Was ist das CZI-Dateiformat?
Dateien mit der Endung .czi enthalten mehrdimensionale Bilder zusammen mit den notwendigen Metadaten, die von einem ZEISS-Mikroskop aufgezeichnet wurden. Sie werden von der ZEN-Imaging-Software erstellt und verwendet und intern im segmentierten ZISRAW-Containerformat gespeichert. Das 2011 eingeführte Format .czi wurde von der Carl Zeiss Microscopy GmbH entwickelt, um alle Anforderungen fortgeschrittener und professioneller Mikroskopnutzer zu erfüllen, und löst die älteren Formate .lsm und .zvi ab.
.czi-Dateien können Einzelbild-für-Einzelbild mehrdimensionale Bilder, Z-Stapel, Multi-Positions-Experimente oder virtuelle Scans ganzer Objektträger enthalten. Das Format unterstützt bis zu zehn logische Dimensionen pro Pixelsatz - X, Y, Z, Kanal, Zeit, Szene, Phase, Beleuchtung, Rotation und Mosaikkachel - wodurch es bestens für komplexe Fluoreszenz- und Hellfeld-Aufnahmen geeignet ist.
Die Datei speichert die Bilddaten und Metadaten wie:
- Dokumentinformationen: Titel, Betreff, Schlüsselwörter, Aufnahmedatum, Benutzerinformationen
- Bildinformationen: Dimensionen, Pixeltyp, Skalierung für die X-, Y-, Z-Achsen, Annotationen
- Mikroskopeinstellungen: Modell, Objektiv, Reflektor, Kontrastmethode, Fluoreszenzfarbstoffe und Filter, Tischpositionen
- Kameraeinstellungen: Typ, Belichtungswerte, Bittiefe, Merging
Jedes Bild wird in einzeln komprimierten Sub-Blöcken gespeichert, die unkomprimierte, JPEG, JPEG XR, LZW oder Zstd-Kompression verwenden können; ein Verzeichnis-Segment indiziert alle Sub-Blöcke für einen schnellen Direktzugriff. Die ZISRAW-Spezifikation ist für das Lesen öffentlich dokumentiert, was die Entwicklung von Drittanbietersoftware ermöglicht, die in .czi-Dateien gespeicherte Daten nutzt, obwohl die Schreibimplementierung durch einen vertraulichen Nachtrag abgedeckt ist.
Das .czi-Format wurde geschaffen, um alle notwendigen Informationen für die mikroskopische Bildgebung in einer Datei zu speichern. Es wird von fortschrittlichen ZEISS-Geräten sowie einer Vielzahl spezialisierter Software, Bibliotheken und Projekte zur Analyse und Verarbeitung von Mikroskopiedaten verwendet - einschließlich OME Bio-Formats / OMERO, QuPath, napari (über aicsimageio), Fiji/ImageJ, MATLAB und der Open-Source-Bibliothek libCZI. Das Teilen von .czi-Dateien wird durch die frei verfügbare Software ZEN lite ermöglicht, die es anderen Benutzern erlaubt, die aufgezeichneten Materialien anzusehen, abzuspielen und zu verarbeiten.
Sicherheit
RISIKO: LOWCZI enthält Forschungs-Bilddaten ohne ausführbare Inhalte, daher ist die Datei selbst risikoarm. Die eigentlichen Bedenken sind praktischer Natur: Sehr große Dateien können RAM/Festplatte erschöpfen (verwenden Sie Viewer, die Kacheln streamen, wie Bio-Formats/QuPath), und der Export in verlustbehaftetes JPG oder einen einzelnen Kanal verwirft stillschweigend die mehrdimensionalen wissenschaftlichen 16-Bit-Daten - behalten Sie immer das Original-CZI. Vorsicht vor Download-Seiten für «CZI-Viewer»; verwenden Sie stattdessen das offizielle ZEISS ZEN lite oder das quelloffene Fiji/QuPath.
Formatdetails
kurz gefasstProgramme zum Öffnen von CZI-Dateien
Windows3 apps
ZEISS ZEN lite
Kostenlos Installieren Sie ZEN lite (kostenlos, Registrierung erforderlich) und öffnen Sie die .czi, um alle Kanäle/Szenen und Metadaten exakt so anzuzeigen, wie sie aufgenommen wurden.
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open Source Datei > Öffnen Sie die .czi; der Import-Dialog von Bio-Formats lässt Sie Serien/Szenen auswählen, Kanäle aufteilen und Stapel anzeigen. Empfohlen gegenüber dem einfachen ImageJ.
