X, Y, Z, canal, tiempo, escena, fase, iluminación, rotación y mosaico), lo que lo hace muy adecuado para adquisiciones complejas de fluorescencia y campo claro.
El archivo guarda los datos de la imagen y metadatos como:
- Información del documento: título, asunto, palabras clave, fecha de registro, información del usuario
- Información de la imagen: dimensiones, tipo de píxel, escala para los ejes X, Y, Z, anotaciones
- Configuración del microscopio: modelo, objetivo, reflector, método de contraste, tintes fluorescentes y filtros, posiciones de la platina
- Configuración de la cámara: tipo, valores de exposición, profundidad de bits, fusión
Cada imagen se almacena como subbloques comprimidos individualmente que pueden usar compresión sin pérdida, JPEG, JPEG XR, LZW o Zstd; un segmento de directorio indexa todos los subbloques para un acceso aleatorio rápido. La especificación ZISRAW está documentada públicamente para su lectura, lo que permite el desarrollo de software de terceros que utiliza datos guardados en archivos .czi, aunque la implementación de escritura está cubierta por un anexo confidencial.
El formato .czi fue creado para guardar toda la información necesaria para la imagen microscópica en un solo archivo. Es utilizado por dispositivos ZEISS avanzados, así como por una gran cantidad de software especializado, bibliotecas y proyectos para analizar y procesar datos de microscopía, incluidos OME Bio-Formats / OMERO, QuPath, napari (a través de aicsimageio), Fiji/ImageJ, MATLAB y la biblioteca de código abierto libCZI. Compartir archivos .czi es posible a través del software gratuito ZEN lite, que permite a otros usuarios ver, reproducir y procesar los materiales grabados.
Seguridad y protección
RIESGO: LOWCZI contiene datos de imágenes de investigación sin contenido ejecutable, por lo que el archivo en sí es de bajo riesgo. Las preocupaciones reales son prácticas: los archivos muy grandes pueden agotar la RAM o el disco (use visores que transmitan mosaicos, como Bio-Formats/QuPath), y exportar a JPG con pérdida o a un solo canal descarta silenciosamente los datos científicos multidimensionales de 16 bits; conserve siempre el CZI original. Tenga cuidado con los sitios de descarga de «visores CZI»; use el ZEISS ZEN lite oficial o las herramientas de código abierto Fiji/QuPath en su lugar.
Detalles del formato
en pocas palabrasProgramas que abren archivos CZI
Windows3 apps
ZEISS ZEN lite
Gratis Instale ZEN lite (gratis, requiere registro) y abra el .czi para ver todos los canales/escenas y metadatos exactamente como fueron adquiridos.
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Código abierto Archivo > Abrir el .czi; el diálogo de importación de Bio-Formats le permite elegir series/escenas, dividir canales y ver pilas. Recomendado sobre ImageJ estándar.
QuPath
Código abierto Abra el .czi (usa Bio-Formats); elija qué escena abrir para el análisis de portaobjetos completos o de múltiples escenas. 
macOS2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Código abierto Archivo > Abrir el .czi; el diálogo de importación de Bio-Formats le permite elegir series/escenas, dividir canales y ver pilas. Recomendado sobre ImageJ estándar.
QuPath
Código abierto Abra el .czi (usa Bio-Formats); elija qué escena abrir para el análisis de portaobjetos completos o de múltiples escenas. 
Linux2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Código abierto Archivo > Abrir el .czi; el diálogo de importación de Bio-Formats le permite elegir series/escenas, dividir canales y ver pilas. Recomendado sobre ImageJ estándar.
napari (with bioio/aicsimageio)
Código abierto Ejecute «pip install napari» + un complemento de lectura CZI (bioio-czi), luego arrastre el .czi para explorar las dimensiones de forma interactiva. Detalles técnicos
especificación profunda| Formato de contenedor | ZISRAW - contenedor de segmentos tipados con prefijo de longitud que comprende un segmento de cabecera de archivo, subbloques de imagen, un bloque de metadatos, archivos adjuntos opcionales y un segmento de directorio |
| Codificación | Binario, orden de bytes little-endian |
| Magic bytes | `ZISRAWFILE` - 10 bytes ASCII en el desplazamiento 0 en la cabecera del archivo; cada segmento interno comienza con un ID de segmento `ZISRAW…` (p. ej., `ZISRAWSUBBLOCK`, `ZISRAWMETADATA`, `ZISRAWATTACH`, `ZISRAWDIRECTORY`) |
| Compresión por mosaico | Cada subbloque se comprime de forma independiente: sin compresión, JPEG, JPEG XR, LZW o Zstd |
| Dimensiones admitidas | Hasta 10 dimensiones lógicas por conjunto de píxeles: X, Y, Z, canal (C), tiempo (T), escena (S), fase (H), iluminación (I), rotación (R) y mosaico (M) |
| Tipos de píxeles | Gray8, Gray16, Gray32-float, Bgr24, Bgr48; comúnmente de 8 o 16 bits por canal para fluorescencia multicanal |
| Metadatos integrados | XML de adquisición completo almacenado en un segmento `ZISRAWMETADATA` dedicado; contiene parámetros del microscopio, cámara, objetivo y platina |
| Acceso aleatorio | El segmento `ZISRAWDIRECTORY` al final del archivo indexa todos los subbloques por posición, lo que permite un acceso aleatorio eficiente a nivel de mosaico sin escaneo secuencial |
| Adjuntos | Los segmentos opcionales `ZISRAWATTACH` contienen la imagen en miniatura, la imagen de la etiqueta, la imagen de vista general y el registro de eventos de adquisición |
| Tipo MIME | `image/czi`; alternativa `application/octet-stream` |
| Tamaño de archivo típico | Desde decenas de MB hasta cientos de GB: los mosaicos de portaobjetos completos y las pilas Z de lapso de tiempo multidimensionales son muy grandes |
| Soporte de plataformas | Windows, macOS y Linux a través de `libCZI`, OME Bio-Formats y el software ZEISS ZEN |
| Estado de la especificación | Especificación ZISRAW documentada públicamente para lectura (lo que permite lectores de terceros); la implementación de escritura está cubierta por un anexo confidencial, por lo que las herramientas de terceros generalmente leen pero no crean archivos `.czi` |
| Formatos predecesores | Sustituye a los formatos de imagen de microscopía `.lsm` y `.zvi` de ZEISS |
| Lanzado | 2011 (with ZEISS ZEN imaging software) |
| Última versión | ZISRAW (CZI) File Format Design Specification Release 1.2.x |
| Estándar abierto | Sí · libre de regalías |
| Especificación | www.zeiss.com |
Conversiones de CZI
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