QuPath
Open Source Öffnen Sie die .czi (verwendet Bio-Formats); wählen Sie aus, welche Szene für die Analyse von ganzen Objektträgern oder mehreren Szenen geöffnet werden soll. 
macOS2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open Source Datei > Öffnen Sie die .czi; der Import-Dialog von Bio-Formats lässt Sie Serien/Szenen auswählen, Kanäle aufteilen und Stapel anzeigen. Empfohlen gegenüber dem einfachen ImageJ.
QuPath
Open Source Öffnen Sie die .czi (verwendet Bio-Formats); wählen Sie aus, welche Szene für die Analyse von ganzen Objektträgern oder mehreren Szenen geöffnet werden soll. 
Linux2 apps
Fiji / ImageJ (Bio-Formats)
Open Source Datei > Öffnen Sie die .czi; der Import-Dialog von Bio-Formats lässt Sie Serien/Szenen auswählen, Kanäle aufteilen und Stapel anzeigen. Empfohlen gegenüber dem einfachen ImageJ.
napari (with bioio/aicsimageio)
Open Source Führen Sie «pip install napari» + ein CZI-Reader-Plugin (bioio-czi) aus, und ziehen Sie dann die .czi hinein, um Dimensionen interaktiv zu durchsuchen. Technische Details
technische Spezifikation| Containerformat | ZISRAW - typisierter Segment-Container mit Längenpräfix, bestehend aus einem Datei-Header-Segment, Bild-Sub-Blöcken, einem Metadaten-Block, optionalen Anhängen und einem Verzeichnis-Segment |
| Kodierung | Binär, Little-Endian-Byte-Reihenfolge |
| Magic Bytes | `ZISRAWFILE` - 10 ASCII-Bytes bei Offset 0 im Datei-Header; jedes interne Segment beginnt mit einer `ZISRAW…`-Segment-ID (z. B. `ZISRAWSUBBLOCK`, `ZISRAWMETADATA`, `ZISRAWATTACH`, `ZISRAWDIRECTORY`) |
| Kompression pro Kachel | Jeder Sub-Block ist unabhängig komprimiert: unkomprimiert, JPEG, JPEG XR, LZW oder Zstd |
| Unterstützte Dimensionen | Bis zu 10 logische Dimensionen pro Pixelsatz: X, Y, Z, Kanal (C), Zeit (T), Szene (S), Phase (H), Beleuchtung (I), Rotation (R) und Mosaik/Kachel (M) |
| Pixeltypen | Gray8, Gray16, Gray32-float, Bgr24, Bgr48; üblicherweise 8- oder 16-Bit pro Kanal für Multi-Kanal-Fluoreszenz |
| Eingebettete Metadaten | Vollständiges Akquisitions-XML, gespeichert in einem dedizierten `ZISRAWMETADATA`-Segment; enthält Parameter für Mikroskop, Kamera, Objektiv und Tisch |
| Direktzugriff | Das `ZISRAWDIRECTORY`-Segment am Ende der Datei indiziert alle Sub-Blöcke nach Position, was einen effizienten Direktzugriff auf Kachelebene ohne sequenzielles Scannen ermöglicht |
| Anhänge | Optionale `ZISRAWATTACH`-Segmente enthalten Vorschaubild, Beschriftungsbild, Übersichtsbild und Akquisitions-Ereignisprotokoll |
| MIME-Typ | `image/czi`; Fallback `application/octet-stream` |
| Typische Dateigröße | Zehn MB bis hunderte GB - Mosaike ganzer Objektträger und mehrdimensionale Zeitraffer-Z-Stapel sind sehr groß |
| Plattformunterstützung | Windows, macOS und Linux über `libCZI`, OME Bio-Formats und ZEISS ZEN-Software |
| Spezifikationsstatus | ZISRAW-Spezifikation für das Lesen öffentlich dokumentiert (ermöglicht Drittanbieter-Reader); Schreibimplementierung durch einen vertraulichen Nachtrag abgedeckt, sodass Drittanbieter-Tools `.czi`-Dateien im Allgemeinen lesen, aber nicht erstellen |
| Vorgängerformate | Ersetzt die ZEISS Mikroskopie-Bildformate `.lsm` und `.zvi` |
| Veröffentlicht | 2011 (with ZEISS ZEN imaging software) |
| Neueste Version | ZISRAW (CZI) File Format Design Specification Release 1.2.x |
| Offener Standard | Ja · lizenzgebührenfrei |
| Spezifikation | www.zeiss.com |
CZI-Konvertierungen
Community Q&A
von Nutzern gefragtNoch keine Fragen - stellen Sie die erste Frage zu CZI-Dateien.
